Sığır mikrosatellit test panelinin Türkiye’de ebeveyn tayini çalışmalarında kullanılabilirliği

Year 2013, Volume: 29 Issue: 1, 24 - 29, 01.03.2013

Ercan Kurar Zafer Bulut Mehmet Nizamlıoğlu

Abstract

Amaç: Türkiye’de yaygın olarak yetiştirilen sığır ırkları ve melezlerinin kimliklendirme çalışmalarında bir mikrosatellit test panelinin kullanılabilirliğinin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmada 148 adet sığıra ait genomik DNA örneği kullanıldı. Toplam 11 adet mikrosatellit markörü ISAG ve FAO MoDAD listesinden seçildi. Genomik DNA örnekleri Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) metoduyla çoğaltılarak, kapiller elektroforez sonrası fragman analizi ile alleller tanımlandı. Genel populasyon parametrelerinden allel sayısı (Na), gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk değerleri, Hardy-Weinberg dengesinden (HWE) sapma ile dışlama gücü (DG) değerleri hesaplandı. Bulgular: Lokus başına 6-17 arasında değişen 150 farklı allel tanımlandı. Ho ve He değerleri sırasıyla 0.435-0.884 ve 0.6320.887 arasında bulundu. DG-1 ve DG-2 değerleri lokus bazında 0.239-0.630 ve 0.419-0.774 arasında değişmekte olup, tüm lokuslar için toplam DG-2 değeri 0.999 olarak hesaplandı. Öneri: Test panelinin Türkiye’de sığır kimliklendirme çalışmalarında kullanılabileceği ancak lokus sayısının artırılması ve etkin multipleks sistemlerinin geliştirilmesinin uygun olacağı kanaatine varılmıştır.

Keywords

Sığır, mikrosatellit, ebeveyn testi

Usefulness of a microsatellite test panel for cattle parentage testing in Turkey

Abstract

Aim: The objective of this study was to test usefulness a microsatellite test panel for parentage analysis in widely reared cattle breeds in Turkey. Materials and Methods: In this study, genomic DNAs were used from 148 cattle. A total of eleven bovine microsatellite loci were selected from a list suggested by ISAG and FAO MoDAD. Genomic DNA samples were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Alleles were determined by fragment analysis after capillary electrophoresis. General population parameters including allel numbers (Na), observed (Ho) and expected heterozygosities (He), deviation from Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) and power of exclusion (PE) at each microsatellite locus were calculated.Results: A total of 150 different alleles were determined ranging from 6 to 17 at each locus. The Ho and He were ranged from 0.435 to 0.884 and 0.632 to 0.887, respectively. Locus based PE-1 and PE-2 were varied as 0.239-0.630 and 0.419-0.774 and a total PE-2 value was calculated as 0.999. Conclusions: It was concluded that the test panel seems to be applied in cattle identification efforts; however, there is need for increasing the number of the locus in the panel and development of efficient multiplex systems.

Keywords

Cattle, microsatellite, parentage testing