sdü tıp fak derg

Medical Journal of Süleyman Demirel University

2602-2109

Süleyman Demirel Üniversitesi

10.17343/sdutfd.990103

Clinical Sciences

Klinik Tıp Bilimleri

INVESTIGATION OF THE PREVALENCE OF VIRAL AND BACTERIAL AGENTS BY MULTIPLEX PCR METHOD IN PATIENTS WITH A PRE-DIAGNOSIS OF ACUTE RESPIRATORY TRACT INFECTION IN ISPARTA PROVINCE

ISPARTA İLİNDE AKUT SOLUNUM YOLU ENFEKSİYONU ÖN TANISI OLAN HASTALARDA MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE VİRAL VE BAKTERİYEL ETKENLERİN SIKLIĞININ ARAŞTIRILMASI

https://orcid.org/0000-0002-7349-3438

Şirin

Mümtaz Cem

SÜLEYMAN DEMİREL ÜNİVERSİTESİ, TIP FAKÜLTESİ

06 30 2022

29 2 171 178 09 02 2021 11 24 2021

1994

Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi

ObjectiveRespiratory tract infections are among the mostcommon diseases in all age groups, and theprevalence and seasonal distribution of the agentsmay differ between geographical regions. This studyaimed to determine the prevalence and seasonaldistribution of respiratory tract agents in patientsadmitted to Süleyman Demirel University Researchand Practice Hospital.Material and MethodsRespiratory tract samples sent to the MedicalMicrobiology Laboratory from patients with a prediagnosisof acute respiratory tract infection betweenJanuary 1, 2019 and December 31, 2019 wereinvestigated for the presence of viral and bacterialagents by multiplex real-time polymerase chain reaction(MRT-PCR) method (FTD Respiratory Pathogens21 plus, Fast Track Diagnostics, Luxembourg). Theresults of a total of 120 patients, 20 children and 100adults, were analyzed retrospectively.ResultsOne or more agent positivity was detected in 71(59.2%) of the samples, while no agent was detectedin 49 (40.8%) of the samples. Positivity was detectedin 9 (45%) of the pediatric patients and 62 (62%) of theadults. The most common viral and bacterial agentscausing infection were determined as rhinovirusand Streptococcus pneumoniae, respectively.While rhinovirus (n=20) and S.pneumoniae (n=16)were detected throughout the year, it was observedthat coronaviruses (n=15) caused infection morefrequently in winter and spring months, influenzaviruses (n=9) and respiratory syncytial virus (RSV)A/B (n=8) in winter months.ConclusionIn this study, which is the first research conducted inour province for the identification of respiratory tractpathogens by molecular methods, the most commonagents in children and adults were found to be RSVA/B and rhinovirus, respectively. Simultaneous, rapidand sensitive detection of viral and bacterial agentsresponsible for respiratory tract infections by MRTPCRmethod will guide clinicians in terms of preventingunnecessary antibiotic use and infection control.

AmaçSolunum yolu enfeksiyonları, tüm yaş gruplarında ensık karşılaşılan hastalıklardan olup etkenlerin görülmesıklığı ve mevsimsel dağılımı coğrafi bölgeler arasındafarklılıklar gösterebilmektedir. Bu çalışmada, SüleymanDemirel Üniversitesi Araştırma ve UygulamaHastanesi’ne başvuran hastalarda solunum yolu etkenlerininprevalansı ve mevsimsel dağılımının belirlenmesiamaçlanmıştır.Gereç ve YöntemTıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na 1 Ocak 2019-31Aralık 2019 tarihleri arasında akut solunum yolu enfeksiyonuön tanısı alan hastalardan gönderilen solunumyolu örnekleri, multipleks gerçek zamanlı polimerazzincir reaksiyonu (MRT-PCR) yöntemi (FTDRespiratory Pathogens 21 plus, Fast Track Diagnostics,Luxembourg) ile viral ve bakteriyel etkenlerin varlığıaçısından araştırıldı. Yirmisi çocuk, 100’ü erişkintoplam 120 hastanın sonuçları retrospektif olarak incelendi.BulgularÖrneklerin 71 (%59.2)’inde bir veya birden fazla etkenpozitifliği saptanırken, 49 (%40.8)’unda etkensaptanmadı. Çocuk hastaların 9’unda (%45), erişkinlerin62’sinde (%62) pozitiflik saptandı. Enfeksiyonaen sık yol açan viral ve bakteriyel etkenler sırasıylarinovirüs ve Streptococcus pneumoniae olarak belirlendi.Rinovirüs (n=20) ve S.pneumoniae (n=16) yılboyunca saptanırken, koronavirüslerin (n=15) kış veilkbahar aylarında, influenza virüsleri (n=9) ve solunumsinsityal virüs (RSV) A/B’nin (n=8) kış aylarındadaha sıklıkla enfeksiyona neden oldukları gözlendi.SonuçSolunum yolu patojenlerinin moleküler yöntemlerletanımlanmasına yönelik ilimizde yapılan ilk araştırmaözelliğini taşıyan bu çalışmada, çocuklarda ve erişkinlerdeen sık saptanan etkenlerin sırasıyla RSV A/Bve rinovirüs olduğu görülmüştür. Solunum yolu enfeksiyonlarındansorumlu viral ve bakteriyel etkenlerin MRT-PCR yöntemiyle eş zamanlı, hızlı ve duyarlı bir şekilde tespiti, gereksiz antibiyotik kullanımının önlen-multipmesi ve enfeksiyon kontrolü açısından klinisyenlereyol gösterici olacaktır.

