DOĞU AKDENİZ SEDİMANLARINDAN İZOLE EDİLEN BAKTERİLERİN FİLOGENETİK ÇEŞİTLİLİĞİ VE ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİĞİ
Abstract
Doğu Akdeniz'in sığ ve derin bölgelerindeki sedimanlardan izole edilen bakterilerin filogenetik çeşitliliği ve antibiyotik duyarlılığı çalışılmıştır. Dünyadaki en oligotrofik ortamlardan biri olan çalışma alanından izole edilen 153 suşun Firmicutes ve Gammaproteobacteria taksonlarına ait oldukları bulunmuştur. 16S rRNA gen dizisi analizi ile belirlendiği üzere, her sediman örneğinde Bacillus en sık görülen cins olmuştur. Bu çalışmada 10 farklı bakteri ailesinden çok çeşitli türler elde edilmiş, özellikle toplam izolatların yüzde 12’sini yeni türlerin oluşturduğu görülmüştür. En yüksek antibiyotik direncinin derin havzalara kıyasla kıyı sedimanlarda olduğu gösterilmiştir. Çevresel parametrelerin bakteri toplulukları üzerinde etkisinin olduğu belirtilmekle birlikte Doğu Akdeniz'in derin havzalarına kıyasla özellikle Kuzey Ege Denizi'ndeki daha sığ bölgeler için yüksek taksonlarda daha fazla filogenetik çeşitliliğin olduğu ortaya konmuştur.
Keywords
Bakteri filogenetiği,16S rRNA genleri,Antibiyotik duyarlılık,Akdeniz
References
- [1] Giovannoni S, Rappe M. Evolution, diversity and molecular ecology of marine prokaryotes. In: Kirchman DL, editor. Microbial ecology oft he oceans. New York: Wiley-Liss Inc, 2000, pp. 47-84.
- [2] Hagström A, Pommier T, Rowher F, Simu K, Stolte W, Svensonn D, et al. Use of 16S ribosomal DNA for delination of marine bacterioplankton species. Appl Env Microbiol 2002; 68: 3628–3633.
- [3] McIntyre A. A global census of marine microbes. In: McIntyre A, editor. Life in the world’s oceans: diversity, distribution and abundance. NewYork: Wiley-Blackwell, 2010.
- [4] Kummerer K. Antibiotics in the aquatic environment – A review – Part I. Chemosphere 2009; 75: 417–434.
- [5] Kummerer K. Antibiotics in the aquatic environment – A review – Part II. Chemosphere 2009; 75: 435–441.
- [6] Tanhua T, Hainbucher D, Shröder K, Cardin V, Alvaez M, Civitarese G. The Mediterranean Sea system: a review and an introduction to the special issue. Ocean Sci Discuss 2013; 10: 581–617.
- [7] Mincer TJ, Jensen PR, Kauffman CA, Fenical W. Widespread and persistent populations of a major new marine actinomycete taxon in ocean sediments. Appl Env Microbiol 2002; 68: 5005–5011.
- [8] Gontag EA, Fenical W, Jensen PR. Phylogenetic diversity of Gram-positive bacteria cultured from marine sediments. Appl Env Microbiol 2007; 73 (10): 3272–3282.
- [9] Hayakawa M, Sadaka T, Kayiura T, Nonomura H. New methods for the highly selective isolation Micromonospora and Microbispora. J Ferment Bioeng 1991; 72: 320-326.
- [10] Galatenko OA, Terekhova LP. Isolation of antibiotic-producing actinomycetes from soil samples exposed to UV-light. Antibiotic I Khimioter 1990; 11: 6–8.