New Additions to the List of Archaea and Bacteria of Türkiye: The Third Update

Yıl 2025, Cilt: 12 Sayı: 1, 32 - 55, 30.04.2025

Ahmet Asan , Halide Karabıyık , Gulay Giray

Öz

The book “List of Archaea and Bacteria of Turkey”, which includes a checklist of all archaea and bacteria recorded from Turkiye and is a resource for scientists working in the field of bacteriology, was published in 2021. New records given in the period after the publication of the mentioned book continued to be given in additional articles. In additional studies conducted, including the published book and the current article, the phylum, family, genus, species and subspecies list of all archaea and bacteria recorded from Turkiye is included and unique Turkish scientific names are given to the reported taxa. In this study, new bacterial records given from Türkiye were presented after our second additional article. All records given belong to the Bacteria family, and no new records belonging to the Archaea Domain were detected in any of the additional studies conducted after the work in 2021. While no new section records were found for Turkiye in the literature searches conducted for this study; 1 family, 11 genera, 151 species and 3 subspecies records were given. In total, the number of taxa recorded from Turkiye has reached 2769 with the studies conducted to date. In addition, new and unique Turkish scientific names were given to these newly recorded taxa. Thus, the number of taxa with unique Turkish names was increased with these additional articles.

Anahtar Kelimeler

Archaea, Bacteria, New records for Türkiye

Proje Numarası

-

Türkiye Arke ve Bakterileri Listesi’ne İlaveler: Üçüncü Güncelleme

Öz

Türkiye’den kaydı verilen arke ve bakterilerin tümünü kontrol listesi halinde içeren ve bakteriyoloji alanında çalışan bilim insanları için bir kaynak niteliğinde olan “Türkiye Arke ve Bakterileri Listesi” kitabı 2021 yılında yayınlanmıştır. Kitabın yayınlanmasından sonraki dönemde verilen yeni kayıtlar ise ilave makaleler halinde verilmeye devam edilmiştir. Yayınlanan kitap ve mevcut makale de dahil olmak üzere yapılan ilave çalışmalarda, Türkiye’den kaydı verilen tüm arke ve bakterilerin filum, familya, cins, tür ve alttür listesi yer almakta ve rapor edilen taksonlara eşsiz Türkçe bilimsel isimler de verilmektedir. Bu çalışmada da, ikinci ilave makalemiz sonrasında Türkiye’den verilen yeni bakteri kayıtları sunulmuştur. Verilen tüm kayıtlar, Bacteria ailemine ait olup, 2021 yılındaki eserden sonra yapılan ilave çalışmaların hiçbirinde Arke-alemine ait yeni kayıt tespit edilememiştir. Bu çalışma için yapılan literatür taramalarında Türkiye için yeni bölüm kaydına rastlanmazken; 1 familya, 11 cins, 151 tür ve 3 alttür kaydı verilmiştir. Toplamda bugüne kadar yapılan çalışmalar ile Türkiye’den kaydı verilen takson sayısı ise 2769’a ulaşmıştır. Ayrıca bu yeni kayıt taksonlara yeni ve eşsiz Türkçe bilimsel isimler de verilmiştir. Böylece, bu ilave makalelerle eşsiz Türkçe isimlere sahip takson sayısı arttırılmıştır.

Anahtar Kelimeler

Arke, Bakteri, Türkiye için yeni kayıt, Türkiye

Destekleyen Kurum

-

Proje Numarası

-

Teşekkür

NGBB isim kütüklerinden yaptıkları taramalar ile yeni kayıt bakteri taksonlarına verilen Türkçe bilimsel isimlerin başka organizmalar için kullanılıp kullanılmadığının kontrolünün sağlanmasındaki desteklerinden dolayı, liste kitaplarının Külliyat Editörü Prof. Dr. Adil Güner başta olmak üzere, Sn. Ramazan Yalçınkaya, Sn. Burçin Çıngay ve katkı yapan NGBB’deki tüm uzmanlara teşekkür ederiz.

