ANTİ-APOPTOTİK PROTEİN İÇİN YENİ İNHİBİTÖRLERİN İN-SİLİKO YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI

Year 2024, Volume: 48 Issue: 2, 498 - 504, 20.05.2024

Mehmet Altay Ünal

https://doi.org/10.33483/jfpau.1412714

Abstract

Amaç: Bu araştırma makalesinin amacı, terapötik müdahale için yeni yollar keşfetmek üzere in-silico yöntemler kullanarak anti-apoptotik protein inhibitörlerini incelemektir. Bununla birlikte ilaç keşif süreçlerini hızlandırmada hesaplamalı yaklaşımların potansiyelini vurgulamakta ve daha fazla deneysel doğrulama için umut verici adayları belirlemek için uygun maliyetli ve zaman açısından verimli bir strateji sunmayı hedeflemektedir.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, önemli anti-apoptotik proteinleri hedef alan potansiyel inhibitörleri belirlemek için gelişmiş hesaplama teknikleri kullanılmıştır. Moleküler yerleştirmeden yararlanarak, hedef proteinlerle bağlanma ilgileri ve etkileşim modellerini tespit etmek için çeşitli kimyasal kütüphaneleri sistematik olarak taranmıştır Çalışma, potansiyel ilaç adaylarının tasarımını optimize etmek için bu etkileşimlerin yapısal inceliklerini aydınlatmaya odaklanmıştır.
Sonuç ve Tartışma: Bulgularımız, yüksek bağlanma afiniteleri ve uygun farmakokinetik özelliklere sahip umut verici öncü bileşikleri ortaya çıkarmakta ve bunları daha fazla deneysel doğrulama için aday olarak sunmaktadır. Bu çalışmada elde edilen hesaplamalı içgörüler, anti-apoptotik protein inhibitörleri hakkındaki artan bilgi birikimine katkıda bulunmakla kalmayıp, aynı zamanda anormal apoptotik düzenleme ile karakterize edilen hastalıklarla mücadelede yeni terapötiklerin rasyonel tasarımı için bir temel sağlamaktadır.

Keywords

Anti-apoptotik protein, inhibitör, in-siliko

INVESTIGATION OF NEW INHIBITORS FOR ANTI-APOPTOTIC PROTEIN BY IN-SILICO METHODS

Abstract

Objective: The aim of this research article is to study anti-apoptotic protein inhibitors using in-silico methods to discover new avenues for therapeutic intervention. It also highlights the potential of computational approaches in accelerating drug discovery processes and aims to provide a cost-effective and time-efficient strategy to identify promising candidates for further experimental validation.
Material and Method: In this study, advanced computational techniques were used to identify potential inhibitors targeting important anti-apoptotic proteins. Taking advantage of molecular docking, various chemical libraries were systematically screened to detect binding interests and interaction patterns with target proteins. The study focused on elucidating the structural subtleties of these interactions to optimize the design of potential drug candidates.
Result and Discussion: Our findings reveal promising lead compounds with high binding affinities and favorable pharmacokinetic properties and present them as candidates for further experimental validation. The computational insights obtained in this study not only contribute to the growing body of knowledge on anti-apoptotic protein inhibitors, but also provide a basis for the rational design of novel therapeutics to combat diseases characterized by abnormal apoptotic regulation.

Keywords

Anti-apoptotic protein, inhibitor, in-silico

References

• 1. Adams, J., Cory, S. (2007). Bcl-2-regulated apoptosis: Mechanism and therapeutic potential. Current Opinion in Immunology, 19(5), 488-496. [CrossRef]
• 2. Li, Y., Zhang, S., Geng, J., Hu, X. (2013). Curcumin inhibits human non-small cell lung cancer a549 cell proliferation through regulation of bcl-2/bax and cytochrome c. Asian Pacific Journal of Cancer Prevention, 14(8), 4599-4602. [CrossRef]
• 3. He, H., Lam, M., McCormick, T., Distelhorst, C. (1997). Maintenance of calcium homeostasis in the endoplasmic reticulum by bcl-2. The Journal of Cell Biology, 138(6), 1219-1228. [CrossRef]
• 4. Wojciechowski, S., Tripathi, P., Bourdeau, T., Acero, L., Grimes, H., Katz, J., Hildeman, D. (2007). Bim/bcl-2 balance is critical for maintaining naive and memory t cell homeostasis. The Journal of Experimental Medicine, 204(7), 1665-1675. [CrossRef]
• 5. Li, N., Zhu, L., Zhou, H., Zheng, D., Xu, G.L.S., Shao, G. (2020). Mirna-1183-targeted regulation of bcl-2 contributes to the pathogenesis of rheumatic heart disease. Bioscience Reports, 40(11). [CrossRef]
• 6. Rahman, S., Azlan, A., Lo, K., Azzam, G., Mohana-Kumaran, N. (2022). Dual inhibition of anti-apoptotic proteins bcl-xl and mcl-1 enhances cytotoxicity of nasopharyngeal carcinoma cells. Discover Oncology, 13(1). [CrossRef]
• 7. Westphal, D., Ledgerwood, E., Tyndall, J., Hibma, M., Ueda, N., Fleming, S., Mercer, A. (2009). The orf virus inhibitor of apoptosis functions in a bcl-2-like manner, binding and neutralizing a set of bh3-only proteins and active bax. Apoptosis, 14(11), 1317-1330. [CrossRef]
• 8. Iimura, M., Nakamura, T., Shinozaki, S., Iizuka, B., Inoue, Y., Suzuki, S., Hayashi, N. (2000). Bax is downregulated in inflamed colonic mucosa of ulcerative colitis. Gut, 47(2), 228-235. [CrossRef]
• 9. BIOVIA, Dassault Systèmes, [Discovery Studio], [2022], San Diego: Dassault Systèmes, [2022]
• 10. Morris, G.M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M.F., Belew, R.K., Goodsell, D.S., Olson, A.J. (2009). AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility. Journal of Computational Chemistry, 30(16), 2785-2791. [CrossRef]
• 11. Morris, G.M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M.F., Belew, R.K., Goodsell, D.S., Olson, A.J. (2009). AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility. Journal of Computational Chemistry, 30(16), 2785-2791. [CrossRef]
• 12. Quiroga, R., Villarreal, M.A. (2016). Vinardo: A scoring function based on autodock vina improves scoring, docking, and virtual screening. PLOS ONE, 11(5), e0155183. [CrossRef]
• 13. Frisch, M.J. (2009) Gaussian 09, Revision B. 01. Gaussian, Inc., Wallingford.
• 14. Nielsen, A.B., Holder, A.J. (2009) Gauss View 5.0, User’s Reference. GAUSSIAN Inc., Pittsburgh.