COMPARISONS OF DNA ISOLATION METHODS FOR SOME FRUIT SPECIES

Year 2008, Volume: 25 Issue: 1, 59 - 69, 01.03.2008

Özhan Şimşek , Fırat Kanat Sedat Serçe Yıldız Aka Kaçar

Abstract

Virtually all molecular biology studied requires high quality DNA isolated from plants of interest. Therefore, it is important to isolate pure and high quality DNA in a short time. In this study, DNA sampled from hazelnut, avocado, persimmon, mandarin and orange were isolated using MiniPrep DNA isolation methods and its modified versions. These treatments were prepared adding 1) CTAB, 2) CTAB and PVP (CTAB+PVP), 3) CTAB and SDS (CTAB+SDS) 4) SDS to extraction buffer. The DNA samples isolated using these methods were compared for their concentrations and purity. In general, all method yielded high DNA concentrations; the differences among the fruit species and the isolation methods were found to be statistically significant. The highest DNA concentrations were recovered from hazelnut and orange while CTAB+SDS yielded significantly lower DNA concentration when compared to the other methods.

Keywords

-

BAZI MEYVE TÜRLERİNDE DNA İZOLASYON YÖNTEMLERİNİN ETKİNLİĞİNİN KARŞILAŞTIRILMASI

Abstract

Moleküler biyoloji çalışmaları üzerinde çalışılan bitkilerden yüksek kalitede DNA izolasyonu gerektirmektedir. Bu nedenle, çalışmalarda kullanılacak bitkilerden kısa sürede ve saf olarak yüksek konsantrasyonda DNA izolasyonu son derece önemlidir. Bu çalışmada fındık, avokado, trabzon hurması, mandarin ve portakal türlerinden, MiniPrep DNA izolasyon yöntemi ve bu yöntemin modifiye edilmiş versiyonları kullanılarak DNA elde edilmiştir. Test edilen yöntemlerde ekstraksiyon tampon çözeltileri içinde 1) yalnızca CTAB, 2) CTAB ve PVP beraber (CTAB+PVP), 3) CTAB ve SDS (CTAB+SDS) beraber ve 4) yalnızca SDS olacak şekilde hazırlanmıştır. Bu izolasyon yöntemleri sonrasında elde edilen DNA’ların konsantrasyon ve kaliteleri karşılaştırılmıştır. Genel olarak tüm yöntemlerden yüksek konsantrasyonda DNA elde edilirken, hem bitki türleri hem de yöntemler istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. En yüksek DNA konsantrasyonları fındık ve portakal türlerinde elde edilirken CTAB+SDS yöntemi ile elde edilen DNA konsantrasyonları öteki yöntemlerden daha düşük olarak saptanmıştır.

Keywords

DNA izolasyonu, MiniPrep, CTAB, PVP, SDS

References

• Aka-Kaçar, Y., 2003. Bitkilerde DNA İzolasyonu. Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Dergisi 2:1-3.
• Dellaporta, S.L., Wood, J. and Hicks, J.B., 1983. A Plant DNA Minipreparation: Version 11. Plant Molecular Biology Reporter 1:19-21.
• Doyle, J. J. Doyle, J. L. 1991. Isolation of Plant DNA Fresh Tissue. Focus 12:13-15.
• Dunham, V. L., Bryant, J. A., 1983. In Isolation of Membranes and Organells from Plant Cells (ed. Hall, J. L. and Moore, A. L.), p.237. Academic Press, London.
• Ergül, 2000. Asmalarda (Vitis vinifera L. cvs.) genomic DNA Parmak İzi Analizi ile Moleküler Karakterizasyon. Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Ankara.
• Hoisington, D., 1992. Laboratory protocols. CIMMTY Applied Molecular Genetics Lab. Mexico, D.F. CIMMITY.
• Karataş, A., ve Ağaoğlu, Y. S., 2006. Güneydoğu Anadolu Bölgesi Üzüm Çesitlerine Ait DNA’ların Miktar ve Saflıkları Üzerine Bir Araştırma. Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 10:83-90.
• Lefort, F., Lally, M., Thompson, D. ve Dougles, G. C. 1998. Morphological Traits Microsatellite Fingerprinting and Genetic relatedness of a Stand of Elite Oaks (Q. robur L.) at Tullnynally. Silvae Genetica 47:5-6.
• Lodhi, M. A., Daly, M. J., Ye, G..-N., Weeden, N. F., Reisch, B. I. 1994. A simple and Efficient Method for DNA Extraction from Grapevine Cultivars and Vitis species. Plant Molecular Biology Reports 12: 6-13.
• SAS Institute Inc. 1990. SAS users guide; SAS/STAT, version 6. SAS Institute Inc., Cary, N.C.
• Thomas, M. R., Matsumoto, S., Chain, P., Scott, N.S. 1993. Repetitive DNA of Grapevine: Classes Present and Sequences Suitable for cultivar identification. Theoretical and Applied Genetics 86:173-180.