Kaynakça

• Asan, A. (2024). Bacterial diversity of the corpses. Eur. J. Biol. 83 (1): 106-116. <https://doi.org/10.26650/EurJBiol.2024.1441286>.
• Asan, A., Aydoğdu, H., Karaltı, İ. ve Kocagöz, Z.T. (edlr.) (2021). Türkiye Arke ve Bakterileri Listesi (Checklist of the Archaea and Bacteria of Turkey), s.s. 951. Ali Nihat Gökyiğit Vakfı Yayını, İstanbul.
• Asan, A., Giray, G. ve Aydoğdu, H. (2022). Türkiye arke ve bakterileri listesine ilaveler-1. Bağbahçe Bilim Derg. 9 (3): 90-98. <https://doi.org/10.35163/bagbahce.1112069>.
• Asan, A., Karabıyık, H. ve Giray, G. (2023). Türkiye arke ve bakterileri listesine ilaveler: ikinci güncelleme (New additions to the list of archaea and bacteria of Türkiye: Second Update). Bağbahçe Bilim Dergisi. 10 (3): 380-388. <https://doi.org/10.35163/bagbahce.1298450>.
• Ay, H. (2020). Phylogeny of plant growth-promoting Actinobacteria isolated from legume nodules in Turkey. Yuzuncu Yıl Univ. J. Agr. Sci. 30 (3): 611-619. <https://doi.org/10.29133/yyutbd.705227>.
• BacDive Explore Bacterial Diversity: <https://bacdive.dsmz.de/>, “er. tar.:10.10.2024”.
• Bakırdağ, C. (2024). Atopik Dermatitli Köpeklerde Bağırsak Mikrobiyotasi Analizleri Ile Beyin-Bağırsak-Deri Ekseni Odaklı Klinik Perspektiften Yaklaşım. Doktora tezi. XIII + 94 Sayfa. Aydın Adnan Menderes Üniv. Sağ. Bil. Enst. Vet. İç Hast. Anabilim Dalı. Doktora Programı. DR-2024-0043, Aydın.
• Bartlett, A., Padfield, D., Lear, L., Bendall, R. ve Vos, M. (2022). A comprehensive list of bacterial pathogens infecting humans. Microbiology. 168 (12): 001269. <https://doi.org/10.1099/mic.0.001269>.
• Bayraktar, B. ve Işık, K. (2024). Biodiversity of actinobacteria from Kula Geopark in Türkiye. Black Sea J. Eng. Sci. 7 (3): 495-508. <https://doi.org/10.34248/bsengineering.1459935>.
• Bektas, I., Yazdıc, F.C. ve Kusek, M. (2024). Molecular characterization of apple endophytic bacteria and biological effect on Alternaria rot on apple. J. Phytopathol. 172: e13323. <https://doi.org/10.1111/jph.13323>.
• Breed, R.S., Murray, E.G.D. ve Smith, N.R. (Ayrıca katkı yapan 54 araştırıcı). (1957). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. 7. Basım, s.s. 1094. The Williams Wilkins Company. Baltimore, USA.
• Çiğdem, U., Kumaş, A. ve Özdemir Koçak, F. (2021). Sakarya nehir sedimentinden izole edilen aktinobakterilerin antimikrobiyal ve bitki gelişim teşvik edici özelliklerinin belirlenmesi. Karadeniz Fen Bil. Derg. 11 (1): 239-256. <https://doi.org/10.31466/kfbd.889423>.
• Erdönmez, O., Gedikli, S., Nural Yaman, B., Aytar Çelik, P. ve Çabuk, A. (2020). Thermophilic prokaryotic diversity of Eynal Geothermal Spring and protease production potentials of isolates. Eskişehir Tech. Univ. J. Sci. Tech. A - Appl. Sci. Eng. 21 (3): 436-445. <https://doi.org/10.18038/estubtda.635789>.
• Euzéby, J.P. (1997). List of bacterial names with standing in nomenclature: a folder available on the internet. Int. J. Syst. Bact. 47: 590-592. https://doi.org/10.1099/00207713-47-2-590, “er. tar.: 14.6.2024”.
• Garrity, G.M. (baş ed.), Brenner, D.J., Krieg, N.R. ve Staley, J.T. (edlr.). (2005). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 2, ikinci basım, s.s.1106. The Proteobacteria. Part B: The Gammaproteobacteria. Springer, ABD. GBIF: Global Biodiversity Information Facility. Free and open access to biodiversity data: <https://www.gbif.org/>, “er. tar.: 10.10.2024”.
• Goodfellow, M., Kämpfer, P., Busse, H.J., Trujillo, M.E., Suzuki, K.I., Ludwig, W. ve Whitman, W.B. (edlr.). (2012). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology V, ikinci basım, s.s. 2083. The Actinobacteria, Part A. Springer, ABD.
