Meta-Genomik Gen Analizi için Filtre Tasarımı
Öz
Bazı virüsler hariç tüm canlılarda kalıtımın temel yapısını nükleik asitler oluşturmaktadır. Bilim insanları kalıtım üzerine çeşitli çalışmalar yapmıştır. Yapılan araştırmalar ve deneyler sonucunda bilginin depolanması, bilgiye ulaşma ve bilginin analizinin rahat bir şekilde yapılmasına gerek duyulmuştur. Bunun için biyolojinin bilgisayarlar üzerinde kullanımı 1960’lı yıllarda başlamıştır. Sonrasında bilgisayar bilimleri geliştikçe biyolojinin gelişmesi ve araştırma alanları da artmıştır. Gelişmeler arttıkça biyolojinin büyük çaplı deneyler, makro molekül yapıları, DNA ve RNA gibi alanlarda araştırmaları daha çok olmaya başlamıştır. Son 50 yıl boyunca, hastalıklardaki artış bilim insanlarını DNA dizilimleri üzerinde çalışma yapmaya yönlendirmiştir. 1970’lerin başlarında ilk DNA dizileri üniversite araştırmacıları tarafından bulunmuştur. Daha sonralardan Sanger ve arkadaşları geliştirdikleri dizileme yöntemi ile insan genomunu dizilemeyi başarınca Yeni Nesil Dizileme kavramı ortaya çıkmıştır. Yeni Nesil Dizileme yöntemi kullanılarak çok büyük boyuttaki gen sekanslarına dizileme yapılmıştır. Ancak gen sekanlarının uzunlukları çok büyük olduğu için dizileme yapılırken hatalar ile karşılaşılır. Ayrıca ideal DNA dizileme daha hızlı ve kolay çözüme ulaşmalıdır. Bu çalışmada gen sekanslamadaki hataları azaltma üzerinde çalışılmıştır. Bir filtre yardımı ile büyük boyuttaki gen sekanlarını benzerlik açısına göre birkaç kümeye ayırılmıştır. Ayrılan bu dizilerde doğru sıralamalar elde edilmeye çalışılmıştır.
Anahtar Kelimeler
References
- Bentley DR, Balasubramanian S, Swerdlow HP, Smith GP, Milton J, Brown CG, et al. Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature. 2008;456(7218):53-9.
- Cormen, T.H., Leiserson, C.E. ve Rivest, R.L. (1989). Introduction to Algorithms The MIT Press, Boston.
- İnan O. (2006). Ardışık tekrarlı DNA dizilerinin optimum düzeyde bulunmasına yönelik programlama çalışmaları.
- Kalyanaraman A., Aluru S., Brendel V., Kothari S., Space and time efficient parallel algorithms and software for EST clustering, IEEE Transactions on parallel and distributed systems, 14:1209–1221, 2003.
- Kärkkäinen J. Sanders P. Simple linear work suffix array construction, Automata, Languages and Programming, Springer Berlin Heidelberg, 943–955, 2003.
- Kim, D.K., Sim, J.S., Park, H., Park, K.: Linear-time construction of suffix arrays. In: Proceedings 14th Annual Symp. Combinatorial Pattern Matching, LNCS 2676, Springer-Verlag. (2003) 186–199.
- Ko P. and Aluru S. Space efficient linear time construction of suffix arrays. In Proceedings 14th CPM, LNCS 2676, Springer-Verlag, pages 200–210, 2003.
- Kushner I. ve Samols D., Oswald Avery and the pneumococcus.,2011
Details
Primary Language
Turkish
Subjects
-
Journal Section
Research Article
Publication Date
June 15, 2020
Submission Date
December 13, 2018
Acceptance Date
May 25, 2020
Published in Issue
Year 2020 Volume: 11 Number: 2
Cited By
GIDA MİKROBİYOLOJİSİNDE METAGENOMİK YAKLAŞIMLAR
GIDA / THE JOURNAL OF FOOD
https://doi.org/10.15237/gida.GD23101Spor ve Genetik İlişkisi: Sistematik Derleme
Herkes için Spor ve Rekreasyon Dergisi
https://doi.org/10.56639/jsar.1516686