BibTex RIS Cite

Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi Genotyping mycobacterium tuberculosis strains with polymerase chain reaction (PCR)

Year 2006, , 139 - 143, 01.04.2006

Zeynep Ceren Karahan Alper Tekeli Figen Atalay Nejat Akar

https://doi.org/10.1501/Tipfak_0000000215

Abstract

Keywords

-

References

  • Barnes PF, Cave MD. Molecular epidemiology of tuberculosis. N Engl J Med 2003;349:1149-1156.
  • Nguyen LH, Gilbert GL, Marks GB. Molecular epidemiology of tuberculosis and recent developments in understanding the epidemiology of tuberculosis. Respirology 2004;9:313-319.
  • Seidler A, Nienhaus A, Diel R. Th e transmission of tuberculosis in the light of new molecular biological approaches. Occup Environ Med 2004;61:96-102.
  • Narayanan S. Molecular epidemiology of tuberculosis. Indian J Med Res 2004;120:233-247.
  • Th ierry D, Cave MD, Eisenach KD et al. IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex. Nucleic Acids Res 1990;18:188.
  • Van Soolingen D, Herman PW, de Haas PEW, Soll DR, van Embden JDA. Occurence and stability of insertion sequences in Mycobacterum tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis. J Clin Microbiol 1991;29:2578- 2586.
  • Ross BC, Dwyer B. Rapid, simple method for typing isolates of Mycobacterium tuberculosis by using the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1993;31:329-334.
  • Plikaytis BB, Gelber RH, Shinnick TM. Rapid and sensitive detection of Mycobacterium leprae using a nested-primer gene ampliŞ cation assay. J Clin Microbiol 1990;28:1913-1917.
  • Karahan ZC, Atalay F, Uzun M et al. Sequence analysis of rpoB mutations in Rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates from Turkey. Microb Drug Res 2004;10:325-330.
  • Kremer K, van Soolingen D, Frothingam R et al. Comparison of methods based on diff erent molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: Interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility. J Clin Microbiol 1999;37:2607-2618.
  • Kamerbeek J, Schouls L, Kolk A et al. Simıltaneous detection and strain diff erentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol 1997;35:907-914.
  • van Belkum A. High-throughput epidemiological typing in clinical microbiology. Clin Microbiol Infect 2003;9: 86-100.
  • Durmaz R, Gunal S, Yang Z et al. Molecular epidemiology of tuberculosis in Turkey. Clin Microbiol Infect 2003;9:873-877.

Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi

Year 2006, , 139 - 143, 01.04.2006

Zeynep Ceren Karahan Alper Tekeli Figen Atalay Nejat Akar

https://doi.org/10.1501/Tipfak_0000000215

Abstract

Amaç: Tüberküloz, günümüzde giderek artan bir toplum sağlığı sorunu haline gelmiştir. İnfeksiyon dinamiklerini incelemek ve uygun tedavi ve infeksiyon kontrol stratejileri belirleyebilmek için etkenin moleküler tiplendirmesi önemlidir. Mycobacterium tuberculosis genotiplemesinde altın standart IS6110 RFLP analizi olmakla birlikte, yöntemle ilgili zorluklar nedeniyle son yıllarda Polimeraz Zincir Reaksiyonuna (PZR) dayalı yöntemler de kullanılmaktadır. Bu çalışmada, akciğer tüberkülozlu 39 farklı hastadan izole edilen M. tuberculosis izolatının, PZR yöntemi ile genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Löwenstein-Jensen besiyerinde üretilen suşların hücre duvarları cam boncuklarla parçalanarak DNA elde edilmiştir. PZR ile genotiplendirme için, IS6110 insersiyon dizisinin iki ucuna yönelik hazırlanan IS–1 (5’CAA GAA CCT TTC CTA CCC CA 3’) ve IS–2 (5’GGC TGA GGT CTC AGA TCA G 3’) primerleri kullanılmıştır. Elde edilen bant paternleri bilgisayar ortamına aktarılarak, suşlar arası genetik yakınlık, Syngene Gene Directory 1.02.0 (Syngene, Cambridge, İngiltere) programında UPGMA metodu ile Dice katsayısı kullanılarak belirlenmiştir.Bulgular ve Sonuç: Çalışma sonucunda izolatların hepsinin genotipik olarak birbirinden farklı olduğu tespit edilmiş, yöntem kolay uygulanabilir, hızlı, ucuz ve tekrarlanabilir bulunmuştur.