• Güner, A., Akyıldırım, B., Alkayış, M.F., Çıngay, B., Kanoğlu, S.S., Özkan, A.M., Öztekin, M. ve Tuğ, G.N. (2012). Türkçe bitki adları. Şu eserde: Güner, A., Aslan, S., Ekim, T., Vural, M. ve Babaç, M.T., (edlr.), (2012). Türkiye Bitkileri Listesi (Damarlı Bitkiler), s.s. 1290. Nezahat Gökyiğit Bahçesi ve Flora Araştırmaları Derneği Yayını, İstanbul.
• Gunyar, O.A., Birol, D., Aldi, B., Uztan, A.H. (2023). Investigation of the presence of endofungal bacteria in Zygomycetes isolated from soil samples. Sydowia. 75: 119-127. <https://doi.org/10.12905/0380.sydowia75-2022-0119>.
• Journal title abbreviations web of science. <https://images.webofknowledge.com/images/help/WOS/A_abrvjt.html>, “er. tar.: 10.10.2024”.
• Journal title abbreviations: <http://chemiris.chem.binghamton.edu/FANG/research/sub-pages/Jou/abb_/Z_abrvjt.html>, “er. tar.: 10.10.2024”.
• Kara, M., Soylu, S., Gümüş, Y., Soylu, E.M., Uysal, A. ve Kurt, Ş. (2023). Determination of in vitro biocontrol potentials of antagonist bacterial isolates against onion basal and root rot disease agent Fusarium proliferatum. Uluslararası Tarım Araştırmalarında Yenilikçi Yaklaşımlar Derg. Int. J. Innovative Approaches in Agr. Res. 7 (4): 487-497. <https://doi.org/10.29329/ijiaar.2023.630.10>.
• Köse, S., Yilmaz, P., Birbir, M. ve Birbir, Y. (2024). Examination of haloversatile bacteria on salted goatskin and inactivation of haloversatile bacteria via direct electric current. J. Amer. Leather Chemists Assoc. 119: 185-197. <https://doi.org/10.34314/pbqj0c68>.
• List of common academic journal title abbreviations: <https://xpertscientific.com/journal-abbreviations/>, “er. tar.: 10.10.2024”.
• LPSN-list of prokaryotic names with standing in nomenclature. <https://bacterio.net/>, “er. tar.: 10.10.2024”.
• Macit, E. (2023). Some pathogenic bacteria isolated and identified from traditionally produced Turkish white cheese. Black Sea J. Agr. 6 (2): 190-196. <https://doi.org/10.47115/bsagriculture.1225668>.
• Menemen, Y., Aytaç, Z. ve Kandemir, A. (2021). Türkçe Bilimsel Bitki, Mantar, Suyosunu ve Bakteri Adları Yönergesi. Bağbahçe Bilim Derg. 8 (3): 188-195.
• Özbek, E. ve Atmaca, S. (2024). Anaerop bakteriler; izolasyon, identifikasyon, yeni türlerin oluşturduğu hastalıklar. Türk Mikrobiyol. Cem. Derg. 54 (1): 1-14. 4(1):1-14. <https://doi.org/10.54453/TMCD.2024.00922>.
• Özdemir Koçak, F. (2022). Micromonospora ve Nonomuraea izolatlarının moleküler tanımlamaları ve antimikrobiyal aktivitelerinin belirlenmesi. Iğdır Üniv. Fen Bil. Enst. Derg. 12 (4): 2004-2013. <https://doi.org/10.21597/jist.1146165>.
• Özdemir K., F., Gençbay, T., Topkara, A.R., Çil, E. ve Işık, K. (2017). API-ZYM and numerical analysis of 16S rRNA gene idendified Micromonospora isolates from the Black Sea region. Biol. Div. Conservation. 10 (2): 81-92. <https://dergipark.org.tr/tr/pub/biodicon/issue/55724/761987>.
• Paul, J. (2020). A Checklist of Bacteria Associated with InfectioniIn Humans, 6. baskı, s. 1307-1337. Şu eserde: Firth, J., Conlon, C. ve Cox, T. (edlr.). Oxford Textbook of Medicine Article 8.6.47 Oxford University Press, Oxford. <https://doi.org/10.1093/med/9780198746690.003.0151>.
• Saricaoglu, S., Saygin, H., Topkara, A.R., Gencbay, T., Guven, K., Cetin, D., Sahin, N. ve Isik, K. (2020). Nonomuraea basaltis sp. nov., a siderophore-producing Actinobacteria isolated from surface soil of basaltic parent material. Arch. Microbiol. 202 (6):1535-1543. <https://doi.org/10.1007/s00203-020-01866-3>.
