Antibiotic resistance rates of methicilin resistant Staphylococcus aureus strains isolated from Dicle University Medical Faculty Hospital in 2018, 2019 and 2020

Abstract

Staphylococcus aureus is one of the main causes of osteoarticular, skin, soft tissue, respiratory tract infections as well as bacteremia and infective endocarditis. In this study, we aimed to present the resistance rates of methicillin resistant S.aureus (MRSA) strains isolated from different clinical samples taken from inpatients who admitted to our hospital in 2018, 2019 and 2020, and to be presented together with the results obtained from similar studies conducted in different periods in our country. Of the 322 strains detected in 2018, 2019 and 2020, 135 were sent from intensive care units and 187 from hospitalized patients 32 % of the strains were isolated from blood, 20,8 % from wound, 19,2 % from respiratory tract, 6.5 % from urine, 6,2 % from sterile fluids and 13,9 % from other samples. Within the three-year period. The lowest resistance rates were 1 % and 2 % in 2018 for linezolid and quinopristin / dalfopristin, respectively,and against teicoplanin with 1 % in 2019 and 2 % in 2020. All MRSA isolates were susceptible to vancomycin and daptomycin for all three periods. Erythromycin and clindamycin resistance of MRSA strains increased statistically significantly (p: 0,002 and p: 0,004) in 2019 compared to 2018. Erythromycin resistance decreased in 2020 compared to 2019 (p: 0,015). Rifampin resistance increased in 2020 compared to 2018 (p: 0,003), tobramycin resistance decreased in 2019 compared to 2018 (p: 0,009). Gentamicin resistance of MRSA strains decreased in 2019 compared to 2018 (p: 0,023), and levofloxacin resistance decreased in 2020 compared to 2018 (p: 0,044). In 2019, MRSA strains were mostly isolated from blood (35 %). In 2019, the strains isolated from the blood increased at a statistically significant level compared to the wound compared to 2018 (p: 0,09). In this study, we found that MRSA strains still have high susceptibility rates especially against glycopeptides, linezolid, quinupristin / dalfopristin, and daptomycin, which are defined as new antibiotics. We also found a low rate of resistance to fusidic acid, fosfomycin and trimethoprim / sulfamethoxazole. Presentation of antibiotic resistance profiles of MRSA strains isolated from different regions across the country at different time intervals will guide the selection of antimicrobials in treatment and will also help reduce resistance rates.

Keywords

• antimicrobial resistance
• methicillin resistant Staphylococcus aureus

DİCLE ÜNİVERSİTESİ TIP FAKÜLTESİ HASTANESİ’NDE YATAN HASTALARDAN 2018, 2019 VE 2020 YILLARINDA İZOLE EDİLEN METİSİLİNE DİRENÇLİ STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUŞLARININ ÇEŞİTLİ ANTİBİYOTİKLERE KARŞI DİRENÇ ORANLARI

