Bazı Elma (Malus domestica Borkh.) Genotiplerinin SSR’lara (Simple Sequence Repeats) Dayalı Genetik Karakterizasyonu

Year 2018, Volume: 35 Issue: 3, 268 - 277, 31.12.2018

Ali Emre Akpınar Serdar Altıntaş Sümeyye Altunok Mehmet Emin Akçay Merve Dilek Karataş Ali Ergül

https://doi.org/10.13002/jafag4491

Cited By: 2

Abstract

Türkiye, alan ve üretim potansiyelinin yanında, zengin bir elma genetik çeşitliliğine sahiptir. Ancak, farklı isimlendirmelerden ve çeşit içi varyasyonlardan kaynaklanan çeşit karmaşası yaşanmaktadır. Bu nedenle, yetiştiricilikte kullanılmayan bazı eski elma çeşitlerinin kaybolma riski görülmektedir. Ülkemiz bitki gen kaynaklarının tanımlanması amacıyla; meyve türlerindeki tanımlamaların morfolojik özelliklere dayandığı, DNA düzeyinde yürütülen çalışmalar ise sınırlı sayıda olduğu görülmektedir. Bu çalışmada, söz edilen olumsuzlukların azaltılması amacıyla, “Atatürk Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü-Yalova” elma koleksiyonundan alınan 35 yerli ve 2 referans elma genotipi, 17 SSR (Simple Sequence Repeats) markör kullanılarak tanımlanmıştır. Elde edilen verilerde benzer ve sinonim genotiplere rastlanmazken, Tavşanbaşı, Tokat, Yaz Elması ve Demir gruplarında homonim durum tespit edilmiştir. CH01d08 lokusu, tanımlama olasılığı en yüksek lokus olarak göze çarparken, genotipler arası en yüksek benzerlik oranı %94 olarak tespit edilmiştir. Ülkemiz elma kaynaklarının SSR düzeyinde tanımlanmasına yönelik, gerçekleştirilen bu çalışma bulguları, ileride yürütülecek diğer çalışmalara ön veri oluşturacaktır. Aynı zamanda, bitki genetiği (genetik haritalama, gen klonlama vb.), ıslahı (kombinasyon ıslahında kullanılacak olan ebeveynlerin genetik benzerliklerinin belirlenmesi, mevcut çeşitlerde ana-baba-hibrid olası ilişkilerinin ortaya çıkarılması vb.) ve yetiştiricilik (bitkilerin tanısı ve DNA düzeyinde kontrol vb.) alanlarında katkılar sağlayacaktır.

Keywords

Elma (Malus domestica), SSR, moleküler tanımlama, Türkiye

References

• Anonim (2004). http://www.fao.org. FAO Statistical Databases Agriculture, Agriculture and Food Trade, Apple Export in The World.
• Anonim (2006). http://www.fao.org. FAO Statistical Databases, Agriculture, Agriculture and Food Trade, Apple Export in The World.
• Anonim (2016). http://www.tarim.gov.tr/sgb/Belgeler/ SagMenuVeriler/BUGEM.pdf. Burak M, Ergül A, Kazan, K, Akcay ME, Yüksel C, Bakir M, Mutaf F, Akpinar AE, Yaşasın AS, Ayanoğlu H (2014). Genetic analysis of Anatolian apples (Malus sp.) by simple sequence repeats. Journal of systematics and evolution, 52(5): 580-588.
• Decroocq V, Fave MG, Hagen G, Bordenave L and Decroocq S (2003). Development and transferability of apricot and grape EST microsatellite markers across taxa. Theor Appl Genet, 106: 912-922.
• Laigret F (2003). Development of microsatellite markers in peach (Prunus persica L.) and their uses in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (Prunus avium L.). Theor. Appl. Genet, 105: 127-138
• Galli Z., Halász G., Kiss E., Heszky, L., and Dobránszki, J. (2005). Molecular identification of commercial apple cultivars with microsatellite markers. HortScience, 40: 1974-1977.
• Garkava-Gustavsson L, Kolodinska Brantestam A, Sehic J and Nybom H (2008). Molecular characterisation of indigenous Swedish apple cultivars based on SSR and S-allele analysis. Hereditas, 145: 99-112.
• Gianfranceschi L, Seglias N, Tarchini R, Komjanc M, Gessler C (1998). Simple sequence repeats for the genetic analysis of apple. Theor. Appl. Genet, 96: 1069-1076.
• Guarino C, Santoro S, De Simone L, Lain O, CIpriani G and Testolin R (2006). Genetic diversity in a collection of ancient cultivars of apple (Malus-domestica Borkh.) as revealed by SSR-based fingerprinting. J. Hort. Sci. Biotechnol, 81: 39-44.
• Lefort F, Lally M, Thompson D and Douglas GC (1998). Morfolojical traits microsatellite fingerprinting and genetic relatedness of a stand of elite oaks (Q. Robur L.) at Tuallynally Ireland. Silvae Genetica, 47: 5-6.
• Litt M and Luty JA (1989). A hypervariable microsatelllite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. Am J Hum Genet, 44: 397-401.
• Liebhard R, Gianfranceschi L, Koller B, Ryder CD, Tarchini R, van de Weg E and Gessler C (2002). Development and characterisation of 140 new microsatellites in apple (Malus domestica Borkh.). Mol. Breed, 10:217–241.
• Minch E, Ruiz-Linares A, Goldstein DB, Feldman M and Cavalli-Sforza LL (1995). Microsat (version 1.4d): a computer program for calculating various statistics on microsatellite allele data. Stanford California Stanford University.
• Özbek S (1978). Özel Meyvecilik (Kişin Yaprağini Döken Meyve Türleri). Ç.Ü. Ziraat Fakültesi Yayinlari No: 128 Ders kitabi: 11 Adana.
• Özçağiran R. Ünal A. Özeker E. İsfendiyaroğlu M. (2004). İliman İklim Meyve Türleri (Yumuşak Çekirdekli Meyveler). Cilt:2 E.Ü. Ziraat Fakültesi Yayınları, No: 556 Bornova/İzmir.
• Pereira-Lorenzo S, Ramos-Cabrer AM and Dia´z-Herna´ndez MB (2008). Genetic assessment of local apple cultivars from La Palma Spain using simple sequence repeats (SSRs). Scientia Horticulturae, 117: 160-166.
• Şelli F, Bakır M, İnan G, Aygün H, Boz Y, Yaşasın AS, Özer C, Akman B, Söylemezoğlu G, Kazan K and Ergül A (2007). Simple sequence repeat-based assessment of genetic diversity in Dimrit and Gemre grapevine accessions from Turkey. Vitis, 46(4):182-187.
• Vouillamoz JF, McGovern PE, Ergul A, Söylemezoğlu G, Tevzadze G. Meredith CP and Grando MS (2006). Genetic characterization and relationships of traditional grape cultivars from Transcaucasia and Anatolia. Plant Genetic Resources, Characterization & Utilization 4(2):144-158.
• Wagner HW and Sefc KM (1999). Identity 1.0. Centre for Applied Genetics University of Agricultural Science Vienna.
• Weber JL and May PE (1989). Abundant class of human DNA polimorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction. Am. J. Hum. Genet, (44):388-396
• Yıkar E (2003). Elma. Tarımsal Ekonomi Araştırma Enstitüsü Yayınları T.E.A.E-Bakış Sayı 4 Nühsa 7.