TY  - JOUR
TT  - Sıvı fazda Timin molekülünün yapısının belirlenmesi ve radikallerinin ESR parametrelerinin yoğunluk fonksiyonel teorisi ile hesaplanması
AU  - Ateş, Levent
AU  - Özmen, Ayhan
AU  - Dereli, Ömer
PY  - 2017
DA  - December
JF  - Türk Doğa ve Fen Dergisi
JO  - TJNS
PB  - Bingol University
WT  - DergiPark
SN  - 2149-6366
SP  - 62
EP  - 67
VL  - 6
IS  - 2
KW  - Density functional theory
KW  - EPR parameters
N2  - Bu çalışmada DNA biyosentez sürecine katılan, ayrıcagenetik bilginin transferi ve korunmasında önemli rol oynayan Timin molekülününkararlı yapısını elde etmek için Spartan14 programı aracılığıyla konformasyonanalizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda iki konformasyon eldeedilmiştir. Bu konformasyonların geometri optimizasyon hesaplamalarıyapılmıştır. En kararlı yapı kullanılarak olası radikaller modellenmiş,Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri hesaplanmış vedeneysel değerlerle karşılaştırılarak radikal yapısı ilk defa bu çalışmadaverilmiştir. Bu hesaplamaların hepsi Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisi (DFT)kullanılarak Gaussian03 programında yapılmıştır. Literatürde sıvı fazdahidrojen peroksitle karıştırılarak yapılan Elektron Paramanyetik Rezonansçalışması mevcuttur ve karşılaştırmalarda bu çalışmadan faydalanılmıştır.Molekülün ışınlanması ile oluşabilecek radikallere ait deneysel bir çalışmaliteratürde mevcut olmadığından, bu şekilde oluşabilecek radikallerin yapılarıve Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri ilk defa buçalışmada verilmiştir.
CR  - [1]	Kossel A., ve Neumann A., ber das thymin, ein spaltungsprodukt der nukleinsure,  Ber. deutsch. chem. Ges. 26, 2753–2756, 1893.
CR  - [2]	Al Mahroos M., ve Ark., Effect of sunscreen application on UV-induced thymine dimers, Arch Dermatol, 138, 1480-5, 2002.
CR  - [3]	Gerdil R., The crystal structure of thymine monohydrate, Acta Cryst., 14, 333-344, 1961.
CR  - [4]	Dohrmann J.K., Livingston R., Paramagnetic resonance study of liquids during photolysis. XIII. Uracil and derivatives, J. of the American Chemical Society, 5363- 5370, 1971.
CR  - [5]	Sarıkaya  E. K., Dereli  Ö., Molecular structure and vibrational spectra of 7-Methoxy-4-methylcoumarin by density functional method, Journal of Molecular Structure, 1052, 214–220, 2013.
CR  - [6]	Sarıkaya  E. K., Dereli Ö., Study on molecular structure and vibrational spectra of 5, 7-dimethoxycoumarin using DFT: A combined experimental and quantum chemical approach, Optics and Spectroscopy,  117(2),  240–249, 2014.
CR  - [7]	Sarıkaya E. K., Dereli Ö., Erdoğdu Y., Güllüoğlu M.T., Molecular structure and vibrational spectra of 7-Ethoxycoumarin by density functional method, Journal of Molecular Structure, 1049, 220–226, 2013.
CR  - [8]	Ateş L., Dereli Ö., Türkkan E., Sayın Ü., Sevgi F., Tapramaz R., Birey M., EPR study of gamma-irradiated diaminoglyoxime single crystals, Journal of Molecular Structure, 1005, 8-11, 2011.
CR  - [9]	Dereli Ö., Bahçeli S., Abbas A., Naseer M. M., Quantum chemical investigations of a co-crystal of 1,3,5-tris(4-hydroxyphenyl)benzene and 2,4,6-trimethoxy-1,3,5-triazine, Monatshefte für Chemie - Chemical Monthly, 146(9),  1473–1484, 2015.
CR  - [10]	Erdoğdu Y., Dereli Ö., Sajan D., Joseph L., Unsalan O., Gulluoglu M. T., Vibrational (FT-IR and FT-Raman) spectral investigations of 7-aminoflavone with density functional theoretical simulations, Molecular Simulation, 38(4), 315-325, 2012.
CR  - [11]	Ateş L., Erdoğdu Y., Sarıkaya E. K., Özturan F. P., ve Dereli Ö., Moleküler mekanik ve yoğunluk fonksiyonelleri teorisi metodlarıyla siyanoasetik asit molekülünün molekül ve radikal yapılarının belirlenmesi, Selçuk-Teknik Dergisi, 15(3), 253-263, 2016.
CR  - [12]	Ateş L., Sarıkaya E. K., Özmen A., ve Dereli Ö., Propiyonitril molekülünün ve muhtemel radikallerinin yapısının hesaplamalı yöntemlerle incelenmesi, Türk Doğa ve Fen Dergisi, 47-50, 2016.
CR  - [13]	Spartan 14, Wavefunction Inc., Irvine, CA 92612, USA, 2014.
CR  - [14]	Frisch M. J., ve Ark., Gaussian 03, revision C. 02; Gaussian, Inc. Wallingford, CT ,26, 2003.
CR  - [15]	Axel D. B., Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange, The Journal of chemical physics, 98(7), 5648-5652, 1993.
CR  - [16]	Axel D. B., Density-fnnctional exchange-energy approximation with correct asymptotic behavior, Physical review A, 38(6), 3098, 1988.
CR  - [17]	Chengteh L, Yang W., Parr R. G., Development of the Colic-Salvetti correlation-energy formula into a functional of the electron density, Physical review B, 37(2), 785, 1998.
CR  - [18]	Godbout N., Salahub D. R., Andzelm J., Wimmer E., Optimization of Gaussian-type basis sets for local spin density functional calculations. Part I. Boron through neon, optimization technique and validation, Canadian Journal of Chemistry, 70(2), 560-571, 1992.
CR  - [19]	Sharma, B.K.,  Instrumental Methods of Chemical Analysis, Goel Publishing house, Meerut, 2005.
[20]	Neese, F., Prediction of electron paramagnetic resonance g-values by Coupled Perturbed Hartree-Fock and Kohn-Sham Theory, J. Chem. Phys, 115, 11080–11096, 2001.
CR  - [21]	Chipman D.M., Quantum Mechanical Electronic Structure Calculations with Chemical Accuracy. Kluwer Academic Press, Netherlands, 109-138, 1995.
UR  - https://dergipark.org.tr/en/pub/tdfd/issue//367267
L1  - https://dergipark.org.tr/en/download/article-file/384763
ER  -