Abstract

Staphylococcus aureus, bakteriyemi ve enfektif endokarditin yanı sıra kemik, eklem, deri, yumuşak doku ve solunum yolu enfeksiyonlarının başlıca nedenlerindendir. Bu çalışmada hastanemizde 2018, 2019 ve 2020 yılları içerisinde yatan hastalardan alınan farklı klinik örneklerden izole ettiğimiz metisilin dirençli S.aureus (MRSA) suşlarının çeşitli antibiyotiklere karşı direnç oranlarının sunulması ve ülkemizde farklı dönemlerde yapılan benzer çalışmalardan elde edilen sonuçlarla birlikte incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza üç yıllık zaman aralığında izole ettiğimiz toplam 322 MRSA suşu dahil edilmiştir. Bunların 135’i (% 42) yoğun bakım ünitelerinden, 187’si (% 58) kliniklerde yatan hastalardan gönderilmiştir. Suşların % 32’si kan, % 20,8’i yara, % 19,2’si solunum yolu, % 6,5’i idrar, % 6,2’si steril sıvılar ve % 13,9’u diğer örneklerden izole edilmiştir. Yapılan antibiyogram sonucunda üç yıllık zaman aralığı içerisinde MRSA izolatlarının tamamı her üç dönem için vankomisin ve daptomisine karşı duyarlı bulunmuştur. Diğer antimikrobiyallerde en düşük direnç oranları ise 2018’de % 1 ve % 2 ile sırayla linezolid ve kinopristin/dalfopristine, 2019’da % 1, 2020’de ise % 2 ile teikoplanine karşı belirlenmiştir. MRSA suşlarının eritromisin ve klindamisin direnci 2019 yılında 2018 yılına göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde (p: 0,002 ve p: 0,004) artmıştır. Ancak, eritromisin direnci 2020 yılında 2019 yılına göre (p: 0,015) düşüş göstermiştir. Rifampin direnci 2020 yılında 2018 yılına göre artmış (p: 0,003), tobramisin direnci 2019 yılında 2018 yılına göre azalmıştır (p: 0,009). MRSA suşlarının gentamisin direnci 2019 yılında 2018 yılına göre azalmış (p: 0,023) ve levofloksasin direnci 2020 yılında 2018 yılına göre azalmıştır (p: 0,044). MRSA suşları 2018 yılında en sık kan (% 27) ve yara (% 27) kültürlerinden izole edilmiştir. Kan kültürlerinden izole edilen suşlar (% 39) , yara kültürlerine (% 15 ) göre 2019 yılında 2018 yılına göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde artmıştır (p: 0,09). Çalışmada merkezimizde MRSA suşlarının hâlâ glikopeptidler ile yeni antibiyotikler olarak tanımlanan linezolid, kinopristin/dalfopristin ve daptomisine karşı duyarlılık oranlarının yüksek olduğu görülmüştür. Aynı zamanda fusidik asit, fosfomisin ve trimetoprim/sülfametaksazole karşı düşük direnç oranları saptanmıştır. Ülke genelinde farklı zaman aralığında değişik bölgelerden izole edilen MRSA suşlarına ait antibiyotik direnç profillerinin sunulması, tedavide antimikrobiyal seçimine yön verecek ve aynı zamanda direnç oranlarının azalmasına yardımcı olacaktır.

Keywords

• antibiyotik direnci
• metisilin dirençli Staphylococcus aureus
• Staphylococcus aureus

References

1. Arıdoğan A, Atasever L, Bal Ç. Klinik örneklerden izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotiklere dirençleri. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2004;34(1):20-3.
2. Atmaca S, Özekinci T, Yakut S, Akpolat N, Gül K. Üç farklı zaman aralığında (2001, 2011, 2017) hastanemizde izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının fusidik aside karşı direnç durumları. ANKEM Derg. 2018;32(1):25-30.
3. Cascioferro S, Carbone D, Parrino B, et al. Therapeutic Strategies To Counteract Antibiotic Resistance in MRSA Biofilm‐Associated Infections. Chem Med Chem. 2020;16(1):65-80.
4. Choudhury K, Ali SMI, Deb S, Bhattacharjee SG. Susceptibility Pattern of Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) among All Clinical Isolates in a Tertiary Care Hospital in Eastern India. International Journal of Research and Review. 2020;7(10):546-50.
5. Çaycı YT, Haslı F, Bilgin K, Birinci A. 2014-2017 yılları arasında Samsun Ondokuz Mayıs Üniversitesi hastanesi'nde kan kültüründen izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının antimikrobiyal ajanlara duyarlılıklarının değerlendirilmesi. KOU Sag Bil Derg. 2018,4(1):20-2.
6. Çelikbilek N, Özdem B, Gürelik FÇ, Güvenman S, Güner HR, Açıkgöz ZC. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus izolatlarının vankomisin, teikoplanin, linezolid ve daptomisine in vitro duyarlılıkları. Mikrobiyol Bul. 2011;45(3):512-8.
7. European Committee on Antimicrobial SusceptibilityTesting Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 8.0. EUCAST. (01.01.2018).
8. European Committee on Antimicrobial SusceptibilityTesting Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 9.0. EUCAST. (23.12.2018).