Solunum yolu enfeksiyonları Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu Solunum virüsleri Prevalans

Respiratory tract infections Multiplex polymerase chain reaction Respiratory viruses Prevalence

Tregoning JS, Schwarze J. Respiratory viral infections in infants: causes, clinical symptoms, virology, and immunology. Clin Microbiol Rev 2010;23(1):74-98.

Kesson AM. Respiratory virus infections. Paediatr Respir Rev 2007;8(3):240-8.

Goktas S, Sirin MC. Prevalence and seasonal distribution of respiratory viruses during the 2014-2015 season in Istanbul. Jundishapur J Microbiol 2016;9(9):e39132.

Bayrakdar F, Altaş AB, Korukluoğlu G. Solunum Yolu Virüslerinin 2009-2012 Yılları Arasında Ülkemizdeki Mevsimsel Dağılımı. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2013;43(2):56-66.

Mahony JB, Petrich A, Smieja M. Molecular diagnosis of respiratory virus infections. Crit Rev Clin Lab Sci 2011;48(5-6):217-49.

Çiçek C, Arslan A, Karakuş HS, Yalaz M, Saz EU, Pullukçu H, Çok G. Akut solunum yolu enfeksiyonu olan hastalarda solunum viruslarının prevalansı ve mevsimsel dağılımı, 2002-2014. Mikrobiyol Bul 2015;49(2):188-200.

Alcaide ML, Bisno AL. Pharyngitis and epiglottitis. Infect Dis Clin North Am 2007;21(2):449-69.

Uyar M, Kuyucu N, Tezcan S, Aslan G, Taşdelen B. Bronşiyolit tanısı alan 0-2 yaş grubu çocuklarda insan bokavirus ve diğer solunum viruslarının sıklığının araştırılması. Mikrobiyol Bul 2014;48(2):242-58.

Sancaklı Ö, Yenigün A, Kırdar S. Alt Solunum Yolu Enfeksiyonunda Nazofaringeal Örneklerde Polimeraz Zincir Reaksiyonu Sonuçları. J Pediatr Inf 2012;6:84-9.

Appak Ö, Duman M, Belet N, Sayıner AA. Viral respiratory infections diagnosed by multiplex polymerase chain reaction in pediatric patients. J Med Virol 2019;91(5):731-7.

Arslan A, Çiçek C, Saz EU, Gülen F, Karakuş HS. Viral Solunum Yolu Enfeksiyonlarının Tanısında Bir Multipleks PCR Yönteminin Performansının değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2016;46(4):159-64.

Akçalı S, Yılmaz N, Güler Ö, Şanlidağ T, Anıl M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı. Türk Ped Arş 2013;48(3):215-20.

Özdamar M, Türkoğlu S. Detection of respiratory pathogens in lower respiratory tract infections by multiplex real time PCR in Kocaeli/Istanbul province in 2015-2017. Medeniyet Med J 2018;33(3):188-94.

Şamlıoğlu P, Karaca Derici Y, Yılmaz N, Hancı S. Alt Solunum Yolu İnfeksiyonlarında Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Saptanan Bakteriyel Etkenlerin Değerlendirilmesi. FLORA 2020;25(1):28-32.

