BIOWEB:INTERNET BASED BIOINFORMATİC INTERFACE

Abstract

In this work, we design a web application that are used in bioinformatics field. Goal of the work is a toolbox that helps to the students in biology, genetics and information retrieval systems, so that they can understand related algorithms. As a consequence of this application, we aim that members of other institutions make use of the application which could improve credibility of our univesity. Inside Php code snippets, we execute C++ programs which execute bioinformatics algorithms. The results of the algorithms are returned back with the constribution of javascript code blocks. 

Keywords

• Bioinformatics,php interface,mySQL,c++ applications,sequence alignment

BİYOWEB: İNTERNET TABANLI BİYOENFORMATİK ARAYÜZÜ

Abstract

Bu çalışmada biyoenformatik alanında kullanılan algoritmalar, bir web uygulaması olarak geliştirilmiştir. Özellikle biyoloji, genetik ve bilgi erişim sistemi çalışan öğrencilerin bu algoritmaları tanıması, nasıl çalıştığı hakkında bilgi vermesi ve bu alandaki örnek programların çalıştırması temelinde kurulmuştur. Amacı üniversitemizin bu alanda yaptığı çalışmalardan başka kişilerinde yararlanmasını sağlamak ve üniversitemizi bu alanda tanıtımını yapmaktır. PHP ile yazılan web sayfalarında c++ kodları çalıştırılmış ve sonuçlar javascript yardımıyla kullanıcıya geri döndürülmüştür.

Keywords

• Biyoenformatik,php arayüzü,mySQL,c++ uygulamaları,sekans hizalama

References

1. [1] R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison, "Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, Cambridge, (1998).
2. [2] T.F. Smith,and M.S. Waterman, "Identification of Common Molecular Subsequences", Journal of Molecular Biology, 147: 195–197, (1981).
3. [3] P. Ferragina, and G. Manzini, “Opportunistic data structures with applications” , In 41st Annual Symposium on Foundations of Computer Science Proceedings, 390– 398. IEEE, (2000).
4. [4] S. Geman, D. Geman, "Stochastic Relaxation, Gibbs Distributions, and the Bayesian Restoration of Images". IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 6 (6): 721–741, (1984).
5. [5] L. Rabiner "A tutorial on Hidden Markov Models and selected applications in speech recognition", Proceedings of the IEEE 77 (2): 257–286, (1989).
6. [6] J. Buhler, M.Tompa, “Finding motifs using random projections”, Proceeding of RECOMB '01 Proceedings of the fifth annual international conference on Computational biology, ACM New York, NY, USA (2001).