Changes in Antimicrobial Susceptibility Patterns of Microorganisms Isolated from Urine Cultures in the Last Decade.

Year 2023, Volume: 7 Issue: 3, 213 - 219, 25.10.2023

Osman Sezer Cirit

https://doi.org/10.34084/bshr.1359304

Abstract

Aim: Urinary tract infections are the infections for which antibiotics are most frequently prescribed to outpatients. The purpose of this study is to evaluate the ten-year change in antibiotic resistance profiles of microorganisms grown in urine cultures.
Material and Method: The results of urine cultures that were sent to the Microbiology Laboratory between 01.01.2013 and 31.12.2022 were evaluated retrospectively. Identification and antimicrobial susceptibility of microorganisms were performed with the BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, Maryland, USA) device between 2015-2016, and with the VITEK-2 compact system (BioMérieux, France) between 2013-2014, 2017-2022. While the antibiotic susceptibility results of the isolates were interpreted using the clinical breakpoints defined by the Clinical Laboratory and Standards Institute (CLSI) between 2013 and 2015, they were evaluated according to the EUCAST (European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing) criteria after 2015.
Results: The most common microorganism is Eschericha coli (E. coli) (4898) with 49%, while the second most common agent is Klebsiella spp with 13.8%. (1380) were gram-negative microorganisms. While the most sensitive antibiotics were carbapenem and aminoglycoside groups in E. coli and Klebsiella spp, the resistance to ampicillin, ciprofloxacin and cephalosporins in E. coli was over 60%, while this rate was around 80% in Klebsiella spp. In our study, resistance rates of PIP-TZP, ceftazidime, carbapenems, aminoglycosides and quinolones were higher against Acinetobacter spp than Pseudomonas spp. In general, resistance to Acinetobacter spp. and Klebsiella spp, and there was a tendency for the resistance rates of all microorganisms to increase over the years.
Conclusion: Creating more detailed cumulative antibiogram reports, sharing these reports with relevant clinics within specified periods, establishing antimicrobial management teams that will work in harmony with infection control committees in hospitals, structuring a nationwide surveillance program; It will contribute to the determination of empirical treatment, prevention of the development of antimicrobial resistance and control of hospital-acquired infections.

Keywords

antimicrobial resistance, urine culture, E.coli

Ethical Statement

Gaziantep University 2023/267 29.08.2023

Supporting Institution

Gaziantep University

Project Number

267

İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Mikroorganizmaların Antimikrobiyal Duyarlılık Paternlerinin Son On Yıldaki Değişimi

Abstract

Amaç: İdrar yolu enfeksiyonları, polikliniklere başvuran hastalara en sık antibiyotik reçete edilen enfeksiyonlardır. Bu çalışmanın amacı idrar kültürlerinde üreyen mikroorganizmaların antibiyotik direnç profillerindeki on yıllık değişimi değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntem: Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 01.01.2013 ile 31.12.2022 tarihleri arasında gönderilen idrar kültürü sonuçları retrospektif olarak değerlendirildi. Mikroorganizmaların tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılıkları iki ayrı sitemle, 2015-2016 yılları arasında BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, Maryland, ABD) cihazıyla 2013-2014 ve 2017-2022 yılları arasında ise VITEK-2 kompakt sistemiyle (BioMérieux, Fransa) yapıldı. İzolatların antibiyotik duyarlılık sonuçları 2013-2015 yılları arasında Klinik Laboratuvar ve Standartlar Enstitüsü (CLSI) tarafından tanımlanan klinik sınır değerleri kullanılarak yorumlanırken 2015 sonrası EUCAST (Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi) kriterlerine göre değerlendirildi.
Bulgular: En sık görülen mikroorganizma %49 ile Eschericha coli (E. coli) (4898) olurken ikinci en sık etken %13,8 ile Klebsiella spp. (1380) gibi gram negatif mikroorganizmalardı. E. coli ve Klebsiella spp’de en duyarlı antibiyotikler karbapenem ve aminoglikozid grubuyken E. coli’de ampisilin, siprofloksasin ve sefalosporinlere direnç yüzde 60’ın üzerindeyken bu oran Klebsiella spp’de %80 civarında tespit edildi. Çalışmamızda, PİP-TZP, seftazidim, karbapenemler, aminoglikozidler ve kinolonların Acinetobacter spp’ye karşı direnç oranları Pseudomonas spp’ye göre daha yüksekti. Genel olarak direnç Acinetobacter spp. ve Klebsiella spp’da daha ciddiydi ve tüm mikroorganizmaların direnç oranlarında yıllar içinde artış eğilimi vardı.
Sonuç: Daha detaylı kümülatif antibiyogram raporlarının oluşturulması, bu raporların belirlenen sürelerde ilgili kliniklerle paylaşılması, hastanelerde enfeksiyon kontrol komiteleri ile uyum içerisinde çalışacak antimikrobiyal yönetim ekiplerinin oluşturulması, ülke çapında sürveyans programının yapılandırılması; ampirik tedavinin belirlenmesine, antimikrobiyal direnç gelişiminin önlenmesine ve hastane kaynaklı enfeksiyonların kontrolüne katkıda bulunacaktır.

