Microorganisms Isolated from Wound Samples and Their Antibiotic Resistance Rates

Year 2021, Volume: 35 Issue: 1, 14 - 21, 29.04.2021

Ezgi Köse Emel Çalışkan Nagihan Ege Betül Dönmez Pelin Duran

https://doi.org/10.5222/ankem.2021.014

Abstract

In this study, it was aimed to contribute to available epidemiological data and guide empirical treatment by determining the distribution and antibiotic susceptibility of pathogenic microorganisms isolated from wound samples sent to the microbiology laboratory of our hospital. The agents of wound infection sent to our laboratory between 02.01.2017 and 20.07.2020 were retrospectively analyzed. The microorganisms grown were identified by conventional microbiological methods together with automated system. Antibiotic susceptibility testing was done by Kirby-Bauer disk diffusion method and an automated system and evaluated according to EUCAST criteria. Of the 956 bacteria isolated from 722 samples, 370 (39 %) were order Enterobacterales, 286 (30 %) were Gram positive cocci, 134 (14 %) were Pseudomonas spp., 83 (9 %) were Acinetobacter baumannii and 27 (3 %) were Candida spp. Vancomycin, teicoplanin and linezolid resistance were not found in staphylococci and enterococci. The most effective antibiotic against Staphylococcus aureus was trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP-SXT) (11 %), and gentamicin (30 %) and TMP-SXT (28 %) for coagulase negative staphylococci (CNS). Ciprofloxacin (48 %) and levofloxacin (58 %) resistance was higher in enterococci compared to other antibiotics. In addition, Klebsiella spp. strains have higher resistance rates than other Enterobacterales genus strains while A. baumannii and Pseudomonas spp. strains had the lowest resistance rate against colistin (1 %). Antibiotic resistance was higher in intensive care units than in other clinics, except for enterococci. In our study, it was observed that many species of bacteria and fungi could be an agent in wound infection, and high rates of resistance developed against antibiotics. Therefore, it was thought that the treatments should be regulated by performing culture and antibiogram procedures on all samples for which wound infection is suspected.

Keywords

antibiotic resistance, intensive care unit, wound infections

YARA YERİ ÖRNEKLERİNDEN İZOLE EDİLEN MİKROORGANİZMALAR VE ANTİBİYOTİK DİRENÇ ORANLARI

Abstract

Bu çalışmada, hastanemizin mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen yara yeri örneklerinden izole edilen patojen mikroorganizmaların dağılımı ve antibiyotik duyarlılıkları belirlenerek, epidemiyolojik verilere katkı sağlanması ve ampirik tedavide yol gösterici olunması amaçlanmıştır. Laboratuvarımıza 02.01.2017-20.07.2020 tarihleri arasında gönderilen yara yeri enfeksiyonu etkenleri retrospektif olarak incelenmiştir. Üreyen mikroorganizmalar konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ve otomatize sistem ile tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi veya otomatize sistem ile yapılmış ve EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir. Çalışmamızda 722 örnekten izole edilen toplam 956 etkenin 370’i (% 39) Enterobacterales takımı, 286’sı (% 30) Gram pozitif kok, 134’ü (% 14) Pseudomonas spp., 83’ü (% 9) Acinetobacter baumannii, 27’si (% 3) Candida spp. olarak tanımlanmıştır. Stafilokok ve enterokoklarda vankomisin, teikoplanin ve linezolid direncine rastlanmamıştır. Staphylocoocus aureus’a karşı en etkili antibiyotiğin trimetoprimsülfametoksazol (TMP-SXT) (% 11), koagülaz negatif stafilokoklara ise gentamisin (% 30) ve TMP-SXT (% 28) olduğu saptanmıştır. Enterokoklarda siprofloksasin (% 48) ve levofloksasin (% 58) direncinin diğer antibiyotiklerden yüksek olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, Klebsiella spp. suşlarının diğer Enterobacterales cinsi suşlardan daha yüksek direnç oranlarına sahip olduğu ve A.baumannii ve Pseudomonas spp. suşlarında en düşük direnç oranının kolistine (% 1) karşı olduğu belirlenmiştir. Yoğun bakım ünitelerinde ise enterokoklar dışındaki etkenlerde antibiyotik direncinin diğer kliniklerden yüksek olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda birçok bakteri türü ve mantarların yara yeri enfeksiyonunda etken olabildiği ve antibiyotiklere oldukça yüksek oranlarda direnç geliştiği görülmüştür. Bu nedenle tüm yara yeri enfeksiyonu düşünülen örneklere kültür ve antibiyogram işlemlerinin yapılarak tedavilerin düzenlenmesi gerektiği düşünülmüştür

Keywords

antibiyotik direnci, yara yeri enfeksiyonları, yoğun bakım ünitesi

Ethical Statement

Yerel invaziv olmayan klinik araştırmalar etik kurulundan onay alınmıştır (07.12.2020 - 2020/253)

