An Animal Model Application in Buffalo Calves Birth Weight by Using Wombat Software

Abstract

The traits carrying economic values are generally considered among the quantitative characters in animal breeding. Estimation of genetic parameters and breeding values of these traits allows selecting better animals in a similar environmental. Hence, the productivity per unit animal is increased by selection. Estimating genetic parameters is in the scope of animal improvement and quantitative genetics. These processes, which have a very complex structure, are carried out with special software today and the breeding values of the animals can be obtained as a result of a series of analyzes. Wombat is a software that can estimate (co)variance components, genetic parameters and breeding values for continuous traits using the restricted maximum likelihood (REML) technique by solving mixed model equations. In this study, it is aimed to introduce the basic working principles and usage of Wombat which is widely used in the animal science world. Using illustrated data which is including birth weight of Anatolian Buffalo calves, it is showed that how the heritability was calculated with the univariate animal model. The data of calf birth weights used in this study were obtained from the sub-project (TAGEM / 66 / MANDA2015-01) carried out in Yozgat province under The National Anatolian Buffalo Breeding Project in farm condition with coordination of the GDAR (Ministry of Agriculture and Forestry, General Directorate of Agricultural Research and Policies).

Keywords

• Wombat
• heritability
• buffalo calf
• birth weight
• animal model

Wombat Yazılımı Kullanılarak Malak Doğum Ağırlıklarında Birey Modeli Uygulaması

Abstract

Genel olarak hayvan yetiştiriciliğinde ekonomik gelir elde edilen özellikler kantitatif karakterler arasında yer almaktadır. Bu özelliklere ait genetik parametrelerin tahmin edilmesi ve buna göre damızlıkların belirlenmesi, benzer çevre ortamında yetişen hayvanlar arasında seçime imkân sağlamaktadır. Böylece seleksiyon ile birim hayvan başına verim artırılmaktadır. Genetik parametrelerin tahmin edilmesi hayvan ıslahı ve kantitatif genetik bilimlerinin kapsamına girmektedir. Oldukça karmaşık bir yapıya sahip olan bu işlemler günümüzde özel yazılımlarla gerçekleştirilmekte ve bir dizi analiz sonucunda hayvanların damızlık değerleri ortaya konulabilmektedir. Wombat karışık model eşitliklerinin çözümünde kısıtlı maksimum olabilirlik (REML) tekniğini kullanarak sürekli özellikler için (ko)varyans bileşenleri, genetik parametre ve damızlık değeri tahmini yapabilen bir yazılımdır. Bu çalışmada dünya da oldukça yaygın kullanıma sahip olan Wombat yazılımının temel çalışma prensipleri ve kullanımının tanıtılması amaçlanmıştır. Bu hedefle örnek malak doğum ağırlığı verileri kullanılarak tek değişkenli birey modeli ile kalıtım derecesinin nasıl hesaplandığı ortaya konulmuştur. Bu çalışmada kullanılan malak doğum ağırlıklarına ait veriler Tarım ve Orman Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü koordinasyonunda uygulanan Halk Elinde Anadolu Mandasının Islahı Ülkesel Projesi kapsamında TAGEM/66/MANDA2015-01 numarası ile Yozgat ilinde yürütülen alt projeden temin edilmiştir.

Keywords

• Wombat
• kalıtım derecesi
• malak
• doğum ağırlığı
• birey modeli

Thanks

TAGEM/66/MANDA2015-01 proje numarası ile uygulanan Halk Eklinde Anadolu Mandasının Islahı Ülkesel Projesinde yer alan yetiştiricilerle yapılan bu çalışmada verilerin kullanılmasına izin veren Tarım ve Orman Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğüne teşekkürü bir borç biliriz.

References

1. Cinkaya, S., Tekerli, M., Demirtaş, M., Çelikeloğlu, K. (2019). EasyNRM: A Visual Basic Application Approach for Computing Numerator Relationship Matrix of Pedigreed Animals. KSU J. Agric Nat 22(Suppl 2): 418-423. DOI: 10.18016/ksutarimdoga.vi.571575
2. Meyer, K. (2006). WOMBAT – Digging deep for quantitative genetic analyses by restricted maximum likelihood. 8th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, August 13-18, 2006, Belo Horizonte, Brazil.
3. Meyer, K. (2006-2020). Wombat manuel A program for Mixed Model Analyses by Restricted Maximum Likelihood. User notes. http://didgeridoo.une.edu.au/km/wmbdownload1.php. Erişim tarihi: 13.09.2020
4. Meyer, K. (2007). WOMBAT - A tool for mixed model analyses in quantitative genetics by restricted maximum likelihood (REML). Journal of Zhejiang University SCIENCE B. 8(11), 815–821.
5. Meyer, K. WOMBAT – A program for Mixed Model Analyses by Restricted Maximum Likelihood. Example 1 for WOMBAT. http://didgeridoo.une.edu.au/womwiki/doku.php?id=wombat:ex1page. Erişim tarihi: 13.09.2020
6. Prakash, V., Gowane, G. R., Prince, L. L. L., Sharma, R. C. (2016). Univariate and Multivariate analysis of Animal breeding data using WOMBAT. In compendium of ICAR Sponsored short Course “Recent models and methods for analysis of farm animal data for devising suitable breeding and management strategy". 96-106 p.
7. Tekerli, M., Çelikeloğlu, K., Koçak, S. (2014). Damızlık Değer Tahmini. Eğitim Notu. İzmir.
8. Tekerli, M. (2015-2019). Manda Yıldızı Veri Kayıt, Hesap ve Proje Takip Programı. Ver. 2019, 5.05 Akademik. Afyon Kocatepe Üniversitesi. Afyonkarahisar. http://88.249.41.173:83/. Erişim tarihi: 13.09.2020

9. Tekerli, M. (2020). Pedigri Yıldızı V. 2.2. Yayınlanmamış soyağacı hazırlama yazılımı. Wilson, A. J., Re´ale, D., Clements, M. N., Morrissey, M. M., Postma, E., Walling, C. A., Kruu k, L. E. B., Nussey, D. H. (2009a). An ecologist’s guide to the animal model. Journal of Animal Ecology 79(1), 13-26. DOI: 10.1111/j.1365-2656.2009.01639.x.
10. Wilson, A. J., Re´ale, D., Clements, M. N., Morrissey, M. M., Postma, E., Walling, C. A., Kruuk L. E. B. , Nussey D. H. (2009b). Supplementary File 4: Tutorial for WOMBAT. https://www.wildanimalmodels.org/tiki-index.php?page=The%20ecologists%20guide%20to%20the%20animal%20model#Tutorials. Erişim tarihi: 13.09.2020