Year 2019, Volume 3, Issue 1, Pages 19 - 26 2019-06-30

Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers
Doğal Tetraploid Trifolium pratense L. Rejenerantlarında RAPD Markırları Kullanılarak Somaklonal Varyasyonun Belirlenmesi

Havva ATAR [1] , Hatice Çölgeçen [2] , Yeşim Korkmaz Kasap [3]

19 67

Trifolium pratense L. is an agricultural legume which is grown mainly in Europe, North America, and Anatolia. As the plant shows great diversity in Anatolia, Anatolia was accepted as the center of the origin of T. pratense L. This study aimed to analyze somaclonal variation among natural tetraploid T. pratense L. regenerants propagated in vitro and their donor plants by using RAPD techniques. In this study, for regeneration, the apical meristems of aseptic plants germinated on hormone-free MS medium were used, then they were transfered on PC - L2 medium containing 1 mg/l NAA + 3 mg/l BAP. In this research, RAPD techniques including 8 different primers were used to detect somaclonal variation. As a result, all of the primers showed polymorphism. The lowest polymorphism percentage was seen between number 2 clone and donor with 17.07% (D2-C2), the highest polymorphism percentage was seen between number 4 clone and donor with 60.21% (D4-C4). The highest variation difference was seen between donors D2 (a total of 123 bands) and D6 (total 86 bands).

Trifolium pratense L., Avrupa, Kuzey Amerika, Anadolu'da yaygın olan yetişen tarımsal bir baklagildir. T. pratense L. Anadolu'da büyük çeşitlilik gösterdiği için Anadolu köken merkezi olarak kabul edilmiştir. Bu çalışma, in vitroda üretilen doğal tetraploid T. pratense L. rejeneratları ve donör bitkileri arasındaki somaklonal değişimi RAPD tekniklerini kullanarak analiz etmeyi amaçlamıştır. Bu çalışmada, 1 mg/1 NAA + 3 mg/1 BAP içeren PC - L2 besiyerine bitki büyüme düzenleyicisi içermeyen MS ortamında çimlendirilen aseptik bitkilerin apikal meristemleri ekilerek rejenerasyon yapılmıştır. Bu araştırmada, somaklonal varyasyonu saptamak için 8 farklı primer kullanılarak RAPD tekniği uygulanmıştır. Primerlerin tümü polimorfizm göstermiştir. En düşük polimorfizm yüzdesi, % 17.07 (D2-C2) ile 2 numaralı klon ve donör arasında görülmüş, en yüksek polimorfizm yüzdesi % 60.21 (D4-C4) ile 4 numaralı klon arasında görülmüştür. En yüksek varyasyon farkı donör D2 (toplam 123 bant) ve D6 (toplam 86 bant) arasında görülmüştür.

  • Algan, G., & Büyükkartal, N.H. (1999). Tetraploid Çayırüçgülü (Trifolium pratense L.)’nde apomiktik gelişme. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 23, 519-525.
  • Aydın, S.Ö. (2004). RAPD (rastgele arttırılmış polimofik dna) belirleyicileri ve bitki sistematiği. DPÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 6, 113-130.
  • Arslan, E. (2004). RAPD-PCR yöntemiyle Türkiye’deki Hyacinthella Schur (Liliaceae) türleri arasındaki polimorfizm ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi. Selçuk Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi, 23, 27-32.
  • Çölgeçen, H., & Toker, M.C. (2008). Plant regeneration of natural tetraploid Trifolium pratense L. Biological Research, 41, 25-31.
  • Çölgeçen, H., Koca, U., & Büyükkartal, H.N. (2011). Use of Red Clover (Trifolium pratense L.) seeds in Human Therapeutics. Nuts and Seeds in Health and Disease Prevention, Chapter 115, 975-980.
  • Hossain, A., Konisho, K., Minami, M., & Nemoto, K. (2003). Somaclonal variation of regenerated plants in chili pepper (Capsicum annuum L.). Euphytica, 130, 233-239.
  • Karataş, A., & Ağaoğlu, Y.S. (2006). Güneydoğu Anadolu Bölgesi Üzüm Çesitlerine Ait DNA’ların Miktar ve Saflıkları Üzerine Bir Araştırma. Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 10, 83-90.
  • Khan, S.Y., Ahmad, D., Adnan, M., & Khan, M.A.K. (2014). The effect of somaclonal variation on salt tolerance and glycoalkaloid content of potato tubers. Australian Journal of Crop Science, 8(12), 1597-1606.
  • Kongkiatngam, P., Waterway, M.J., Coulman, B.E., & Fortin, M.G. (1996). Genetic variation among cultivars of red clover (Trifolium pratense L.) detected by RAPD markers amplified from bulk genomic DNA. Euphytica, 89, 355-361.
  • Kumar, N.S. & Gurusubramanian, G. (2011). Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and its applications. Science Vision, 11(3), 116-124.
  • Lefort, F., Lally, M., Thompon, D., & Douglas, G.C. (1998). Morphological traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite Oaks. Silvae Genetica, 47, 5-6.
  • Filiz, E., & Koç, İ. (2011). Bitki Biyoteknolojisinde Moleküler Markörler. Gaziasmanpaşa Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Dergisi, 28(2), 207-214.
  • Patil, D.M., Sawardekar, S.V., Gokhale, N.B., Bhave, S.G., Sawant, S.S., Sawantdesai, S.A., Lipne, K., Sabale, S.N., & Joshi, S.N. (2013). Genetic diversity analysis in cowpea by using RAPD markers. International Journal of Innovative Biotechnology and Biochemistry, 1, 15-23.
  • Polanco, C., & Ruiz, M.L. (2002). AFLP analysis of somaclonal variation in Arabidopsis thaliana regenerated plants. Plant Science, 162, 817-824.
  • Sheidai, M., Aminpoor, H., Noormohammadi Z., & Farahani, F. (2008). RAPD analysis of somaclonal variation in banana (Musa acuminate L.) cultivar Valery. Acta Biologica Szegediensis, 52(2), 307-311.
  • Soniya, E.V., Banerjee, N.S., & Das, M.R. (2011). Genetic analysis of somaclonal variation among callus-derived plants of tomato. Current Science, 80, 1213-1215.
  • Williams, J.G.K., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A., & Tingey, S.V. (1990). DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetics markers. Nucleic Acids Research, 18, 6531-6535.
Primary Language en
Subjects Biology
Journal Section Articles
Authors

