Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi
Abstract
Amaç: Tüberküloz, günümüzde giderek artan bir toplum sağlığı sorunu haline gelmiştir. İnfeksiyon dinamiklerini incelemek ve uygun tedavi ve infeksiyon kontrol stratejileri belirleyebilmek için etkenin moleküler tiplendirmesi önemlidir. Mycobacterium tuberculosis genotiplemesinde altın standart IS6110 RFLP analizi olmakla birlikte, yöntemle ilgili zorluklar nedeniyle son yıllarda Polimeraz Zincir Reaksiyonuna (PZR) dayalı yöntemler de kullanılmaktadır. Bu çalışmada, akciğer tüberkülozlu 39 farklı hastadan izole edilen M. tuberculosis izolatının, PZR yöntemi ile genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Löwenstein-Jensen besiyerinde üretilen suşların hücre duvarları cam boncuklarla parçalanarak DNA elde edilmiştir. PZR ile genotiplendirme için, IS6110 insersiyon dizisinin iki ucuna yönelik hazırlanan IS–1 (5’CAA GAA CCT TTC CTA CCC CA 3’) ve IS–2 (5’GGC TGA GGT CTC AGA TCA G 3’) primerleri kullanılmıştır. Elde edilen bant paternleri bilgisayar ortamına aktarılarak, suşlar arası genetik yakınlık, Syngene Gene Directory 1.02.0 (Syngene, Cambridge, İngiltere) programında UPGMA metodu ile Dice katsayısı kullanılarak belirlenmiştir.Bulgular ve Sonuç: Çalışma sonucunda izolatların hepsinin genotipik olarak birbirinden farklı olduğu tespit edilmiş, yöntem kolay uygulanabilir, hızlı, ucuz ve tekrarlanabilir bulunmuştur.
Keywords
Mycobacterium tuberculosis, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), genotipleme
References
- Barnes PF, Cave MD. Molecular epidemiology of tuberculosis. N Engl J Med 2003;349:1149-1156.
- Nguyen LH, Gilbert GL, Marks GB. Molecular epidemiology of tuberculosis and recent developments in understanding the epidemiology of tuberculosis. Respirology 2004;9:313-319.
- Seidler A, Nienhaus A, Diel R. Th e transmission of tuberculosis in the light of new molecular biological approaches. Occup Environ Med 2004;61:96-102.
- Narayanan S. Molecular epidemiology of tuberculosis. Indian J Med Res 2004;120:233-247.
- Th ierry D, Cave MD, Eisenach KD et al. IS6110, an IS-like element of Mycobacterium tuberculosis complex. Nucleic Acids Res 1990;18:188.
- Van Soolingen D, Herman PW, de Haas PEW, Soll DR, van Embden JDA. Occurence and stability of insertion sequences in Mycobacterum tuberculosis complex strains: Evaluation of an insertion sequence-dependent DNA polymorphism as a tool in the epidemiology of tuberculosis. J Clin Microbiol 1991;29:2578- 2586.
- Ross BC, Dwyer B. Rapid, simple method for typing isolates of Mycobacterium tuberculosis by using the polymerase chain reaction. J Clin Microbiol 1993;31:329-334.
- Plikaytis BB, Gelber RH, Shinnick TM. Rapid and sensitive detection of Mycobacterium leprae using a nested-primer gene ampliŞ cation assay. J Clin Microbiol 1990;28:1913-1917.
- Karahan ZC, Atalay F, Uzun M et al. Sequence analysis of rpoB mutations in Rifampin-resistant clinical Mycobacterium tuberculosis isolates from Turkey. Microb Drug Res 2004;10:325-330.
- Kremer K, van Soolingen D, Frothingam R et al. Comparison of methods based on diff erent molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: Interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility. J Clin Microbiol 1999;37:2607-2618.