Year 2019, Volume 29, Issue 2, Pages 300 - 308 2019-06-28

Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers
Aspir (Carthamus tinctorius L.) 'de Genetik Çeşitliliğin RAPD Markörleri Kullanarak Değerlendirilmesi

Refiye Refika AKÇALI GIACHINO [1] , Duygu İNAN [2]

14 46

This research was carried out to determine the genetic distances and variability between some safflower landraces and registered varieties. As plant material, four safflower landraces (TR 49119, TR 42630, TR 42670 and TR 64702) and three registered varieties (Yenice 5-38, Remzibey 05 and Dinçer 5-118) obtained from the Aegean Agricultural Research Institute, Turkey were used. The safflower varieties were analyzed at the molecular level using RAPD markers. The polymorphic band ratios of ten RAPD primers varied from 33.3% to (OPK-11) 80% (OPS-04). The average polymorphic band ratio was found to be 63.9%. The polymorphism information content values of the RAPD primers ranged from 0.24 for OPC-03 to 0.46 for OPA-19. The mean PIC value was determined as 0.38. The mean resolution power value was found to be 3.37, the effective multiplex ratio value was 4.14, and the marker index value was 1.57. The genetic distances were obtained using NTSYS-pc 2.20j statistic package program according to Jaccard’s similarity coefficient. The genetic similarity values of the safflower genotypes varied between 0.61 and 0.85. The average similarity was calculated as 0.69. The cluster analyses of the RAPD markers grouped the genotypes into two major clusters (UPGMA dendrogram). With slight differences, the landraces and registered varieties were included in separate groups. The TR 64702 line and Remzibey 05 registered variety were genetically most similar genotypes with a value of 0.85.

Çalışmada, Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü’nden temin edilmiş olan 4 yerel çeşit (TR 49119, TR 42630, TR 42670 ve TR 64702) ve üç adet tescilli aspir çeşidi (Yenice 5-38, Remzibey 05 ve Dinçer 5-118) materyal olarak kullanılmıştır. Aspir çeşitleri, RAPD markörleri kullanılarak moleküler düzeyde analiz edilmiştir. Kullanılan on adet RAPD primerinin polimorfik bant oranı % 33.3 (OPK-11) ile % 80 (OPS-04) arasında değişim göstermiştir. Ortalama polimorfik bant oranı % 63.9 olarak belirlenmiştir. RAPD primerlerinin polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerleri incelendiğinde, 0.24 (OPC-03) ile 0.46 (OPA-19) arasında değişim gösterdiği gözlenmiştir. Ortalama PIC değeri 0.38 olarak bulunmuştur. Ortalama çözümleme gücü değeri 3.37, etkili multipleks oran değeri 4.14 ve markör endeks değeri ise 1.57 olarak belirlenmiştir. NTSYS-pc 2.20j istatistik paket programında Jaccard’ın benzerlik katsayısına göre genotipler arasındaki genetik uzaklık değerleri elde edilmiştir. Aspir genotiplerine ait genetik benzerlik değerleri 0.61 ile 0.85 arasında değişim göstermiştir. Ortalama benzerlik oranı 0.69 olarak bulunmuştur. Aspir çeşitleri UPGMA gruplandırmasına göre iki gruba ayrılmışlardır. Küçük bir nüansla yerli ve tescilli çeşitler ayrı gruplarda yer almıştır. TR 64702 yerel çeşidi ile Remzibey 05 tescilli çeşidi 0.85 değeriyle genetik olarak en benzer genotipler olarak gözlenmiştir.

