@article{article_968408, title={Su örneklerinde norovirüs varlığının cross-flow mikrofiltrasyon ve RT-PCR ile belirlenmesi}, journal={Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi}, volume={74}, pages={1–6}, year={2017}, author={Kaynar, Pınar and Yılmaz, Mustafa and Semizoğlu, Özgül and Eriş, Zehra İrem and Dursun, Fatma Karadeniz and Cesaretli, Yıldırım and Başaralı, Mustafa Kemal and Şencan, İrfan}, keywords={su, norovirüs, filtrasyon, RT-PCR}, abstract={Amaç: Ülkemizde halk sağlığını tehdit eden gastroenterit salgınların kontrol altına alınması ve salgın kaynağının tespit edilmesine yönelik su örneklerinden norovirüs varlığının cross-flow mikrofiltrasyon ve RTPCR Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile belirlenmesi için kullanılacak yöntemin uygulanabilirliğinin sağlanması amaçlanmıştır. Yöntem: Çeşitli hacimlerdeki su örnekleri içerisine belirlenmiş farklı miktarlardaki Mengo kontrol virüsü 4,21x10-5copy/µL ile klinik örneklerden izole edilmiş Norovirüs GII izolatları eklenmiştir. Bu su örnekleri, 10-30 kD’luk nominal moleküler ağırlıklı filtre kasetler kullanılarak cross-flow mikrofiltrasyon ile filtrasyon işlemi ve filtrasyon işlemi sonrası santrifüj işlemi uygulanmıştır. Santrifüj işlemi sonrası elde edilen üst sıvı kısımdan QIAamp Viral RNA Mini Kit Qiagen, Crawley - UK üreticisinin talimatları doğrultusunda uygulanarak viral RNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen viral RNA’nın amplifikasyon işlemi ise RT-PCR kit Ceeram, Fransa kullanılarak RT-PCR ile yapılmıştır. Bulgular: Su örneklerine eklenen Mengo kontrol virüsü ve Norovirüs GII izolatları sırasıyla filtrasyon, santrifügasyon, viral RNA izolasyonu ve amplifikasyonu işlemi uygulanmıştır. Çalışmamızda, virüs miktarındaki geri kazanım oranının %20-25 arasında olduğu görülmüştür. Virüs miktarındaki geri kazanımın düşük olmasının sebebinin filtrasyon işleminin olduğu görülmüştür. Çalışmamızda; virüs kayıplarını minimize etmek için filtrasyon işlemi sonrası santrifüj işleminin uygulanmasının gerekliliği ortaya çıkarmıştır. 10 veya 30 kD’luk nominal moleküler ağırlıklı filtre kasetler kullanılarak filtrasyon işleminin yapılmasının virüs miktarındaki geri kazanıma etkisinin olmadığı ortaya çıkmıştır. Sonuç: Su örneklerinde norovirüs varlığının RT-PCR ile belirlenmesinde, filtrasyon aşamasının önemli bir yer tuttuğu görülmüştür. Virüs kaybının önlenebilmesi için büyük su hacimlere gereksinim duyulmaktadır.}, number={EK-1}, publisher={T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü}