BibTex RIS Cite

R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması

Year 2018, Volume: 7 Issue: 2, 49 - 55, 01.10.2018

Ahmet Kadir Arslan Şeyma Yaşar Cemil Çolak Saim Yoloğlu

Abstract

Kruskal Wallis-H varyans analizi, normal dağılım göstermeyen gruplarda üç veya daha fazla sayıda grubun ortancaları arasındaki farklılığın anlamlılığını test amacıyla kullanılan parametrik olmayan bir yöntemdir. Sıralı ordinal veriler ile yapılan en az 3 grubun bulunduğu çalışmalarda da tek yönlü varyans analizinin parametrik olmayan karşılığı olan Kruskal Wallis H varyans analizi kullanılabilir. Kruskal Wallis H testi, parametrik olmayan iki grup hipotez testlerinden MannWhitney U yönteminin genişletilmiş biçimidir. Kruskal Wallis H varyans analizi testi sonrası gruplar arası farklılık tespit edildiğinde, bu farklılığın nereden kaynaklandığını belirlenmesi gerekir. Farkı belirlemek için kullanılan çoklu karşılaştırma yöntemleri ve düzeltme yöntemlerinden hangisinin/hangilerinin kullanılacağına karar vermek oldukça önemlidir. Bu çalışmanın amacı, parametrik olmayan dağılıma sahip üç veya daha fazla gruptan oluşan çalışmaların istatistiksel analizlerinde kullanılan Kruskal Wallis H varyans analizi testini, R yazılımındaki Shinny paketini kullanarak gerçekleştiren web-tabanlı bir uygulama geliştirmek ve benzetim simülasyon ile türetilen veriler üzerinde bu yazılımın bir uygulamasını göstermektir. Geliştirilen interaktif web uygulamasına http://biostatapps.inonu.edu.tr/kruskalwallis/ adresinden ücretsiz olarak erişilebilir

Keywords

Kruskal Wallis H Testi Çoklu Karşılaştırma Yöntemleri Düzeltme Yöntemleri Web-Tabanlı Yazılım

References

  • Alpar R. Spor, Sağlık ve eğitim bilimlerinden örneklerle uygulamalı istatistik ve geçerlik- güvenirlik.5. baskı Detay Yayıncılık; 2018.
  • Dinno A. Nonparametric pairwise multiple comparisons in independent groups using Dunn’s test. Stat J 2015; 15: 292-300.
  • McKight P E, Najab J. Kruskal ‐ Wallis Test. The corsini encyclopedia of psychology 2010; 1- 1.
  • Corp. I. IBM SPSS Statistics for Windows, Version 25.0. Armonk, NY: IBM Corp 2017.
  • Özdamar K. Paket programlar ile istatiksel veri analizi: MINITAB 16-IBM SPSS 21. Nisan Kitabevi; 2013.
  • Gaddis G M, Gaddis M L. Introduction to biostatistics: Part 5, Statistical inference techniques for hypothesis testing with nonparametric data. Ann Emerg Med 1990; 19 (9): 1054-9.
  • Elliott AC, Hynan LS. A SAS® macro implementation of a multiple comparison post hoc test for a Kruskal-Wallis analysis. Comput Methods Programs Biomed 2011; 102 (1): 75- 80.
  • Pohlert T. The pairwise multiple comparison of mean ranks package (PMCMR). R package 2014; 27.
  • Dinno A. Conover. test: Conover-Iman test of multiple comparisons using rank sums. R package version 11 4 2017.
  • Keppel G, Wickens T. Simultaneous comparisons and the control of type I errors. Design and analysis: A researcher’s handbook 4th ed Upper Saddle River (NJ): Pearson Prentice Hall p 2004; 111-30.
  • Šidák Z. Rectangular confidence regions for the means of multivariate normal distributions. J Ame Stat Assoc 1967; 62 (318): 626-33.
  • Colak C, Parlakpinar H, Ozer M K, et al. Investigating the protective effect of melatonin on liver injury related to myocardial ischemia- reperfusion. Med Sci Monit 2007; 13 (11): BR251-BR54.
  • Holm S. A simple sequentially rejective multiple test procedure. Scand J Stat 1979; 6: 65-70.
  • Benjamini Y, Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J Royal Stat Society Series B (Methodological) 1995; 57(1): 289-300.
  • Benjamini Y, Yekutieli D. The control of the false discovery rate in multiple testing under dependency. Ann Stat 2001; 29(4): 1165-88.
  • Chang W, Cheng J, Allaire J, et al. Shiny: Web Application Framework for R. 2016; R package version 0.13. 2. Reference Source 2017.
  • Chang W. shinythemes: Themes for Shiny. R package version, 2015; 1(1): 144.
  • Chang W. shinydashboard: Create Dash boards with ‘Shiny’. R package version 0.5. 3. R Foundation for Statistical Computing; 2016.
  • Bailey E. Shiny BS: Twitter bootstrap components for shiny. R package version 0.61, 2015.
  • Wickham H. Francois R. dplyr: A Grammar of Data Manipulation. R package version 0.4. 3. 2015. 2018.
  • Yihui Xie J C, et all. A Wrapper of the Java Script Library 'DataTables'. 2018.
  • Hadley Wickham E M, et all. Import and Export 'SPSS', 'Stata' and 'SAS' Files. 2018.
  • Dinno A. Conover-Iman Test of Multiple Comparisons Using Rank Sums. 2017.
  • Dinno A. Dunn's Test of Multiple Comparisons Using Rank Sums. 2017.
  • Hadley Wickham J H, et all. Tools to Make Developing R Packages Easier. 2018.
  • Hadley Wickham W C, et all. Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics. 2018.
  • Schoonjans F, Zalata A, Depuydt C, et al. MedCalc: A new computer program for medical statistics. Comput Methods Programs Biomed 1995; 48 (3): 257-62.
  • Hintze J. NCSS and PASS software. Kaysville, UT: Number Cruncher Statistical Systems: Kaysville, UT: Number Cruncher Statistical Systems; 2004.
  • Sofware G. GraphPad Prism Version 6.00 for Windows. . La Jolla California USA: GraphPad Software La Jolla California USA: GraphPad Software. ; 2016.
  • Doğan N, Doğan İ. Birinci Tür Hatanın Kontrolü ve Adımsal (Stepwise) Çoklu Karşılaştırma Testleri. Düzce Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Dergisi 2014; 1 (1): 28-33 S

