SIRE1 is an active and relatively high copy-number retroelement belongs to the Tyl/Copia long terminal repeat (LTR) retrotransposon superfamily. Distinctive SIRE1 elements (ENV and GAG) distributions in barley genome were observed by using fluorescent in situ hybridization (FISH). We performed PCR to obtain tetramethylrhodamine-dUTP (TRITC)-labelled probes. Localizations of SIRE1 ENV and GAG domains were demonstrated under confocal microscope on Hordeum vulgare L. cv. Hasat root preparations. Our results revealed the distributions of SIRE1 elements ENV and GAG in barley genome. These results may provide to uncover the organization of SIRE retrotransposon pattern in barley genome.
Fluorescence in situ hybridization Retrotransposon SIRE1 Barley ENV GAG
The authors thank Dr. Stuart James Lucas for his kind revision.
SIRE1, Tyl/Copia Uzun Uç Tekrarlı (Long Terminal Repeats- LTR) retrotranspozon üst ailesine ait olan aktif, nispeten yüksek kopyalı bir retroementtir. Arpa genomundaki ayırt edici SIRE1 elementlerinin (ENV ve GAG) dağılımları floresan in situ hibridizasyonu (FISH) kullanılarak gözlemlendi. Tetramethylrhodamine-dUTP (TRITC)-işaretli probların elde edilmesinde PCR gerçekleştirildi. SIRE1 ENV ve GAG domainlerinin yerleşimleri, Hordeum vulgare L. cv. Hasat kök preparatlarında konfokal mikroskobu altında gösterildi. Sonuçlarımız, arpa genomundaki SIRE1 elementlerinin ENV ve GAG dağılımlarını göstermektedir. Bu sonuçlar, SIRE1 elementlerinin arpa genomunun organizasyonunun ortaya çıkarılmasına katkı sağlayacaktır.
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Genetik |
Bölüm | Araştırma Makalesi/Research Article |
Yazarlar | |
Yayımlanma Tarihi | 15 Nisan 2021 |
Gönderilme Tarihi | 24 Temmuz 2020 |
Kabul Tarihi | 9 Ekim 2020 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2021 Cilt: 22 Sayı: 1 |
You can reach the journal's archive between the years of 2000-2011 via https://dergipark.org.tr/en/pub/trakyafbd/archive (Trakya University Journal of Natural Sciences (=Trakya University Journal of Science)
Trakya University Journal of Natural Sciences is licensed under Creative Commons Attribution 4.0 International License.