9. European Committee on Antimicrobial SusceptibilityTesting Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters Version 10.0 . EUCAST. (01.01.2020).
10. European Centre for Disease Prevention and Control, Antimicrobial resistance surveillance in Europe 2015. Annual Report of the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net). Stockholm: ECDC; (2017).
11. European Centre for Disease Prevention and Control. Surveillance of antimicrobial resistance in Europe 2018. Stockholm: EDCC; 2019.
12. European Centre for Disease Prevention and Control. Antimicrobial resistance in the EU/EEA (EARS-Net) - Annual Epidemiological Report 2019. Stockholm: ECDC; 2020.
13. Gurung RR, Maharjan P, Chhetri GG. Antibiotic resistance pattern of Staphylococcus aureus with reference to MRSA isolates from pediatric patients. Future Sci. OA. 2020;6(4):464-75.
14. Marty FM, Yeh WW, Wennersten CB, et al. Emergence of a clinical daptomycin-resistant Staphylococcus aureus isolate during treatment of methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia and osteomyelitis. J Clin Microbiol. 2006;44(2):595-7.
15. Özel Y, Büyükzengin KB, Yavuz MT. Klinik Örneklerden İzole Edilen Metisiline Dirençli Ve Duyarlı Staphylococcus Aureus Suşlarının Antibiyotik Direnç Profilinin Araştırılması. ANKEM Derg. 2017;31(2):41-7.
16. Procop GW, Church DL, Hall GS, et al. Koneman’s color atlas and textbook of diagnostic microbiology. 7.baskı, s.678-680, Wolters Kluwer Health, Philadelphia (2017).
17. Rose WE. Rybak MJ. Tigecycline: first of a new class of antimicrobial agents. Pharmacotherapy. 2006;26(8):1099-1110.
18. Şanlı K. Hastane Kökenli ve Toplum Kaynaklı Staphylococcus aureus suşlarının çeşitli antimikrobiyallere duyarlılıkları. İKSSTD. 2020;12(2):188-93.
19. Telli M, Okulu Y, Pat Y. Staphylococcus aureus suşlarında metisiline direnç oranındaki değişim: Metisiline direnç azalıyor mu? ANKEM Derg. 2018;32(3):103-8.
20. Ucak Ö, Koçoğlu E, Taş T, Tekin D, Mengeloğlu F. Staphylococcus aureus izolatlarında agar tarama ve mikrodilusyon yöntemleri ile vankomisin direncinin araştırılması. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2014;44(1):28-32.
21. Urushibara N, Aung MS, Kawaguchiya M, Kobayashi N. Novel staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) type XIV (5A) and a truncated SCCmec element in SCC composite islands carrying speG in ST5 MRSA in Japan. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2019;75(1):46-50. doi: 10.1093/jac/dkz406
22. Wandre AS, Agrawal GN. Antibiogram of Clinical Isolates of Staphylococcus aureus from a Tertiary Care Centre, International Journal of Research and Review. 2020;7(2):307-10.
23. Yenişehirli G, Yenişehirli A, Bulut Y, Bulut N. Metisilin dirençli Staphylococcus aureus izolatlarının vankomisin, teikoplanin, linezolid, kinupristin-dalfopristin ve daptomisine in vitro duyarlılıkları. ANKEM Derg. 2015;29(1):1-7.
24. Yüksekkaya Ş, Opuş A, Güvenç Hİ. 2009-2013 yılları arasında Konya Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde kan kültüründen izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının antimikrobiyal ajanlara duyarlılıklarının değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2017;31(1):1-6.
25. Zencir M, Arı A, Yılmaz N, Avcı M. Metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının antibiyotiklere duyarlılığı, hastaların klinik özellikleri ve mortaliteyi etkileyen faktörler. ANKEM Derg. 2016;30(1):18-23.