Antalya doğal florasından toplanan düğmeli yoncanın moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışma, Antalya doğal florasından toplanan ve özellikle mera alanları için önem teşkil eden tek yıllık yonca türlerinden Düğmeli yonca (Medicago orbicularis L.)`nın moleküler karakterizasyonunu yapmak amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada 45 adet düğmeli yonca genotipi arasındaki genetik çeşitlilik mikrosatellite (SSR) markırları kullanılarak araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmada, toplam 35 adet mikrosatellite primer çifti kullanılmıştır. Yapılan ikinci çalışmada ise 15 adet mikrosatellite primer çifti kullanılmıştır. Araştırmada genetik benzerlik katsayıları 0.75-1.00 değerleri arasında bulunmuştur. En yakın genetik benzerlik 3-4-5 ve 42 nolu genotipler; 37 ve 38 nolu genotipler; 32 ve 31 nolu genotipler; 25 ve 26 nolu genotipler; 7-9-16-18-22 ve 33 nolu genotipler; 40 ve 11 nolu genotipler; 29 ve 30 nolu genotipler; 13-14 nolu genotipler ile 6-10-12-15-17-19-20-21-23-24-28-3443-44 ve 45 nolu genotipler arasında belirlenmiştir. En uzak benzerlik ise 2 nolu genotip ile 25 ve 26 nolu genotipler arasında belirlenmiştir. UPGMA yöntemine göre yapılan dendogramda genotipler 0.87 benzerlik seviyesinde 2 ana gruba ayrılmıştır. Birinci ana grupta 12, ikinci ana grupta 33 genotip yer almıştır.

Keywords

• Düğmeli yonca,Antalya,Doğal flora,Moleküler karakterizasyon

Molecular characterization of button medic (Medicago orbicularis L.) collected from Antalya natural flora

Abstract

This study was carried out to determine molecular characterization of annual button medic (Medicago orbicularis L.), which is very important for the pasture areas, collected from natural flora of Antalya province. Totally, the genetic diversity of 45 button medic genotypes were characterized with microsatellite (SSR) markers. A total of 35 microsatellite primer pairs were used in the preliminary study. In the second study, 15 pairs of microsatellite primers were used. Genetic similarity coefficients of the genotypes changed between 0.75 and 1.00. The closest genetic similarities were determined between genotypes 3-4-5 and 42; genotypes 37 and 38; 32 and 31 genotypes; genotypes 25 and 26; genotypes 7-9-16-18-22 and 33; genotypes 40 and 11; 29 and 30 genotypes; 13-14 genotypes and 6-10-12-15-17-19-20-21-23-24-28-3443-44 and 45 genotypes. The farthest similarity was determined between genotypes 2 and 25 and 26 genotypes. According to the UPGMA method, the genotypes in the dendogram were divided into two main groups at the level of similarity of 0.87. There were 12 genotypes in the first main group and 33 genotypes in the second main group.

Keywords

• Button medic,Antalya,Natural flora,Molecular characterization

References

1. Alınca, S. (2008). Güneydoğu Anadolu Bölgesinden toplanan buton yoncasının (Medicago orbicularis L.) morfolojik özellikleri ve moleküler karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Dicle Üniversitesi, Diyarbakır.
2. Arraouadi, S., Badri, M., Cheruth, A. J., Naceur, H.I., Huguet, T., & Aouani, M.E. (2009). Analysis of genetic variation in natural populations of Medicago truncatula of Southern Tunisian ecological areas, using morphological traits & SSR markers. Tropical Plant Biology, 2(3):122-132.
3. Barkley, N.A., Roose, M.L., Krueger, R.R., & Federici, C.T. (2006). Assessing genetic diversity & population structure in a citrus germplasm collection utilizing simple sequence repeat markers (SSRs). Theoretical & Applied Genetics, 112(8):1519–1531.
4. Buth, D.G. (1984). The application of electrophoretic data in systematic studies. Annual Review Ecology and Systematics, 15:501-522.
5. Davis, P.H. (1970). Flora of Turkey and the East Aegean Islands. Vol. 3. Edinburgh University Press, Edinburgh.
6. Diwan, N., Bouton, J.H., Kochert, G., & Cregan, P.B. (2000). Mapping of simple sequence repeat (SSR) DNA markers in diploid and tetraploid alfalfa. Theoretical & Applied Genetics, 101(1-2):165-172.
7. Doyle, J.J., & Doyle, J.L. (1990). Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.
8. Flajoulot, S., Ronfort, J., Baudouin, P., Barre, P., Huguet, T., Huyghe, C., & Julier, B. (2005). Genetic diversity among alfalfa (Medicago sativa) cultivars coming from a breeding program, using SSR markers. Theoretical & Applied Genetics, 111(7):1420-1429.

9. Gülşen, O., & Mutlu, N. (2005). Bitki biliminde kullanılan genetik markırlar ve kullanım alanları. Alatarım, 4(2):27-37.
10. Gupta, P.K., & Varshney, R.K. (2000). The development and use of microsatellite markers for genetic analysis and plant breeding with emphasis on bread wheat. Euphytica, 113 (3):163-185.
11. Hillis, D.M., Mable, B.K. & Moritz, C. (1996) Applications of molecular systematics: The state of the field and a look to the future. In: Hillis, D.M., Moritz, C. and Mable, B.K. Eds., Molecular systematics, Sinauer Associates, Massachusetts, p:515-543.
12. Işık, K. (1997). Karakter Kavramı ve Karakterlerin Genetik Temeli. Taksonomi Yaz Okulu Ders Notları, Antalya.
13. Nimmakayala, P., Tomason, R.Y., Jeong, J., Ponniah, K.S., Karunathilake, A., Levi, A., Perumal, R., & Reddy, K.U. (2009). Genetic reticulation and interrelationships among Citrullus species as revealed by joint analysis of shared AFLPs and species-specific SSR alleles. Plant Genetic Resources Characterization and Utilization, p:1-10.
14. Ocumpaugh, W.R., Bade, D.H., Cassida, S.W., Coleman, W.R., Grichar, M.A., Pitman, W.D., & Smith, G.R. (1998). Limits of adaptation of a Burr Medic sellection naturalized in South Texas. Forage and Grassland Cong. p:148-152.
15. Oliverira, K.M., Laborda, P.R., Garcia, A.A., Zagatto-Paterniani, M.E.A.G., & Pereira De Souza, A. (2004). Evaluating genetic relationships between tropical maize inbred lines by means of AFLP profiling. Hereditas, 140(1):24-33.
16. Quicke, D. (1993). Principles and Techniques of Contemporary Taxonomy, 1993. Blackie Academic & Professional, Glasgow.
17. Sayar M.S. (2011). Güneydoğu Anadolu Çayır Mera alanlarında Bulunan Bazı Önemli Yem Bitkisi Türleri, GAP Uluslararası Tarımsal Araştırma ve Eğitim Merkezi Müdürlüğü Yayınları, 53 Sayfa, Diyarbakır.
18. Sayar, M.S., Han, Y., Başbağ, M., Gül İ., & Polat T. (2015). Rangeland improvement and management studies in Southeastern Anatolia Region of Turkey. Pakistan Journal of Agricultural Sciences, 52(1): 9-18.
19. Smith, J., & Smith, O. (1989). The description and assessment of distances between inbred lines of maize: I. The use of morphological traits as descriptors. Maydica, 34, 141-150.
20. Tan, A. (1992). Türkiye’de bitkisel çeşitlilik ve bitki genetik kaynakları. Anadolu, 2(1):50-64.