SETBP1 Geninde Mental Retardasyon Tip 29 Sendromuyla Ilişkili Yeni Mutasyon Tanımlanması: Olgu Sunumu

Yıl 2019, Cilt: 9 Sayı: 4, 715 - 720, 16.12.2019

Meryem Alagoz Ezgi Gunger Adnan Yuksel

https://doi.org/10.31832/smj.589375

Öz

Özet

Amaç:
Mental retardasyon genetik ve çevresel faktörlerin etkilileri sonucu ortaya
çıkan konjenital anomalilerdir. Genetik bozuklukların Mental retardasyonun
gelişmesindeki etkinliği göz önüne alındığında genetik tanın hastalığın teşhisi
ve tedavisideki rolü büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada amacımız zihinsel
engelli tanısı konulan hastada, hastalığın genetik sebeplerinin detaylı bir
şekilde araştırılmasıdır. 

Gereç
ve yöntemler: Bu çalışmada Yeni Nesil Dizileme (NGS)
teknolojisi kullanılmıştır. İnsanlardaki 60MB'lık ekzom bölgeleri," Agilent
Sure Select Human All Exon V6" kiti kullanılarak zenginleştirilmiştir.
Zenginleştirilen kütüphane, Illumina yeni nesil dizileme platformunda ortalama
100X kapsama ile dizilenmiştir. Sonuçların biyoinformatik analizi
Burrows-Wheeler Aligner programı ile GRCh37/hg19 genom hizalaması kullanılarak
yapılmış.

Bulgular:
Yeni nesil dizileme yöntemi (NGS) kullanılarak
hastanın tüm genomundaki protein kodlayan genlerin (WES) dizilenmesi sonucunda,
klinik bulgularla ilişkili olarak SETBP1 geninde heterezigot otomozmal baskın
değişim saptanmıştır. ACMG kriterlerine göre bu değişim klinik etkisi henüz
bilinmeyen (VUS) yeni bir mutasyon c.3515G>T olarak sınıflandırılmıştır.
Hastada bulunan bu yeni mutasyon Sanger dizileme ile doğrulanmıştır. SET
bağlayıcı protein 1’ in (SET binding protein 1), beyin hücrelerinin gelişiminde
ve işlevinde son derece önemli bir rolü olabileceği öngörülmektedir.

Sonuç:
Mental retardasyonda erken dönemde teşhis koyulması ve müdahale edilmesi
durumunda hastalığın seyrinin daha olumlu yönde gitmesi sağlanabilir ve
tedavisinde büyük farklar yaratılabilir. Hastada SETBP1 geninde heterozigot
olarak saptanmış olan yeni mutasyon, hastanın verilen klinik bulguları ile
ilişki göstermektedir. Bu çalışma, SET bağlayıcı protein 1'in (SETBP1), beyin
hücrelerinin gelişiminde ve fonksiyonunda önemli bir rol oynayabileceğini,
dolayısıyla fonksiyonunu bozulmuş bu proteinin, hastanın zihinsel gelişiminde geriliğe
neden olduğunu öne sürülmektedir.

 

Anahtar Kelimeler

Anahtar Kelimeler: Mental retardasyon, SETBP1, Yeni nesil dizileme (NGS)

Kaynakça

• KAYNAKLAR:1. DeSilva M, Munoz FM, Mcmillan M, et al. Congenital anomalies: Case definition and guidelines for data collection, analysis, and presentation of immunization safety data. Vaccine. 2016;34(49):6015-6026.
• 2. Salvador-Carulla L, Reed GM, Vaez-Azizi LM, et al. Intellectual developmental disorders: towards a new name, definition and framework for “mental retardation/intellectual disability” in ICD-11. World Psychiatry. 2011;10(3):175-180.
• 3. Huang J, Zhu T, Qu Y, Mu D. Prenatal, perinatal and neonatal risk factors for intellectual disability: A systemic review and meta- Analysis. PLoS One. 2016;11(4):1-12. doi:10.1371/journal.pone.0153655
• 4. Nemerimana M, Chege MN, Odhiambo EA. Risk Factors Associated with Severity of Nongenetic Intellectual Disability (Mental Retardation) among Children Aged 2–18 Years Attending Kenyatta National Hospital. Neurol Res Int. 2018;2018:1-11.
• 5. Maria Puiu, Simona Dumitriu, Adela Chiriță-Emandi, Raluca Grădinaru and Smaranda Arghirescu (January 9th 2013). The Genetics of Mental Retardation, Genetic Disorders, Maria Puiu, IntechOpen
• 6. . Chiurazzi P, Schwartz CE, Gecz J, Neri G. XLMR genes: update 2007. Eur J Hum Genet 2008; 16: 422–434.
• 7. Antonarakis SE, Van Aelst L. Mind the GAP, Rho, Rab and GDI. Nat Genet 1998; 19: 106–108.
• 8. Higgins, J. J., Rosen, D. R., Loveless, J. M., Clyman, J. C., Grau, M. J. A gene for nonsyndromic mental retardation maps to chromosome 3p25-pter. Neurology 55: 335-340, 2000.
• 9. Al-Amri, A., Al Saegh, A., Al-Mamari, W., El-Asrag, M. E., Ivorra, J. L., Cardno, A. G., Inglehearn, C. F., Clapcote, S. J., Ali, M. Homozygous single base deletion in TUSC3 causes intellectual disability with developmental delay in an Omani family. Am. J. Med. Genet. 170A: 1826-1831, 2016
• 10. Poirier, K., Lebrun, N., Broix, L., Tian, G., Saillour, Y., Boscheron, C., Parrini, E., Valence, S., Saint Pierre, B., Oger, M., Lacombe, D., Genevieve, D., and 23 others. Mutations in TUBG1, DYNC1H1, KIF5C and KIF2A cause malformations of cortical development and microcephaly. Nature Genet. 45: 639-647, 2013. Note: Erratum: Nature Genet. 45: 962 only, 2013.
• 11.Hoischen A, Van Bon BWM, Gilissen C, et al. De novo mutations of SETBP1 cause Schinzel-Giedion syndrome. Nat Genet. 2010;42(6):483-485.
• 12. Piazza R, Magistroni V, Redaelli S, et al. SETBP1 induces transcription of a network of development genes by acting as an epigenetic hub. Nat Commun. 2018;9