Retrospective Evaluation of Gram-Negative Bacteria and Their Antibiotic Susceptibility Isolated From Urine Cultures in Children

Abstract

Purpose: Urinary tract infections are among the most common infections in childhood. In this study, it was aimed to evaluate the factors of urinary tract infection in our hospital and to determine antimicrobial resistance patterns and empirical treatment options. 

Materials and Methods: The results of urine cultures that were sent from the Department of Pediatrics between 01.01.2015 and 31.12.2020 to the Microbiology Laboratory were evaluated retrospectively. The identification of the bacterial growth was tested in Vitek MS (Biomeriux, France) and the antimicrobial susceptibility of the isolates was tested in Vitek2 Compakt (Biomeriux, France).

Results: A total of 4257 urine culture samples were evaluated. The most frequently isolated bacteria were E. coli 62.93% followed by Klebsiella spp. 19.6%, Pseudomonas spp. 5.37%, Proteus spp. 4.48%. The highest resistance rates were determined against ampicillin in E. coli (78.96%) and for cefuroxime (63.11%) in Klebsiella spp isolates. The lowest resistance rate was determined against imipenem and meropenem in E.coli (0.12%, 0.15%) isolates and, amikacin and nitrofurantoin in Klebsiella spp. isolates (6.10%, 2.46%).

Conclusion: In order to provide effective treatment for urinary tract infections and to minimize morbidity and long-term complications, the frequency of the pathogens causing UTIs, local or regional antibiotic resistance should be known and empirical treatment should be arranged accordingly. 

Keywords

• antibiotic resistance
• pediatrics
• urinary infection

Çocuklarda İdrar Kültüründen İzole Edilen Gram Negatif Bakterilerin ve Antibiyotik Duyarlılıklarının Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi

Abstract

Amaç: İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) çocukluk çağında en sık rastlanan enfeksiyonlar arasındadır. Bu çalışmada hastanemizdeki idrar yolu enfeksiyonu etkenlerinin değerlendirilmesi, antimikrobiyal direnç profillerinin saptanması ve ampirik tedavi seçeneklerinin belirlenmesi amaçlandı.

Araçlar ve Yöntem: Çalışmamızda 01.01.2015 ve 31.12.2020 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatri Anabilim Dalı poliklinikleri ve servislerinden hastanemiz Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen ve üreme saptanan idrar kültürü sonuçları retrospektif olarak değerlendirildi. 

Bulgular: Kliniklerden gelen 4257 idrar kültürü örneği değerlendirildi. En sık izole edilen E. coli % 62.93, Klebsiella spp. % 19.6, Pseudomonas spp. %5.37, Proteus spp. % 4.48 oranlarında bulundu. E.coli izolatlarında en yüksek direnç oranları ampisiline karşı (%78.96) Klebsiella spp. izolatlarında en yüksek antibiyotik direnci sefuroksime karşı (%63.11) saptandı. En düşük direnç ise E.coli için imipenem ve meropeneme karşı (% 0.12, % 0.15), Klebsiella spp. için ise amikasin ve nitrofurontaine karşı (% 6.10, %2.46) saptandı. 

Sonuç: İdrar yolu enfeksiyonlarında etkin tedaviyi sağlayabilmek, morbidite ve ileri dönemde ortaya çıkabilecek komplikasyonları en aza indirebilmek için İYE nedeni olan patojenlerin sıklığının yerel ve bölgesel dağılım ile antimikrobiyal direnç paternlerinin takip edilmesi ve bu doğrultuda ampirik tedavinin düzenlenmesi gereklidir.

