Antibiotic Susceptibility Patterns of Gram-Negative Anaerobic Bacteria Isolated from Clinical Samples

Year 2023, Volume: 15 Issue: 2, 16 - 26, 27.12.2023

Alican Bilden , Selahattin Atmaca , Nida Özcan

https://doi.org/10.56484/iamr.1370862

Abstract

Amaç: Anaerop bakteriler vücudun normal flora elemanı olmasına karşın, bağışıklık sisteminin zayıflamasıyla enfeksiyona neden olabilirler. Bu bakterilerin izolasyonları ve identifikasyonları güç olduğu için çoğu laboratuvarda yapılmamaktadır. Bu sebeple çoğu zaman anaerop bakteriler göz ardı edilebilmektedir. Bunun sonucu olarak da gelişen antibiyotik direnç durumları tespit edilememektedir. Bizim bu çalışmadaki amacımız, anaerop bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin bilinmesinin tedavinin seyri açısından gerekli olduğunu ve belirli periyodlarda antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması gerektiğini ortaya koymaktır.
Metod: Çalışmaya, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. Bakteriyoloji/Kültür laboratuvarına, çeşitli klinik birimlerden anaerop kültür istemiyle gönderilmiş 372 numune dahil edilmiştir. Bu numuneler, ilk olarak bakteri izolasyonu için Brucella kanlı agara ekildi. İzole edilen bakterilerin identifikasyonları MALDI-TOF MS ile yapıldıktan sonra antimikrobiyal duyarlılık profillerinin belirlenmesi için E – test yöntemi kullanıldı.
Bulgular: İzole edilen 17 Bacterioides türünde antimikrobiyal direncin en yüksek olduğu antibiyotikler sırasıyla % 100 oranında penisilin (P), % 41,2 oranında klindamisin (CM) ve % 35,3 oranında ise amoksisillin-klavulanik asid (AMC) olarak belirlendi. İzole edilen 22 Prevotella türünde ise antimikrobiyal direncin en yüksek olduğu antibiyotikler % 45,5 oranında penisilin (P) ve % 27,3 oranında moksifloksasin (MX) olarak belirlendi. Yine izole edilen 1 Dialister pneumosintes bakterisinde sadece metronidazol (MZ) direnci gözlemlenirken, 1 Veillonella parvula bakterisinde ise penisilin (P), imipenem (IP) ve piperasillin-tazobaktam (TPZ) antibiyotiklerine karşı direnç gözlemlenmiştir. Son olarak da izole edilen 4 Fusobacterium türünde ise hiçbir antibiyotiğe karşı direnç gözlemlenmemiştir.
Sonuç: Çalışmamızda izole edilen Gram-negatif anaerop bakterilerin büyük çoğunluğunun penisilin, klindamisin, moksifloksasin, metronidazol ve amoksisillin-klavulanik aside karşı bir direnç geliştirdiği veya bu antibiyotiklere karşı artan bir dirence sahip olduğu görülmüştür.
Anahtar Sözcükler: Gram-Negatif Anaerop Bakteriler, E-Test, MIC, MALDI-TOF MS

Keywords

Gram-Negatif Anaerop Bakteriler, E-Test, MIC

Ethical Statement

The Project titled as " Antibiotic susceptibility patterns of gram-negative anaerobic bacteria isolated from clinical specimen" planned by Selahattin ATMACA, Nida ÖZCAN and Alican BILDEN has been approved by the Ethics Committee of Dicle University Faculty of Medicine.

Supporting Institution

This Project was supported by DUBAP (Dicle University Scientific Research Projects) with the number of TIP.19.020.