Keywords

: antimikrobiyal direnç, idrar kültürü, E. coli

Ethical Statement

Gaziantep Üniversitesi 2023/267 29.08.2023

Supporting Institution

Gaziantep Üniversitesi

Project Number

267

References

• 1. Akbar R, World Health Organization. 2019. Ten threats to global health in 2019. https://www.who.int/news-room/spotlight/ten-threats-to-global-health-in-2019. Accessed 13 September 2019.
• 2. Flores-Mireles, A.L.; Walker, J.N.; Caparon, M.; Hultgren, S.J. Urinary tract infections: Epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat. Rev. Microbiol. 2015;13: 269–284.
• 3. Wagenlehner, F.; Tandogdu, Z.; Bartoletti, R.; Cai, T.; Cek, M.; Kulchavenya, E.; Koves, B.; Naber, K.; Perepanova, T.; Tenke, P.; et al. The Global Prevalence of Infections in Urology Study: A Long-Term, Worldwide Surveillance Study on Urological Infections. Pathogens 2016;5:10.
• 4. Goebel MC, Trautner BW, Grigoryan L. The five ds of outpatient antibiotic stewardship for urinary tract infections. Clin Microbiol Rev. 2021;34(4):e00003–20. doi:10.1128/cmr.00003-20)
• 5. Mancuso, G.; Midiri, A.; Gerace, E.; Marra, M.; Zummo, S.; Biondo, C. Urinary Tract Infections: The Current Scenario and Future Prospects. Pathogens 2023;12:623. https://doi.org/10.3390/ pathogens12040623
• 6. Barlam TF, Cosgrove SE, Abbo LM, MacDougall C, Schuetz AN, Septimus EJ, Srinivasan A, Dellit TH, Falck-Ytter YT, Fishman NO, Hamilton CW, Jenkins TC, Lipsett PA, Malani PN, May LS, Moran GJ, Neuhauser MM, Newland JG, Ohl CA, Samore MH, Seo SK, Trivedi KK. Implementing an antibiotic stewardship program: guidelines by the Infectious Diseases Society of America and the Society for Healthcare Epidemiology of America. Clin Infect Dis 2016;62:e51–e77. https://doi.org/10.1093/cid/ ciw118.
• 7.https://www.klimud.org/public/uploads/content/files/%C3%9Criner%20Sistem%20%C3%96rneklerinin%20Laboratuvar%20Tan%C4%B1s%C4%B1%20(Ver2.1-2020).pdf
• 8. Clinical and Laboratory Standards Institute. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically; approved standard ninth edition. Document M07-A9. Wayne, PA: CLSI; 2012.
• 9. www.eucast.org
• 10. Flores-Mireles, A., Walker, J., Caparon, M. et al. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol 2015;13:269–284. https://doi.org/10.1038/nrmicro3432.
• 11. Harrington, R.D.; Hooton, T.M. Urinary tract infection risk factors and gender. J. Gend.-Specif. Med. JGSM Off. J. Partnersh. Women’s Health Columbia 2000;3:27–34
• 12. https://hsgm.saglik.gov.tr/depo/birimler/bulasici-hastaliklar-ve-erken-uyari-db/Dokumanlar/Raporlar/ETKEN_DAGILIM_VE_DIRENC_2022_RAPOR-v2.pdf
• 13. Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2023 - 2021 data. Stockholm: European Centre for Disease Prevention and Control and World Health Organization; 2023.
• 14. Avcıoğlu F ve Behçet M. Üriner sistem enfeksiyonu etkeni Escherichia coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarının değerlendirilmesi. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2020;50(3):172-7.
• 15. Tanrıverdi Çaycı Y, Karacan G, Yoosefi M, Bilgin K, Gür Vural D, Birinci A. Çocuklarda idrar kültüründen izole edilen gram negatif bak- terilerin ve antibiyotik duyarlılıklarının retrospektif olarak değerlendirilmesi. Ahi Evran Med J. 2022;6(2):168-173. DOI:10.46332/aemj.957515
• 16. Demir Çuha M, Hazırolan G. İdrar kültürlerinden izole edilen nonfermentatif bakterilerin dağılım özelliklerinin ve antibiyotik direncinin analizi. ANKEM Derg. 2020;34(2):56-64.
• 17. Kalyoncu BN, Koçoğlu ME, Özekinci T, Biçer RT, Aydın G, Önder N, Özmen M. İstanbul’da bir şehir hastanesinde izole edilen üriner sistem patojenleri ve antibiyotik direnç profillerinin değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2023;37(1):18-27.
• 18. Keskin BH, Çalışkan E, Kaya S, Köse E, Şahin İ. Üriner sistem enfeksiyonlarında etken bakteriler ve antibiyotik direnç oranları. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2021;51(3):254-62.