Yüksek oranda fenolik bileşen içeren Thymus (Lamiaceae) türlerinin modifiye edilmiş CTAB yöntemiyle genomik DNA izolasyonu

Abstract

Sistematik botanik çalışmalarında morfolojik karakterlerin yetersiz kaldığı durumlarda moleküler çalışmalar yapılmaktadır. Çalışmanın güvenilir olabilmesi için kaliteli ve yeterli miktarda DNA elde edilmelidir. Bu çalışmada Thymus L. cinsine ait bazı taksonlar kullanılarak 3 farklı izolasyon yöntemi denenmiştir. Araştırmalarımız ile klasik CTAB yöntemi modifiye edilmiştir. Yapılan yeni protokolde CTAB protokolüne ek olarak STE, PVP 40 gibi kimyasallar eklenmiş ve bazı inkübasyon süreleri değiştirilmiştir. İzolasyon sonucunda elde edilen DNA’da klasik yöntemlere ve hazır kit kullanımına oranla daha saf genomik DNA’nın elde edildiği görülmüştür.

Keywords

• Thymus
• DNA izolasyonu
• CTAB
• PVP 40
• STE

Genomic DNA isolation of Thymus L. (Lamiaceae) species containing a high rate of phenolic components using the modified CTAB method

Abstract

In cases where morphological characters are insufficient in systematic botanical studies, molecular studies are carried out. For the study to be reliable, high quality and sufficient amount of DNA must be obtained. In this study, 3 different isolation methods were tried using some taxa belonging to the Thymus L. genus. With our research, the classical CTAB method has been modified. In the new protocol, in addition to the CTAB protocol, chemicals such as STE and PVP 40 were added and some incubation times were changed. It has been observed that purer genomic DNA was obtained from the DNA obtained as a result of isolation compared to classical methods and the use of ready-made kits.

Keywords

• Thymus
• DNA isolation
• CTAB
• PVP 40
• STE

References

1. Aneva I, Zhelev P, Bonchev G, Boycheva I, Simeonova S, Kancheva D (2022). DNA barcoding study of represantative Thymus species in Bulgaria. Plants 11(3): 1-10.
2. Demirpolat A (2017). Türkiye'de Yetişen Bazı Scandix L. (Apiaceae) Türleri Üzerinde Biyosistematik Araştırmalar. PhD, Fırat University, Elazığ, Turkey.
3. Deniz G (2007). Türkiye'de Yetişen Ziziphora L. (Lamiaceae) Taksonlarının Moleküler Sistematiği. MSc, Balıkesir University, Balıkesir, Turkey.
4. Doyle JJ, Doyle JL (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12 (1): 13-15.
5. Drábková LZ (2014). DNA Extraction from Herbarium Specimens. Molecular Plant Taxonomy 1115:69-84 .
6. Hills PN, Staden JV (2002). An improved DNA extraction procedure for plant tissues with a high phenolic content. South African Journal of Botany 68(4):549-550.
7. Maltas E, Vural HC, Yıldız S (2011). Extraction of genomic DNA from polysaccharide and phenolics rich Ginkgo biloba. Journal of Medicinal Plants Research 5(3):332-339.
8. Sancar PY (2021). Çeşitli bitki taksonlarında bazı DNA izolasyon yöntemlerinin karşılaştırmalı analizi. Uluslararası Doğu Anadolu Fen Mühendislik ve Tasarım Dergisi 3(1):117-128.

9. Şimşek Ö, Karaat FE, Serçe S, Kaçar YA (2008). Bazı meyve türlerinde DNA izolasyon yöntemlerinin etkinliğinin karşılaştırılması. Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi 25(1): 59-69.
10. Yıldız B, Tümen G, Demirkuş N, Adıgüzel N, Akyalçın H, Bahçecioğlu, Z (2004). Türkiye'de Yetişen Thymus L. (Lamiaceae) Türlerinin Revizyonu ve Türler Üzerinde Palinolojik ve Kimyasal Araştırmalar. TÜBİTAK 198T003 nolu Proje Raporu.