• Sarıgül, N., Koç Çelik, F.S. (2022). Investigation of antibiotic resistance of bacteria isolated from Insuyu Cave, Burdur-Turkey. Mehmet Akif Ersoy Üniv. Fen Bil. Enst. Derg. 13 (1): 40-48. <https://doi.org/10.29048/makufebed.1056387>.
• Siber, B.C., Seyyar, O. ve Seyyar, F. (2024). Galeodes araneoides (Pallas, 1772) (Arachnida: Solifugae) türünün keliserlerindeki patojenik bakteriler üzerine bir çalışma. Nevşehir Bil. Teknol. Derg. 13 (1): 16-23. <https://doi.org/10.17100/nevbiltek.1477907>.
• Sternberg, G.B. (1901). A Text-Book of Bacteriology, revise edilmiş ikinci basım. Wiiliam Wood and Comp. New York-USA. <https://www.biodiversitylibrary.org/page/38142918#page/2/mode/1up>, “er. tar.: 14.6.2024”.
• Taşkaya, A., Ceyhan Güvensen, N., Güler, C., Şancı, E. ve Karabay, Ü. (2023). Exopolysaccharide from Rhodococcus pyridinivorans ZZ47 Strain: Evaluation of biological activity and toxicity. J. Agr. Production. 4 (1): 63-71. <https://doi.org/10.56430/japro.1307611>.
• Taxonomy: This complete taxonomic hierarchy of Bacteria and Archaea was manually constructed by the EzBioCloud team using numerous maximum likelihood phylogenetic trees based on 16S sequences:<https://www.ezbiocloud.net/taxonomy>, “er.tar.: 10.10.2024”.
• Topkara, A.R. ve Isik, K. (2023). Biodiversity of Actinobacteria isolated from Marmara and Avşa Islands in Türkiye. Black Sea J. Eng. Sci. 6 (4): 502-521. <https://doi.org/10.34248/bsengineering.1355194>.
• Törün, B., Özgür, A., Bıyık, H.H. ve Poyrazoğlu, E. (2024). A comparative study on microbial air quality of radiology and patient waiting rooms of a full-equipped hospital in Aydın Province. Yüzüncü Yıl Üniv. Fen Bil. Enst. Derg. 29 (1): 12-24. <https://doi.org/10.53433/yyufbed.1329620>.
• Tüfekci, E.F., Uzun, Ü., Sağlam Ertunga, N., Biber, A., Hıdıroğlu, İ.A., Tekkılıç, İ., Altay, B. ve Kılıç, A.O. (2023). Investigation of antimicrobial activities and 16S rRNA sequences of Actinomycetes isolated from Karst Caves in the Eastern Black Sea Region of Türkiye. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniv. Tarım Doğa Derg. 26 (6): 1277-1290. <https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1226184>.
• Usta, M. (2021). Determination of honey bee (Apis mellifera) bacterial flora, cry gene analysis and honey bee health, (Bal arısı (Apis mellifera) bakteri florasının belirlenmesi, cry geni analizi ve bal arısı sağlığı). Uludag Arıcılık Derg. 21(2):157-167. <https://doi.org/10.31467/uluaricilik.954479>.
• Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, S., Kara, M. ve Soylu, E.M. (2022). Hatay ilinde yer alan turunçgil paketleme tesislerinde meyve ve hava kökenli mikrobiyata içerisindeki fungal ve bakteriyel türler ile yoğunluklarının belirlenmesi. Mustafa Kemal Üniv. Tarım Bil. Derg. 27 (2): 340-351. <https://doi.org/10.37908/mkutbd.1095692>.
• VetBact. Veterinary bacteriology: Information about important bacteria: <http://www.vetbact.org/>, “er. tar.:10.10.2024”.
• Veyisoglu, A., Tatar, D., Duyar, H.A. ve Tokatli, A. (2024). Isolation, molecular characterization and determination of biological activity of alkalitolerant Streptomyces members from Van Lake-Çarpanak Island soil. Marine Sci. Technol. Bull. 13 (3): 183-198. https://doi.org/10.33714/masteb.1522501
• Wiley Online Library: <https://onlinelibrary.wiley.com/>, “er.tar.: 10.10.2024”.
• Yılmaz, S., Dönmez, M.F. ve Çoruh, İ. (2020). Farklı lokasyonlarda yabani bitki türlerinden izole edilen bakterilerin tanısı ve azot fikse etme, fosfor, potasyum ve kalsiyum çözme özelliklerinin belirlenmesi. J. Agr. 3 (2): 71-90. <https://doi.org/10.46876/ja.825647>.