1960’ta Malatya’da doğdu. İlk ve ortaöğretimini Gaziantep ve Mardin’de yaptı. 1984’te Ankara Üniversitesi İlahiyat fakültesinden mezun oldu. Lisansüstü eğitimini Durham Üniversitesi School of Oriental Studies (MA Research) ve Manchester Üniversitesi Department of Middle Eastern Studies’te (PhD) yaptı. Doktorasını 1991’de tamamladı. 1995’te Dinler Tarihi Doçenti oldu. 2003’te İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesine Dinler Tarihi Profesörü olarak atandı. Aynı fakültede 2009-2012 yılları arasında Dekanlık yaptı. 2012'de Türkiye Bilimler Akademisi (TÜBA) asıl üyesi olarak seçildi. 2012-2015 yılları arası Makedonya, Üsküp'teki International Balkan University'de Rektör olarak görev yaptı. Halen İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi anabilim dalı öğretim üyesi olan Şinasi Gündüz’ün, Gnostik dinler, heterodoksal akımlar, Hıristiyanlık, küreselleşme ve din ilişkisi, karşılaştırmalı dinler ve dinler arası ilişkiler gibi alanlarda yaptığı birçok çalışması yurtiçi ve yurtdışında yayımlandı; eserleri çeşitli dillere çevrildi. Milel ve Nihal: İnanç, Kültür ve Mitoloji Araştırmaları Dergisi'nin editörlüğünü yapmaktadır.