An Interactive Web Application for Kruskal Wallis H Test with R Shiny

Year 2018, Volume: 7 Issue: 2, 49 - 55, 01.10.2018

Ahmet Kadir Arslan Şeyma Yaşar Cemil Çolak Saim Yoloğlu

Abstract

Kruskal Wallis-H analysis of variance is a nonparametric method used to test the significance of the difference between three or more groups of medians in groups with no normal distribution. Kruskal Wallis H variance analysis, which is a nonparametric counterpart of the one-way analysis of variance, can be used in studies with at least 3 groups of ordinal data. The Kruskal Wallis H test is an extended form of the Mann-Whitney U method from two nonparametric group hypothesis tests. When the difference between the groups is determined after the Kruskal Wallis H variance analysis test, it is necessary to determine where this difference originates. It is very important to decide which of the multiple comparison methods and correction methods used to determine the difference. The purpose of this work is to develop a web-based application that uses the Kruskal Wallis H variance analysis test, which is used in the statistical analysis of studies consisting of three or more groups with nonparametric distribution, using the Shinny package in R software and shows an application of this software on simulation-derived data. The developed interactive web application can be accessed freely at http://biostatapps.inonu.edu.tr/kruskalwallis

Keywords

Kruskal Wallis H Test Multiple Comparison Methods Correction Methods Web-Based Software

