Koyun dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin varlığının PZR ile tespit edilmesi
Abstract
Amaç: Bu çalışmanın amacı taze ve kuru koyun dışkısından
metagenomik DNA'nın izolasyonunu yapmak ve spesifik primerler
kullanarak çeşitli rumen bakterilerini tespit etmektir.
Gereç ve Yöntem: Metagenomik DNA izolasyonu ticari
I-Genomic Dışkı DNA izolasyon kiti kullanılarak gerçekleştirildi.
Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes,
Prevotella bryantii, Prevotella ruminicola, Ruminobacter
amylophilus, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens,
Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium ve Succinovibrio
dextrinosolvens spesifik primerler ile metagenomik DNA
kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu yardımıyla tarandı.
R. amylophilus, R. albus ve S. dextrinosolvens yokluğunu doğ-
rulamak için 16S rRNA bölgesinin SphI ile reaksiyonu ger-
çekleştirildi.
Bulgular: Dışkı örnekleri hızlıca kurutuldu ve yaş ağırlığı-
nın %53.72'si kaybettirildi. Taze ve kuru örneklerdeki DNA
izolasyonlarından sonra DNA konsantrasyonları ve saflığı
sırasıyla 25.60-59.50 ng/µL ve 1.72-1.90 arasında değiştiği
belirlendi. Dışkıdaki inhibitörlerin PZR üzerinde etkisinin
olmadığı görüldü. A. lipolytica, F. succinogenes, P. bryantii, P.
ruminicola, R. flavefaciens, S. bovis ve S. ruminantium spesifik
primerler ile tespit edildi, fakat PCR ile R. amylophilus, R.
albus ve S. dextrinosolvens varlığına rastlanılmadı. 16S rRNA
bölgesinin SphI ile kesimi bu sonucu doğruladı.
Öneriler: Bu çalışma, doğal şartlarda kurumanın dışkı örneklerinden
metagenomik DNA izolasyonu üzerine etkilerini
tanımlamıştır. Ayrıca, izole edilen DNA kullanılarak çeşitli rumen
bakterilerinin tespiti gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak
kurumuş dışkıdan izole edilen metagenomik DNA'nın bakteri
populasyonlarının belirlenmesinde kullanılabileceği ifade
edilebilir
Keywords
Abstract
Aim: The aim of this study was to isolate metagenomic DNA
from fresh and dry sheep feces and to detect several rumen
bacteria using the specific primers.
Materials and Methods: The metagenomic DNA isolation
was performed by using commercial I-Genomic Stool DNA
Isolation Kit. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes,
Prevotella bryantii, Prevotella ruminicola, Ruminobacter
amylophilus, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens,
Streptococcus bovis, Selenomonas ruminantium and Succinovibrio
dextrinosolvens were screened using metagenomic
DNA with polymerase chain reaction and spesific primers.
Reaction of 16S rRNA region with SphI was carried out to
confirm the absence of R. amylophilus, R. albus and S. dextrinosolvens.
Results: Fecal samples dried rapidly and lost its 53.72% of
fresh mass. After the DNA isolations from fresh and dried
samples, DNA concentrations and purity were varied between
25.60-59.50 ng/µL and 1.72-1.90, respectively. It was observed
that fecal inhibitors had no effect on PCR. A. lipolytica,
F. succinogenes, P. bryantii, P. ruminicola, R. flavefaciens, S. bovis
and S. ruminantium were detected with specific primers
however PCR did not reveal the presence of R. amylophilus,
R. albus and S. dextrinosolvens. SphI digestion of 16S rDNA
regions has confirmed this result.
Conclusions: In this study, effect of drying in natural conditions
on metagenomic DNA isolation from fecal samples was
determined. Furthermore, PCR detection of several rumen
bacteria was performed by using isolated DNA. In conclusion,
it may be stated that the metagenomic DNA isolated from
dried fecal samples could be an effective tool for the detection
of bacterial populations.
Keywords
Details
| Other ID | JA28JF73PB |
|---|---|
| Journal Section | Research |
| Authors | |
| Publication Date | March 1, 2016 |
| Published in Issue | Year 2016 Volume: 32 Issue: 1 |