References

• Abdu AB, Egbagba J, Fente BG. Identification and antimicrobial susceptibility profile of bacterial pathogens isolated from wound infections in a tertiary hospital, Bayelsa South southern, Nigeria. Tropical Journal of Pathology & Microbiology December. 2019;5(12).
• Altan G, Mumcuoğlu İ, Hazırolan G, Dülger D, Aksu N. Yara örneklerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antimikrobiyallere duyarlılıkları. Turk Hij Den Biyol Derg, 2017;74(4):279-86.
• Aşık G, Özoğuz P, Tünay H, Bulut A, Kaçar S, Bal A. Yara kültürlerinden izole edilen etkenler ve antibiyotik direnç profilleri. Cerrahi Sanatlar Derg. 2014;7(1):18-22.
• Avcıoğlu F, Behçet M, Karabörk Ş, Kurtoğlı MG. Yara örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların antimikrobiyal direnç oranları - üç yıllık değerlendirme . DÜ Sağlık Bil Enst Derg. 2019;9(3):110-14.
• Bayram Y, Parlak M, Aypak C, Bayram İ. Three-year review of bacteriological profile and antibiogram of burn wound isolates in Van, Turkey. International Journal of Medical Sciences. 2013;10(1):19.
• Bessa LJ, Fazii P, Di Giulio M, Cellini L. Bacterial isolates from infected wounds and their antibiotic susceptibility pattern: some remarks about wound infection. Int Wound J. 2015;12(1):47-52. doi: 10.1111/iwj.12049. Epub 2013 Feb 24.
• Bowler PG, Duerden BI, Armstrong DG. Wound microbiology and associated approaches to wound management. Clin Microbiol Rev. 2001;14(2):244-69.
• Cirit OS, Müderris T, Mızraklı A, Vurupalmaz Y, Barış A. Yara kültürlerinden izole edilen aerop bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2014;44(4):149-57.
• Davarcı İ, Koçoğlu ME, Barlas N, Samastı M. Yara kültürlerinde izole edilen bakterilerin antimikrobiyal duyarlılıkları: üç yıllık değerlendirme. ANKEM Derg 2018;32(2):53-61. doi: 10.5222/ankem.2018.053
• Demirel M, Demiralp CÖ, Yormuk E. 2000-2005 yılları arası bası yaraları: klinik deneyimler. Ankara Üni. Tıp Fak. Mecmuası. 2007;60(2):81-7.
• Doğan SŞ, Paköz NİE, Aral M. Laboratuvarımıza gönderilen yara yeri örneklerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotiklere direnç durumları. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2010;40(4): 243-9.
• Dündar D, Özcan SK, Atmaca E. Evde bakım hizmeti verilen hastaların bası yaralarındaki yüzeyel kolonizasyonun mikrobiyolojik incelenmesi. Kocatepe Tıp Derg. 2012;13(1):27-32.
• Espejo E, Andres M, Borrallo R-M, Padilla E, et al. Associated with pressure ulcers: a prospective cohort study. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2018;37(5):969-75.
• Görmeli G, Duman Y, Karakaplan M, et al. Orthopedic Surgical wound infection: microorganisms and resistance figures. J Turgut Ozal Med Cent. 2015;22(1):13-7.
• Gündem NS, Çikman A. Yara kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. ANKEM Derg. 2012;26(4):165-70. Güriz H, Çiftçi E, Gökdemir R, Aysev D. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Cebeci Hastanesindeki yara kültürlerinin değerlendirilmesi. Ankara Üni Tıp Fak Mec. 2001; 54(3): 231-5.
• Okeke IN, Laxminarayan R, Bhutta ZA, Duse AG, Jenkins P, Brien TF, Pablos-Mendez A, Klugman KP. Antimicrobial resistance in developing countries. Part I: recent trends and current status. Lancet Infect Dis; 2005; 5: 481-93.
• Owens CD, Stoessel K. Surgical site infections: epidemiology, microbiology and prevention. J Hosp Infect, 2008;70(Suppl 2):3–10.
• Özmen E, Geyik MF, Uluğ M, Çelen MK, Hoşoğlu S, Ayaz C. Yatan hastalardan izole edilen gram negatif bakteriler ve antibiyotik dirençlerinin değerlendirilmesi. Düzce Tıp Fak Derg. 2010;12(3):32-9.
• Pondei K, Fente BG, Oladapo O. Current microbial isolates from wound swabs, their culture and sensitivity pattern at the Niger delta university teaching hospital, Okolobiri, Nigeria. Trop Med Health. 2013;41(2):49-53.doi: 10.2149/tmh.2012-14. Epub 2013 Apr 18.
• Segre JA. Epidermal barrier formation and recovery in skin disorders. J Clin Invest. 2006; 116: 1150-8.
• The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing – EUCAST. MIC and zone diameter distributions and ECOFFs, V.9.0 valid from 2019-01-01.
• Turhanoğlu NM, Koyuncu E, Bayındır Bilman F. Microorganisms and antibiotic resistances isolated from wound cultures 2010-2015. Turk Hij Den Biyol Derg. 2018;75(2):183-94.
• Yıldırım AM, Çarkçı, HA, Yılmaz M, Toraman ZA. Yanık ve yara örneklerinden izole edilen mikroorganizma türlerinin belirlenmesi ve antimikrobiyal duyarlılıklarının araştırılması. Kocatepe Tıp Derg. 2019;20(1):26-32.
• Yurtsever SG, Kurultay N, Çeken N, ve ark. Yara yeri örneklerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2009;23(1):34-8.
• Zafar A, Anwar N, Ejaz H. Bacteriology of infected wounds - a study conducted at Children Hospital Lahore. Biomedica. 2007;23:8(A):1-4. Zdravkovska M , Serafimovska T, Ribarska JT, Dimitrova M, Zivkova S, Georgijev A, Sadikarijo I, Balkanov T, Darkovska-Serafimovska M. Commonly Isolated Pathogens from Postoperative Wounds and Antibiotic Susceptibility Testing At a Tertiary Care Hospital in Stip, North Macedonia. IOSR Journal Of Pharmacy (e)-ISSN: 2250-3013, (p)-ISSN: 2319-4219 Volume 10, Issue 2 Series. I (February 2020), PP. 46-52
• Wong SY, Manikam R, Muniandy S. Prevalence and antibiotic susceptibility of bacteria from acute and chronic wounds in Malaysian subjects. J Infect Dev Ctries. 2015 Sep 27;9(9):936-44. doi: 10.3855/jidc.5882. PMID: 26409734.