Keywords

Mycobacterium tuberculosis polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) genotipleme

References

  • Barnes PF, Cave MD. Molecular epidemiology of tuberculosis. N Engl J Med 2003;349:1149-1156.
  • Nguyen LH, Gilbert GL, Marks GB. Molecular epidemiology of tuberculosis and recent developments in understanding the epidemiology of tuberculosis. Respirology 2004;9:313-319.
  • Seidler A, Nienhaus A, Diel R. Th e transmission of tuberculosis in the light of new molecular biological approaches. Occup Environ Med 2004;61:96-102.
  • Narayanan S. Molecular epidemiology of tuberculosis. Indian J Med Res 2004;120:233-247.
  • Th ierry D, Cave MD, Eisenach KD et al. IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex. Nucleic Acids Res 1990;18:188.
  • Van Soolingen D, Herman PW, de Haas PEW, Soll DR, van Embden JDA. Occurence and stability of insertion sequences in Mycobacterum tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis. J Clin Microbiol 1991;29:2578- 2586.
  • Ross BC, Dwyer B. Rapid, simple method for typing isolates of Mycobacterium tuberculosis by using the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1993;31:329-334.
  • Plikaytis BB, Gelber RH, Shinnick TM. Rapid and sensitive detection of Mycobacterium leprae using a nested-primer gene ampliŞ cation assay. J Clin Microbiol 1990;28:1913-1917.
  • Karahan ZC, Atalay F, Uzun M et al. Sequence analysis of rpoB mutations in Rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates from Turkey. Microb Drug Res 2004;10:325-330.
  • Kremer K, van Soolingen D, Frothingam R et al. Comparison of methods based on diff erent molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: Interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility. J Clin Microbiol 1999;37:2607-2618.
  • Kamerbeek J, Schouls L, Kolk A et al. Simıltaneous detection and strain diff erentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J Clin Microbiol 1997;35:907-914.
  • van Belkum A. High-throughput epidemiological typing in clinical microbiology. Clin Microbiol Infect 2003;9: 86-100.
  • Durmaz R, Gunal S, Yang Z et al. Molecular epidemiology of tuberculosis in Turkey. Clin Microbiol Infect 2003;9:873-877.
There are 13 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Journal Section Articles
Authors

Zeynep Ceren Karahan This is me

Alper Tekeli This is me

Figen Atalay This is me

Nejat Akar This is me

Publication Date April 1, 2006
Published in Issue Year 2006

Cite

APA Karahan, Z. C., Tekeli, A., Atalay, F., Akar, N. (2006). Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası, 59(4), 139-143. https://doi.org/10.1501/Tipfak_0000000215
AMA Karahan ZC, Tekeli A, Atalay F, Akar N. Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası. April 2006;59(4):139-143. doi:10.1501/Tipfak_0000000215
Chicago Karahan, Zeynep Ceren, Alper Tekeli, Figen Atalay, and Nejat Akar. “Mycobacterium Tuberculosis suşlarının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi Ile Genotiplendirilmesi”. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası 59, no. 4 (April 2006): 139-43. https://doi.org/10.1501/Tipfak_0000000215.
EndNote Karahan ZC, Tekeli A, Atalay F, Akar N (April 1, 2006) Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası 59 4 139–143.
IEEE Z. C. Karahan, A. Tekeli, F. Atalay, and N. Akar, “Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi”, Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası, vol. 59, no. 4, pp. 139–143, 2006, doi: 10.1501/Tipfak_0000000215.
ISNAD Karahan, Zeynep Ceren et al. “Mycobacterium Tuberculosis suşlarının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi Ile Genotiplendirilmesi”. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası 59/4 (April 2006), 139-143. https://doi.org/10.1501/Tipfak_0000000215.
JAMA Karahan ZC, Tekeli A, Atalay F, Akar N. Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası. 2006;59:139–143.
MLA Karahan, Zeynep Ceren et al. “Mycobacterium Tuberculosis suşlarının Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi Ile Genotiplendirilmesi”. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası, vol. 59, no. 4, 2006, pp. 139-43, doi:10.1501/Tipfak_0000000215.
Vancouver Karahan ZC, Tekeli A, Atalay F, Akar N. Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası. 2006;59(4):139-43.