  • Amini, F., Saeidi, G., Arzani, A. (2008). Study of genetic diversity in safflower genotypes using agro-morphological traits and RAPD markers. Euphytica, 163:21–30.
  • Babaoğlu, M. (2007). Aspir ve tarımı. Trakya Tarımsal Araştırmalar Enstitüsü, Edirne.
  • Baydar, H., Kara, N. (2010). Aspir (Carthamus tinctorius L.)’in Büyüme ve Gelisme Dönemlerinde Vejetatif ve Genaratif Organlarda Kuru Madde Birikimi, Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 14-2( 2010),148-155.
  • Er, C., Geçit, H.H., Başalma, D., Avcı, M., Kaya, D., Akdoğan, G., Çevik, N., Güneş, E., Ada, R., Koç, H., Koşar, F., Şentürk, Ş. (2010). Orta Anadolu Şartlarında Yağ Bitkilerinin Üretim Deseni İçerisinde Yeralabilme Potansiyeli Sonuç Raporu. TÜBİTAK Proje No:105O592.
  • FAOSTAT. (2017). FAO Statistical Databases. http://www.fao.org/faostat/en/ Accessed 06.04.2019
  • Jaccard, P. (1908) Novelles recherches sur la distribution florale. Bulletin de la Société vaudoise des sciences naturelles, 44: 223-270.
  • Mahasi, M. J., Wachira F. N., Pathak R. S. and Riungu T. C. (2009). Genetic polymorphism in exotic safflower (Carthamus tinctorious L.) using RAPD markers, Journal of Plant Breeding and Crop Science Vol. 1(1). pp. 008-012.
  • Mantel, N. A. (1967) The detection of disease clustering and a generalized regression approach. Cancer Research, 27: 209-220.
  • Milbourne, D., Meyer, R., Bradshaw, J.E., Baird, E., Bonar, N., Provan, J., Powell, W. and Waugh, R. (1997) Comparison of PCR-Based Marker Systems for the Analysis of Genetic Relationships in Cultivated Potato. Mol. Breed. 3(2): 127-136.
  • Mullis, K. B., F. Faloona, S. Scharf, R. Saiki, G. Horn, H. Erlich. (1986) Specific Enzymatic Amplification of DNA In Vitro: The Polymerase Chain Reaction. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 51: 263-273. https://doi.org/10.1101/SQB.1986.051.01.032.
  • Powell, W., M. Morgante, C. Andre, M. Hanafey, J. Vogel, S. Tingey and Rafalski, A. (1996) The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2: 225-238.
  • Prevost, A. and Wilkinson, M. J. (1999) A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars. Theoretical and Applied Genetics, 98: 107-112.
  • Rohlf, FJ. (2000). NTSYS-PC, Numerical taxonomy and multi-variate analysis system, version 2.20j. Exeter Publications, Setauket, New York
  • Safavi, S.A., Pourdad, S.S., Taeb, M., and Khosroshahli, M. (2010). Assessment of genetic variation among safflower (Carthamus tinctorius L.) accessions using agro-morphological traits and molecular markers, Journal of Food, Agriculture & Environment Vol.8 (3&4): 616 - 625.
  • Sehgal, D. and Raina, S.N. (2005) Genotyping safflower (Carthamus tinctorius) cultivars by DNA fingerprints. Euphytica, 146: 67–76.
  • Sehgal, D., Rajpal, V.R., Raina, S.N., Sasanuma, T., Sasakuma, T. (2009) Assaying polymorphism at DNA level for genetic diversity diagnostics of the safflower (Carthamus tinctorius L.) World germplasm resources. Genetica, 135:457–470.
  • Tonguç, M., Baydar, H., Karakurt, Y., Erbas, S. (2010) Aspirde Genetik Çesitliligin Morfolojik ve Moleküler Yöntemlerle Karakterizasyonu ve İleri Hatlarda Genetik Harita Çıkarma imkanlarının Araştırılması Sonuç Raporu. TÜBİTAK Proje No:107O504.
  • TÜİK. (2018). Türkiye İstatistik Kurumu http://www.tuik.gov.tr/Start.do Accessed 06.04.2019
  • Weiss, E.A. (2000) Safflower. In: Oilseed Crops, Blackwell Sci. Ltd., Victoria, Australia, pp 93-129
  • Williams, J. G. K., Kubelik, A. R., Livak, K. J., Rafalski, J. A., Tingey, S. V. (1990) DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers are Useful as Genetic Marker. Nucleic Acid Research, 18, 22, 6531-6535.
Primary Language en
Subjects Plant Science
Published Date Haziran 2019
Journal Section Articles
Authors

Orcid: 0000-0002-6473-7250
Author: Refiye Refika AKÇALI GIACHINO (Primary Author)
Institution: EGE ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ, TARLA BİTKİLERİ BÖLÜMÜ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0001-6874-6755
Author: Duygu İNAN
Institution: EGE ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ, TARLA BİTKİLERİ BÖLÜMÜ
Country: Turkey


Supporting Institution The Commission of Scientific Research Projects of Ege University
Project Number 2011/ZRF/073
Thanks The author thanks the Commission of Scientific Research Projects of Ege University for the financial support to carry out this study (Project no: 2011/ZRF/073).
Dates

Publication Date: June 28, 2019

Bibtex @research article { yyutbd560936, journal = {Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi}, issn = {1308-7576}, eissn = {1308-7584}, address = {Yuzuncu Yil University}, year = {2019}, volume = {29}, pages = {300 - 308}, doi = {10.29133/yyutbd.560936}, title = {Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers}, key = {cite}, author = {AKÇALI GIACHINO, Refiye Refika and İNAN, Duygu} }
APA AKÇALI GIACHINO, R , İNAN, D . (2019). Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 29 (2), 300-308. DOI: 10.29133/yyutbd.560936
MLA AKÇALI GIACHINO, R , İNAN, D . "Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers". Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi 29 (2019): 300-308 <http://dergipark.org.tr/yyutbd/issue/46710/560936>
Chicago AKÇALI GIACHINO, R , İNAN, D . "Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers". Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi 29 (2019): 300-308
RIS TY - JOUR T1 - Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers AU - Refiye Refika AKÇALI GIACHINO , Duygu İNAN Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.29133/yyutbd.560936 DO - 10.29133/yyutbd.560936 T2 - Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 300 EP - 308 VL - 29 IS - 2 SN - 1308-7576-1308-7584 M3 - doi: 10.29133/yyutbd.560936 UR - https://doi.org/10.29133/yyutbd.560936 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Yuzuncu Yıl University Journal of Agricultural Sciences Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers %A Refiye Refika AKÇALI GIACHINO , Duygu İNAN %T Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers %D 2019 %J Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi %P 1308-7576-1308-7584 %V 29 %N 2 %R doi: 10.29133/yyutbd.560936 %U 10.29133/yyutbd.560936
ISNAD AKÇALI GIACHINO, Refiye Refika , İNAN, Duygu . "Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers". Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi 29 / 2 (June 2019): 300-308. https://doi.org/10.29133/yyutbd.560936
AMA AKÇALI GIACHINO R , İNAN D . Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers. YYU J AGR SCI. 2019; 29(2): 300-308.
Vancouver AKÇALI GIACHINO R , İNAN D . Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi. 2019; 29(2): 308-300.