Orcid: 0000-0003-0518-6265
Author: Havva ATAR (Primary Author)
Institution: ZONGULDAK BÜLENT ECEVİT ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0001-8246-4279
Author: Hatice Çölgeçen
Institution: ZONGULDAK BÜLENT ECEVİT ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0002-0950-7890
Author: Yeşim Korkmaz Kasap
Institution: BÜLENT ECEVİT ÜNİVERSİTESİ, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
Country: Turkey


Dates

Application Date: March 18, 2019
Acceptance Date: May 16, 2019
Publication Date: June 30, 2019

Bibtex @research article { commagene541274, journal = {Commagene Journal of Biology}, issn = {}, eissn = {2602-456X}, address = {ABADER (Adıyaman Bilimsel Araştırmalar Derneği)}, year = {2019}, volume = {3}, pages = {19 - 26}, doi = {10.31594/commagene.541274}, title = {Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers}, key = {cite}, author = {ATAR, Havva and Çölgeçen, Hatice and Korkmaz Kasap, Yeşim} }
APA ATAR, H , Çölgeçen, H , Korkmaz Kasap, Y . (2019). Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers. Commagene Journal of Biology, 3 (1), 19-26. DOI: 10.31594/commagene.541274
MLA ATAR, H , Çölgeçen, H , Korkmaz Kasap, Y . "Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers". Commagene Journal of Biology 3 (2019): 19-26 <http://dergipark.org.tr/commagene/issue/46593/541274>
Chicago ATAR, H , Çölgeçen, H , Korkmaz Kasap, Y . "Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers". Commagene Journal of Biology 3 (2019): 19-26
RIS TY - JOUR T1 - Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers AU - Havva ATAR , Hatice Çölgeçen , Yeşim Korkmaz Kasap Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.31594/commagene.541274 DO - 10.31594/commagene.541274 T2 - Commagene Journal of Biology JF - Journal JO - JOR SP - 19 EP - 26 VL - 3 IS - 1 SN - -2602-456X M3 - doi: 10.31594/commagene.541274 UR - https://doi.org/10.31594/commagene.541274 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Commagene Journal of Biology Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers %A Havva ATAR , Hatice Çölgeçen , Yeşim Korkmaz Kasap %T Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers %D 2019 %J Commagene Journal of Biology %P -2602-456X %V 3 %N 1 %R doi: 10.31594/commagene.541274 %U 10.31594/commagene.541274
ISNAD ATAR, Havva , Çölgeçen, Hatice , Korkmaz Kasap, Yeşim . "Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers". Commagene Journal of Biology 3 / 1 (June 2019): 19-26. https://doi.org/10.31594/commagene.541274
AMA ATAR H , Çölgeçen H , Korkmaz Kasap Y . Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers. Comm. J. Biol.. 2019; 3(1): 19-26.
Vancouver ATAR H , Çölgeçen H , Korkmaz Kasap Y . Analysis of Somaclonal Variation in Natural Tetraploid Trifolium pratense L. Regenerants Using RAPD Markers. Commagene Journal of Biology. 2019; 3(1): 26-19.