Keywords

• antibiyotik direnci
• pediatri
• üriner enfeksiyon

References

1. 1. Güven S. Çocuklarda İdrar Yolu Enfeksiyonu. Klin. Tıp Pediatr. Derg. 2017;9(5):8-15.
2. 2. Hoberman A, Chao HP, Keller DM, Hickey R, Davis HW, Ellis D. Prevalence of urinary tract infection in febrile infants. J Pediatr. 1993;123(1):17-23.
3. 3. Shaikh N, Morone NE, Bost JE, Farrell MH. Prevalence of urinary tract infection in childhood: a metaanalysis. Pediatr Infect Dis J. 2008;27(4):302-308.
4. 4. Elder JS. Urinary tract infections. In: Kliegman RM, Stanton BF, St Geme JW, editors. Nelson textbook of pediatrics. 19. ed. Philadelphia: Elsevier Saunders; 2011:2558-2559.
5. 5. Shepherd AK, Pottinger PS. Management of urinary tract infections in the era of increasing antimicrobial resistance. Med Clin North Am. 2013;97(4):737-757.
6. 6. Ladhani S, Gransden W. Increasing antibiotic resistance among urinary tract isolates. Archives of disease in childhood. 2003;88(5):444-445.
7. 7. Kandur Y, Küpeli S. Vezikoüreteral reflü ve idrar yolu enfeksiyonu. Klin Ped. 2003;2(2):69-73.
8. 8. Konca C, Tekin M, Uckardes F, et al. An overview of antibacterial resistance patterns of pediatric community. Pediatr Int. 2017;59(3):309-315.

9. 9. Kömürlüoğlu A, Aykaç K, Özsürekçi Y, ve ark. Gram negatif idrar yolu enfeksiyonu etkenlerinin antibiyotik direnç dağılımı: Tek merkez deneyimi. Türkiye Çocuk Hast Derg. 2018;12(1):10-17.
10. 10. Edlin RS, Shapiro DJ, Hersh AL, Copp HL. Antibiotic resistance patterns of outpatient pediatric urinary tract infections. J Urol. 2013;190(1):222-227.
11. 11. Yaşar A, Yaşar B, Özkan EA, Savcı Ü. Yozgat Yöresi Çocukluk Çağı İdrar Yolu Enfeksiyonuna En Sık Sebep Olan Etkenler Ve Antibiyotik Dirençleri. Bozok Tıp Derg. 2018;8(2):53-58.
12. 12. Yolbaş I, Tekin R, Kelekci S, et al. Community-acquired urinary tract infections in children: pathogens, antibiotic susceptibility and seasonal changes. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2013;17(7):971-976.
13. 13. Yilmaz R, Karaaslan E, Ozcetin M, Arslan B, Kılınc M, Kazanci NO. Çocuklarda idrar yolları enfeksiyonu etkenleri ve antibiyotik duyarlılıkları. Çağdaş Tıp Derg. 2012;2(1):17-21.
14. 14. Güner ŞN, Göktürk B, Bayrakçı US, Baskın E. Çocuklarda idrar örneklerinden saptanan toplum kaynaklı gram negatif mikroorganizmaların dağılımı ve 2003- 2010 yılları arasında antibiyotik direncindeki artışın değerlendirilmesi. Türk Ped Arş. 2012;47(2):107-113.
15. 15. Mir S, Erdoğan H, Güler S, Şengül GN, Koyu A. Çocuk yaş grubu idrar yolu enfeksiyonlarında Ege bölgesi antibiyotik direnci. Ege Tıp Derg. 2002;41 (4):207-210.
16. 16. Yavaşcan Ö, Sözen G, Kara OD, Aksu N. Çocuklarda idrar yolu infeksiyonu etkenleri ve antibiyotik direnci. İzmir Tepecik Hast Derg. 2005;15(1):37-43.
17. 17. İdil N, Candan ED, Rad AYA. Retrospective Study on Urinary Tract Infection Agents Isolated from Children and Their Antibiotic Susceptibility. Hacettepe J Bio Chem. 2020;48(3):265-274.
18. 18. Şahin İ, Öksüz Ş, Kaya D, Şencan İ, Gülcan A. Antibiotic susceptibility of uropathogenic gram negative rods isolated from inpatient and outpatient children, ANKEM Derg. 2004;18(2):101-104.
19. 19. Becknell B, Schober M, Korbel L, Spencer JD, The diagnosis, evaluation and treatment of acute and recurrent pediatric urinary tract infections, Expert Rev Anti Infect Ther. 2015;13(1):81-90.
20. 20. Pineiro Pérez R, Martínez Campos L, Cilleruelo Ortega MJ et al. Recomendaciones sobre el diagnóstico y tratamiento de la infección urinaria, respuesta de los autores. An Pediatría. 2020;92(4):184-186.
21. 21. V. Garcia-Fulgueiras, L. Caiata, I. Bado et al., Antibiotic susceptibility and fosfomycin resistance characterization in a cohort of children older than 6 years of age with urinary tract infection, Rev. Argent. Microbiol.2022;54(2):120-124.