Biyolojik Uzaklığın Belirlenmesinde Ölçülemeyen Diş Özellikleri Verilerinin Analizi: Geçmiş Anadolu Toplulukları Özelinde AnthropMMD Yönteminin Denenmesi

Year 2019, Issue: 38, 94 - 100, 20.12.2019

Ali Akbaba , Mustafa Özkan

https://doi.org/10.33613/antropolojidergisi.641416

Abstract

Toplumların biyolojik uzaklıklarının belirlenmesinde başta genetik çalışmalar olmak üzere, linguistik, antropometrik, osteometrik, odontometrik ve antroposkopik birçok farklı veri kaynağından yararlanılmaktadır. Genetik çalışmalar, ciddi bir altyapı gereksinimi ve yüksek maliyetinden dolayı dışarıda bırakılacak olursa biyolojik uzaklık çalışmalarında ölçülemeyen diş özellikleri diğer iskelet özelliklerine göre birçok avantaja sahiptir. Bu avantajlar, çok etkenli bir kalıtıma (genetik, epigenetik ve çevresel) sahip olmaları, cinsiyetler arasında anlamlı bir farklılık göstermemeleri, tutarlı bir sağ ve sol çene tarafı farklılığının olmaması, gözlem içi ve gözlemciler arası uyumu sağlayan standart bir kaydetme sistemine (Arizona State Üniversitesi Dental Antropoloji Sistemi / ASUDAS) sahip olmalarıdır. Ölçülemeyen diş özelliklerinin tanımlanması ve derecelendirilmesi için geliştirilen sistem ve standartla birlikte elde edilen verilerin doğru bir şekilde analiz edilmesi için kullanılan istatistiksel yöntemler (Mean Measure of Divergence / MMD, Mahalonobis D2) ve bu yöntemlerin uygulandığı programlar da (R, SPSS, C++) oldukça önemlidir. İlgili bu çalışmada da amaç Anadolu örnekleri özelinde, MMD istatistiğini temel alarak R programlama dili üzerinde geliştirilen AnthropMMD paket programının özelliklerini ve grafiksel kullanıcı arayüzünün avantajlarını göstermek ve elde edilen sonuçları tartışmaktır. Bu amaçla “AnthropMMD” paket programı Topaklı (TP / Nevşehir), Klazomenai (KLZ / İzmir), İzmir Demir Çelik Limanı (İDÇ / İzmir) ve Batı Limanı (BTL / İzmir) kazılarından çıkarılan iskeletlerin ölçülemeyen diş özellikleri verilerinin bir bölümü kullanılarak denenmiştir. Sonuç olarak, diğer programlardan farklı olarak AnthropMMD paket programının ve bu programın grafiksel kullanıcı arayüzünün hem gerekli istatistiklerin hesaplanmasında hem de elde edilen verilerin grafikleştirilmesinde büyük kolaylıklar sağladığı görülmüştür. Elde edilen sonuçlar, henüz genetik verileri olmayan ilgili toplulukların, dönemsel yakınlıkları ve coğrafik konumları dikkate alındığında tahmin edilen biyolojik uzaklık ilişkileri ile tutarlıdır.

Keywords

Biyolojik Uzaklık, Ölçülemeyen Diş Özellikleri, AnthropMMD, grafiksel kullanıcı arayüzü

Thanks

Bilgilerini esirgemeyen Prof. Dr. Serpil Eroğlu Çelebi, Prof. Dr. Mehmet Sağır ve Dr. Kıvılcım Başak Vural'a; Topaklı ve Klazomenai iskelet topluluklarının ölçülemeyen diş özelliklerini çalışmama olanak sağlayan Prof. Dr. Erksin Güleç’e; İzmir Demir Çelik Limanı ve Batı Limanı iskelet topluluklarına ulaşmama vesile olan Simge Dinçarslan, İsmail Dinçarslan, Asuman Alpagut ve İzmir Arkeoloji Müzesi’ne; laboratuvar kısmında yardımlarını esirgemeyen Berkay Yaşar, Harun Mavi, Sefa Keser ve Mertcan Erice’ye; son olarak ilgili kazı başkanlarına ve emeği geçen herkese teşekkür ederim.

The Analysis of Non-metric Dental Trait Data for Determining Biological Distance: The Use of AnthropMMD Package on Ancient Anatolian Populations

