Eski Uygurca, Türk dilinin tarihi seyri içinde Manici ve Buddhacı öğretilere ait çeşitli eserlere sahip bir dönem olarak filologlar açısından önemli bir yere sahiptir. Eski Uygur Türkçesi, günümüz Türk dil ve lehçelerinde çeşitli özellikleriyle aynen ya da bazı değişimlerle Sarı Uygurca başta olmak üzere, diğer modern Türk dillerinde yaşamaya devam etmektedir. Çağatay Hanlığı 1227’de Çingiz Han’ın oğlu Çağatay tarafından kurulmuştur. Çağatayca resmî dil olarak varlığını, Sovyet hâkimiyetiyle birlikte kaybetmiştir. Günümüz Uygur ve Özbek Türkçelerinde yaşamaya devam etmektedir. Bu çalışmada Eski Uygur Türkçesine ait yazım, ses ve biçim özelliklerinin Çağatay Türkçesindeki izleri sürülecektir. Ahmet Vefik Paşa ve Şemsettin Sami’nin ifadelerine göre Çağatay Türkçesi, Eski Uygur Türkçesi üzerine inşa edilmiştir. Her iki yazarın dile getirdiği Türk, Çağatay, Uygur ve Uygurca gibi tanımlardan hareketle, teorik zemini oluşturulan çalışmada ilgili dönemlere dair birçok ortaklık ve ayrılık çalışmada gösterilecektir