Project Number

TIP.19.020

References

• Doğan, M. Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Anaerob Bakterilerin Tanımlanması ve Antibiyotik Duyarlılıklarının Belirlenmemesi. Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, Uzmanlık Tezi Tezi, 2008, Konya (Danışman: Prof. Dr. Bülent Baysa).
• Töreci, K. Anaerop bakteriyolojinin tarihçesi ve önemi. in (XXVIII. Türk Mikrobiyolojisi Kongresi, 1996).
• Ulusoy, S. & Leblebicioğlu, H. Anaerop Bakteri İnfeksiyonları (Anaerop İnfeksiyonlar ve Laboratuvar Tanısı). (Bilimsel Tıp, 2005).
• Ustaçelebi, Ş. Temel ve Klinik Mikrobiyoloji (Anaerop Bakteriler). (Güneş Kitabevi, 1999).
• Demir, C. Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram Negatif Anaerop Çomakların Tiplendirilmesi Ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E Test Yöntemi İle Belirlenmesi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, YL Tezi, 2015, Afyonkarahisar.
• Finegold, S. M. ‘Review of Early Research on Anaerobes’. Clin. Infect. Dis. 18, 248–249 (1994).
• Keşli, R. & Çelebi, S. Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilerek Tanımlanan Anaerob Bakteriler ve E-Test Yöntemi ile Antibiyotik Duyarlılıklarının Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiy. Derg. 40, 87–96 (2010).
• Cooley, L. & Teng, J. Anaerobic resistance: should we be worried? Curr. Opin. Infect. Dis. 32, (2019).
• López-Pintor, J. M. et al. Etiology and antimicrobial susceptibility profiles of anaerobic bacteria isolated from clinical samples in a university hospital in Madrid, Spain. Anaerobe 72, 102446 (2021).
• Nagy, E., Boyanova, L. & Justesen, U. S. How to isolate, identify and determine antimicrobial susceptibility of anaerobic bacteria in routine laboratories. Clin. Microbiol. Infect. 24, 1139–1148 (2018).
• National Committee for Clinical Laboratory Standards. Methods for antimicrobial susceptibility testing of anaerobic bacteria; approved standard. 6th ed. Villanova, PA: NCCLS 2004. Document no. M11-A6.
• Papaparaskevas, J. et al. Epidemiological characteristics of infections caused by Bacteroides, Prevotella and Fusobacterium species: A prospective observational study. Anaerobe 17, 113–117 (2011).
• Papaparaskevas, J. et al. Moxifloxacin resistance is prevalent among Bacteroides and Prevotella species in Greece. J. Antimicrob. Chemother. 62, 137–141 (2008).
• Katsandri, A. et al. In vitro activities of tigecycline against recently isolated Gram-negative anaerobic bacteria in Greece, including metronidazole-resistant strains. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 55, 231–236 (2006).
• Maraki, S., Mavromanolaki, V. E., Stafylaki, D. & Kasimati, A. Surveillance of antimicrobial resistance in recent clinical isolates of Gram-negative anaerobic bacteria in a Greek University Hospital. Anaerobe 62, (2020).
• Saat, N. Klinik Örneklerden İzole Edilen Anaerop Bakterilerin Konvansiyonel Yöntem ve MALDİ-TOF İle Tiplendirilmesi Ve Antibiyotik Duyarlılıkları. Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi, Uzmanlık Tezi, 2018, Diyarbakır (Danış: Prof. Dr. Selahattin Atmaca).
• Bacalan, F., Çakır, F., Özcan, N. & Akpolat, N. Identification and antimicrobial susceptibility testing of anaerobic bacteria isolated from clinical samples. Antibiotics 6, 29–32 (2017).
• Jamal, W., Al Hashem, G. & Rotimi, V. O. Antimicrobial resistance among anaerobes isolated from clinical specimens in Kuwait hospitals: Comparative analysis of 11-year data. Anaerobe 31, 25–30 (2015).
• Nagy, E. & Urbán, E. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe: 20years of experience. Clin. Microbiol. Infect. 17, 371–379 (2011).
• Wybo, I. et al. Third Belgian multicentre survey of antibiotic susceptibility of anaerobic bacteria. J. Antimicrob. Chemother. 59, 132–139 (2007).
• Glupczynski, Y., Berhin, C. & Nizet, H. Antimicrobial susceptibility of anaerobic bacteria in Belgium as determined by E-test methodology. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 28, 261–267 (2009).
• Fernández-Canigia, L. et al. First national survey of antibiotic susceptibility of the Bacteroides fragilis group: Emerging resistance to carbapenems in Argentina. Antimicrob. Agents Chemother. 56, 1309–1314 (2012).
• Snydman, D. R. et al. Update on resistance of Bacteroides fragilis group and related species with special attention to carbapenems 2006-2009. Anaerobe 17, 147–151 (2011).
• Cuchural, G. J., Malamy, M. H. & Tally, F. P. β-Lactamase-mediated imipenem resistance in Bacteroides fragilis. Antimicrob. Agents Chemother. 30, 645–648 (1986).
• Wexler, H. M. Bacteroides: The good, the bad, and the nitty-gritty. Clin. Microbiol. Rev. 20, 593–621 (2007).
• Lee, Y. et al. Antimicrobial susceptibility patterns for recent clinical isolates of anaerobic bacteria in South Korea. Antimicrob. Agents Chemother. 54, 3993–3997 (2010).