References

  • Alpar R. Spor, Sağlık ve eğitim bilimlerinden örneklerle uygulamalı istatistik ve geçerlik- güvenirlik.5. baskı Detay Yayıncılık; 2018.
  • Dinno A. Nonparametric pairwise multiple comparisons in independent groups using Dunn’s test. Stat J 2015; 15: 292-300.
  • McKight P E, Najab J. Kruskal ‐ Wallis Test. The corsini encyclopedia of psychology 2010; 1- 1.
  • Corp. I. IBM SPSS Statistics for Windows, Version 25.0. Armonk, NY: IBM Corp 2017.
  • Özdamar K. Paket programlar ile istatiksel veri analizi: MINITAB 16-IBM SPSS 21. Nisan Kitabevi; 2013.
  • Gaddis G M, Gaddis M L. Introduction to biostatistics: Part 5, Statistical inference techniques for hypothesis testing with nonparametric data. Ann Emerg Med 1990; 19 (9): 1054-9.
  • Elliott AC, Hynan LS. A SAS® macro implementation of a multiple comparison post hoc test for a Kruskal-Wallis analysis. Comput Methods Programs Biomed 2011; 102 (1): 75- 80.
  • Pohlert T. The pairwise multiple comparison of mean ranks package (PMCMR). R package 2014; 27.
  • Dinno A. Conover. test: Conover-Iman test of multiple comparisons using rank sums. R package version 11 4 2017.
  • Keppel G, Wickens T. Simultaneous comparisons and the control of type I errors. Design and analysis: A researcher’s handbook 4th ed Upper Saddle River (NJ): Pearson Prentice Hall p 2004; 111-30.
  • Šidák Z. Rectangular confidence regions for the means of multivariate normal distributions. J Ame Stat Assoc 1967; 62 (318): 626-33.
  • Colak C, Parlakpinar H, Ozer M K, et al. Investigating the protective effect of melatonin on liver injury related to myocardial ischemia- reperfusion. Med Sci Monit 2007; 13 (11): BR251-BR54.
  • Holm S. A simple sequentially rejective multiple test procedure. Scand J Stat 1979; 6: 65-70.
  • Benjamini Y, Hochberg Y. Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. J Royal Stat Society Series B (Methodological) 1995; 57(1): 289-300.
  • Benjamini Y, Yekutieli D. The control of the false discovery rate in multiple testing under dependency. Ann Stat 2001; 29(4): 1165-88.
  • Chang W, Cheng J, Allaire J, et al. Shiny: Web Application Framework for R. 2016; R package version 0.13. 2. Reference Source 2017.
  • Chang W. shinythemes: Themes for Shiny. R package version, 2015; 1(1): 144.
  • Chang W. shinydashboard: Create Dash boards with ‘Shiny’. R package version 0.5. 3. R Foundation for Statistical Computing; 2016.
  • Bailey E. Shiny BS: Twitter bootstrap components for shiny. R package version 0.61, 2015.
  • Wickham H. Francois R. dplyr: A Grammar of Data Manipulation. R package version 0.4. 3. 2015. 2018.
  • Yihui Xie J C, et all. A Wrapper of the Java Script Library 'DataTables'. 2018.
  • Hadley Wickham E M, et all. Import and Export 'SPSS', 'Stata' and 'SAS' Files. 2018.
  • Dinno A. Conover-Iman Test of Multiple Comparisons Using Rank Sums. 2017.
  • Dinno A. Dunn's Test of Multiple Comparisons Using Rank Sums. 2017.
  • Hadley Wickham J H, et all. Tools to Make Developing R Packages Easier. 2018.
  • Hadley Wickham W C, et all. Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics. 2018.
  • Schoonjans F, Zalata A, Depuydt C, et al. MedCalc: A new computer program for medical statistics. Comput Methods Programs Biomed 1995; 48 (3): 257-62.
  • Hintze J. NCSS and PASS software. Kaysville, UT: Number Cruncher Statistical Systems: Kaysville, UT: Number Cruncher Statistical Systems; 2004.
  • Sofware G. GraphPad Prism Version 6.00 for Windows. . La Jolla California USA: GraphPad Software La Jolla California USA: GraphPad Software. ; 2016.
  • Doğan N, Doğan İ. Birinci Tür Hatanın Kontrolü ve Adımsal (Stepwise) Çoklu Karşılaştırma Testleri. Düzce Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Dergisi 2014; 1 (1): 28-33 S
There are 30 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Journal Section Collection
Authors

Ahmet Kadir Arslan This is me

Şeyma Yaşar This is me

Cemil Çolak This is me

Saim Yoloğlu This is me

Publication Date October 1, 2018
Published in Issue Year 2018 Volume: 7 Issue: 2

Cite

APA Arslan, A. K., Yaşar, Ş., Çolak, C., Yoloğlu, S. (2018). R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması. Annals of Health Sciences Research, 7(2), 49-55.
AMA Arslan AK, Yaşar Ş, Çolak C, Yoloğlu S. R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması. Ann Health Sci Res. October 2018;7(2):49-55.
Chicago Arslan, Ahmet Kadir, Şeyma Yaşar, Cemil Çolak, and Saim Yoloğlu. “R Shiny Paketi Ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması”. Annals of Health Sciences Research 7, no. 2 (October 2018): 49-55.
EndNote Arslan AK, Yaşar Ş, Çolak C, Yoloğlu S (October 1, 2018) R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması. Annals of Health Sciences Research 7 2 49–55.
IEEE A. K. Arslan, Ş. Yaşar, C. Çolak, and S. Yoloğlu, “R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması”, Ann Health Sci Res, vol. 7, no. 2, pp. 49–55, 2018.
ISNAD Arslan, Ahmet Kadir et al. “R Shiny Paketi Ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması”. Annals of Health Sciences Research 7/2 (October 2018), 49-55.
JAMA Arslan AK, Yaşar Ş, Çolak C, Yoloğlu S. R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması. Ann Health Sci Res. 2018;7:49–55.
MLA Arslan, Ahmet Kadir et al. “R Shiny Paketi Ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması”. Annals of Health Sciences Research, vol. 7, no. 2, 2018, pp. 49-55.
Vancouver Arslan AK, Yaşar Ş, Çolak C, Yoloğlu S. R Shiny Paketi ile Kruskal Wallis H Testi için İnteraktif Bir Web Uygulaması. Ann Health Sci Res. 2018;7(2):49-55.