Abstract

Many different data sources are used in determining the biological distance of populations, mostly the results of genetic and also linguistic, anthropometric, osteometric, odontometric and anthroposcopic studies. If the use of genetic studies is not considered due to the need of a serious infrastructure and a high cost, nonmetric dental traits have many advantages over other skeletal traits for biological distance determination. These advantages include a multifactorial inheritance (genetics, epigenetics and environmental), no significant sexual dimorphic features, no consistent right and left jaw side differences, and having a standard recording system providing for in-observer and inter-observer compliance (Arizona State University Dental Anthropology System / ASUDAS). The system and standards for determining and quantifying non-metric dental traits are as important as the statistical methods (Mean Measure Divergence / MMD, Mahalonobis D2) used for the accurate analysis of the data, and also the softwares (R, SPSS, C++) in which these methods are applied. The aim of this study is to indicate the features of AnthropMMD package program developed on R programming language based on MMD statistics, to show the advantages of graphical user interface, and to discuss the results in terms of Anatolian samples. For this purpose, “AnthropMMD” package program is tested by using part of the non-metric dental traits data provided from skeletons obtained from the Topaklı (TP / Nevşehir), Klazomenai (KLZ / İzmir), İzmir Demir Çelik Limanı (İDÇ / İzmir) and Batı Limanı (BTL / İzmir) excavations. As a result, it is seen that AnthropMMD package program and its graphical user interface provide great convenience both in calculating the required statistics and in visualizing the obtained data unlike other programs. The results obtained are consistent with the predicted biological distance relationships in terms of the periodic proximity and geographic location of the relevant populations without genetic data.

Keywords

Biological Distance, Non-metric dental traits, AnthropMMD, graphical user interface (GUI)

References

• Buikstra, J. E., Frankenberg, S. R., ve Konigsberg, L. W. (1990). Skeletal biological distance studies in American physical anthropology: recent trends. American Journal of Physical Anthropology, 82(1), 1-7. DOI: 10.1002/ajpa.1330820102
• Edgar, H. J. (2017). Dental Morphology for Anthropology: An Illustrated Manual. Taylor & Francis. DOI: 10.4324/9781315300832
• Eroğlu, S. (2009). Ölçülemeyen Diş Özelliklerinin Biyolojik Uzaklık Çalışmalarındaki Önemi. Mustafa Kemal Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Dergisi, 6(11), 543-567.
• Güleç, E. (1987). Topaklı populasyonunun demografik ve paleoantropolojik analizi. Araştırma Sonuçları Toplantısı, 5, 347-357.
• Güleç, E. (1989). Klazomenai İskeletlerinin Paleoantropolojik Açıdan Değerlendirilmesi. Belleten, 53(207-208), 565-582.
• Güleç, E., Sevim, A., Özer, İ., ve Sağır, M. (1998). Klazomenai’de yaşamış insanların sağlık sorunları. Arkeometri Sonuçları Toplantısı, XIII, 133-159.
• Harris, E. F., ve Sjøvold, T. (2004). Calculation of Smith’s mean measure of divergence for intergroup comparisons using nonmetric data. Dental Anthropology, 17(3), 83-93. DOI: 10.26575/daj.v17i3.152
• Hefner, J. T., Pilloud, M. A., Buikstra, J., ve Vogelsberg, C. (2016). A brief history of biological distance analysis. M. A. Pilloud ve J. T. Hefner (Ed.) içinde, Biological Distance Analysis (s. 3-22). UK, USA: Academic Press. DOI: 10.1016/B978-0-12-801966-5.00001-9
• Hrdlička, A. (1920). Shovel-shaped teeth. American Journal of Physical Anthropology, 3(4), 429-465. DOI: 10.1002/ajpa.1330030403
• Irish, J. D. (2010). The mean measure of divergence: Its utility in model-free and model-bound analyses relative to the Mahalanobis D2 distance for nonmetric traits. American Journal of Human Biology, 22(3), 378-395. DOI:10.1002/ajhb.21010
• Nikita, E. (2015). A critical review of the mean measure of divergence and Mahalanobis distances using artificial data and new approaches to the estimation of biodistances employing nonmetric traits. American Journal of Physical Anthropology, 157(2), 284-294. DOI: 10.1002/ajpa.22708
• RStudio Team (2015). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, Inc., Boston, MA. URL: http://www.rstudio.com/
• Santos, F. (2018). AnthropMMD: an R package with a graphical user interface for the mean measure of divergence. American Journal of Physical Anthropology, 165(1), 200-205. DOI: 10.1002/ajpa.23336
• Scott, G. R., ve Irish, J. D. (2017). Human Tooth Crown and Root Morphology: The Arizona State University Dental Anthropology System. Cambridge University Press. DOI: 10.1017/9781316156629
• Scott, R., ve Turner, C. G. (1997). The anthropology of modern human teeth: dental morphology and its variation in recent human populations. Cambridge University Press. DOI: 10.1017/CBO9781316529843
• Scott, G. R., ve Turner, C. G. (2008). History of Dental Anthropology. J. D. Irish ve G. C. Nelson. (Ed.) içinde, Technique and Application in Dental Anthropology (s. 10-34). Cambridge: Cambridge University Press. DOI: 10.1017/CBO9780511542442
• Turner, C. G., Nichol, C. R., ve Scott, G. R. (1991). Scoring procedures for key morphological traits of the permanent dentition: The Arizona State University dental anthropology system. M. A. Kelley ve C. S. Larsen (Ed.) içinde, Advances in Dental Anthropology (s. 13-31). New York: Wiley-Liss.