Kuşkucu MA, Mete B, Tabak F, Midilli K. Yetişkinlerde Solunum Yolu Viral Etkenlerinin 2010-2018 Yılları Arasındaki Prevalansı ve Mevsimsel Dağılımı. Turk Mikrobiyol Cem Derg 2020;50(1): 21-6.

Goka EA, Vallely PJ, Mutton KJ, Klapper PE. Single and multiple respiratory virus infections and severity of respiratory disease: a systematic review. Paediatr Respir Rev 2014;15(4):363-70.

Maçin S, Fındık D. Viral pathogens and seasonal distribution in respiratory tract infections. FLORA 2020;25(1):69-75.

Dereci S, Çopur Çiçek A, Özkasap S, Mutlu MA, Kocyigit S, Şahin K. Distribution of respiratory viruses which cause lower respiratory tract infection in pediatric age group. J Coast Life Med 2015;3(7):547-50.

Ieven M, Coenen S, Loens K, Lammens C, Coenjaerts F, Vanderstraeten A, ve ark. Aetiology of lower respiratory tract infection in adults in primary care: a prospective study in 11 European countries. Clin Microbiol Infect 2018;24(11):1158-63.

Zhang D, He Z, Xu L, Zhu X, Wu J, Wen W, ve ark. Epidemiology characteristics of respiratory viruses found in children and adults with respiratory tract infections in southern China. Int J Infect Dis 2014;25:159-64.

Ağca H, Akalın H, Ali R, Çetin ED, Cilo BD, Kazak E, ve ark. Nötropenik Hastaların Solunum Yolu Örneklerinde Viral Etkenlerin Araştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cem Derg 2019;49(3):125-31.

Kanberoğlu Gİ, Güdeloğlu E, Bağ Ö, Ecevit ÇÖ. Akut alt solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle hastaneye yatan çocuklarda Multiplex-PCR ile saptanan enfeksiyöz etkenlerin değerlendirilmesi. Pam Tıp Derg 2021;14:604-10.

Kurutepe S, Ecemiş T, Özgen A, Biçmen C, Çelik P, Aktoğu Özkan S, ve ark. Toplum Kökenli Pnömonisi Olan Erişkin Hastalarda Konvansiyonel ve Multipleks PCR Yöntemleriyle Bakteriyel Etiyolojinin Araştırılması. Mikrobiyol Bul 2012;46(4):523-31.

Aydemir Y, Aydemir Ö, Pekcan S, Özdemir M. Value of multiplex PCR to determine the bacterial and viral aetiology of pneumonia in school-age children. Paediatr Int Child Health 2017;37(1):29-34.

Bénet T, Sylla M, Messaoudi M, Sánchez Picot V, Telles JN, Diakite AA, ve ark. Etiology and factors associated with pneumonia in children under 5 years of age in Mali: a prospective case-control study. PLoS One 2015;10(12):e0145447.

Honkinen M, Lahti E, Österback R, Ruuskanen O, Waris M. Viruses and bacteria in sputum samples of children with community-acquired pneumonia. Clin Microbiol Infect 2012;18(3):300-7.

Hamano-Hasegawa K, Morozumi M, Nakayama E, Chiba N, Murayama SY, Sunakawa K, ve ark. Comprehensive detection of causative pathogens using real-time PCR to diagnose pediatric community-acquired pneumonia. J Infect Chemother 2008;14(6):424-32.

Asner SA, Science ME, Tran D, Smieja M, Merglen A, Mertz D. Clinical disease severity of respiratory viral co-infection versus single viral infection: a systematic review and meta-analysis. PLoS One 2014;9(6):e99392.

Çolak M, Aktaş Tapısız A, Güzel Tunçcan Ö, Bozdayı G. COVID-19 pandemisi öncesinde Coronaviridae ailesi pozitifliğinin ve mevsimsel dağılımının; retrospektif olarak değerlendirilmesi (2016-2020). FLORA 2020;25(4):480-9.

Çiçek C, Bayram N, Anıl M, Gülen F, Pullukçu H, Saz EU, ve ark. Solunum virusları ve influenza A virus alt tiplerinin multipleks PCR yöntemi ile aynı anda saptanması. Mikrobiyol Bul 2014;48(4):652-60.

Choi EH, Lee HJ, Kim SJ, Eun BW, Kim NH, Lee JA, ve ark. The association of newly identified respiratory viruses with lower respiratory tract infections in Korean children, 2000-2005. Clin Infect Dis 2006;43(5):585-92.