Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project

Year 2023, , 26 - 33, 12.06.2023

Almila Çiftçi Rachel Mollman , Bilge Saadet Kaleli Abdulkerim Çapar Osman Erol

https://doi.org/10.26650/HT.2023.1246170

Abstract

The digitization of herbaria and other scientific collections has been championed by many researchers, especially taxonomists, who are acutely aware of their importance for the future. Both technological developments and the progression of globalization have accelerated digitization efforts worldwide in recent years. The digitization of the Istanbul University Faculty of Science Herbarium (ISTF) is one example of such a project, which has spanned many years, through various challenges, constantly changing conditions, and technological advancements. This article aims to briefly document the history of efforts made to this end, from the very first spark of an idea to the eventual procurement of institutional support and the start of digitization in October 2022. As of February 2023, data entries for 25,584 specimens (53% of the collection), 3,442 (8% of the collection) of which include high-quality photos, can be accessed through the ISTF virtual herbarium website. We also aim to outline the methods used at ISTF, which we hope will serve as a reference for virtual herbaria yet to be established. We discuss the place of undergraduate and graduate students in digitization alongside best practices to manage these volunteer students so that they may effectively contribute to herbarium work for the long-term benefit of themselves and the collections.

Keywords

Herbarium management, digitization, natural history collections, imaging

Supporting Institution

Scientific Research Projects Unit (BAP) of Istanbul University

Project Number

FBG-2022-38955

Thanks

The authors would like to extend special thanks to Dr. Burçin Çıngay for sharing his invaluable experience in herbarium digitization at Nezahat Gökyiğit Botanical Garden and Cengiz Kaan Sakkaf and the Argenit employees for their technical support. We would also like to thank the students, both current and past, who have volunteered their time at ISTF and the visiting researchers whose dedicated time and efforts updating the identifications and taxonomy of these collections will benefit researchers both here and abroad for generations to come.

Eski Koleksiyonlara Yeni Yollar Açmak: ISTF Herbaryumunun Dijitalleşmesinin İlk Çıktıları

Abstract

Herbaryumlar ve diğer bilimsel koleksiyonların dijitalleşmesinin önemi, başta taksonomistler olmak üzere çok sayıda bilim insanının uzun zamandır farkında olduğu bir konudur. Son yıllarda hem teknolojik gelişmeler hem de küreselleşme, dijitalizasyona dünya çapında hız kazandırmıştır. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Herbaryumunun (ISTF) dijitalleşme süreci, çeşitli zorluklardan, değişen koşullardan ve teknolojik ilerlemelerden geçen, uzun yıllara yayılmış bir çabanın ürünüdür. Makalede bu çabanın ilk hayal edilen fikirden, nihayet kurumsal destek sağlanmasına ve dijitalleşme sürecinin başlangıncına kadar kısa bir tarihini anlatmak amaçlanmıştır. Ekim 2022’den Şubat 2023’e kadar toplam 25,584 örneğin (koleksiyonun %53’ü) veri girişi yapılmış ve bu örneklerden 3,442’si (koleksiyonun %8’i) fotoğraflanmış olarak ISTF sanal herbaryum web sitesinden erişilebilir. Ayrıca, ISTF herbaryumunun sayısallaşması konusunda hangi yolun izlendiğini anlatmak ve daha sonra kurulacak diğer sanal herbaryumlar için bir referans olmak amaçlanmıştır. Lisans ve lisansüstü öğrencilerin sayısallaşmadaki yeri tartışılırken, öğrenciler ve herbaryum için faydalı olacak şekilde, hangi şartlarda çalışmada yer almalarının ve nasıl yönetilmelerinin sağlıklı olduğuna da değinilmiştir.

Keywords

Herbaryum yönetimi, sayısallaşma, doğa tarihi koleksiyonları, görüntüleme

Project Number

FBG-2022-38955

References

• Budak, İ., Güzel, N., & Serim, A. T. (2021). Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü Herbaryumu ve Veritabanı. Turkish Journal of Weed Science, 24(2), 57-63. google scholar
• Çiftçi, A. (2012). Türkiye'deki Sinirotu (Plantago L.) Taksonlarının Çiçek Durumu Ve Tohumları Üzerinde Mikromorfolojik Çalışmalar (Yüksek Lisans Tezi). Accessed through YÖK National Thesis Center. google scholar
• Davis, C. C., Kennedy, J. A., & Grassa, C. J. (2021). Back to the future: A refined single-user photo station for massively scaling herbarium digitization. Taxon, 70(3), 635-643. google scholar
• Demiriz, H. (1969). Türkiye'deki herbaryumların durumuna toplu bakış. Türk Biologi Dergisi, 19-45. google scholar
• Demirkuş, N., Yenilmez, A., Pınar, S. M., & İşler, S. (2021). Vanf Herbaryumunda Bulunan Bitki Örneklerinin Dijital Ortama Aktarılması Öncesinde Yapılan İşlemler. Ejons International Journal, 5(20), 824-828. google scholar
• Forman, L. & Bridson, D., 1998, The Herbarium Handbook, Lubrecht & Cramer Ltd., England, 1900347431 google scholar
• Güner, A., Kandemir, A., Menemen, Y., Yıldırım, H., Aslan, S., Ekşı, G., Güner, I., Çimen, A. Ö., & Şen Gökmen, F. (Ed.). (2104-) Resimli Türkiye Florası, İstanbul: ANG Vakfı Yayınları google scholar
• Heberling, J. M., Prather, L. A., & Tonsor, S. J. (2019). The changing uses of herbarium data in an era of global change: An overview using automated content analysis. BioScience, 69(10), 812-822. google scholar
• Öztürk, B., & Ege, M. (2014). Türkiye'nin ilk sanal herbaryumu IZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharmaceutical Journal, 18(2), 79-84. google scholar
• Seregin, A. P. (2016). Making the Russian flora visible: fast digitisation of the Moscow University Herbarium (MW) in 2015. Taxon, 65(1), 205-207. google scholar
• Şimşek, İ., Erol, O., Şişman, B., & Erol, Ç. (2008). Towards A Virtual Herbarium: ISTF (İstanbul University, Science Faculty Herbarium). In: Gülseçen, Sevinç & Ayvaz Reis, Zerrin (Eds.) Proceedings of the 2nd International Conference on Innovations in Learning for the Future 2008: e-Learning. İstanbul 2008. google scholar
• Tamisiea, J. (2022, December 20). 2022 in Review: The National Herbarium Goes Digital. Smithsonian Magazine Smithsonian Voices, Smithsonian Institution Museum of Natural History. Retrieved from: https://www. google scholar
• smithsonianmag.com/blogs/national-museum-of-natural-history/2022/12/20/2022-in-review-the- national-herbarium-goes-digital/ google scholar
• Thiers, B. (2017). Index Herbariorum: A global directory of public herbaria and associated staff. New York Botanical Garden's Virtual Herbarium. http://sweetgum.nybg.org/ih Yılmaz, R., Nesibe, K. Ö. S. E., Akkemik, Ü.,
• Yılmaz, O. Y., Karlıoğlu, N., Yılmaz, H., Güner, H. T., Ertuğrul, G., & Dalfes, H. N. (2012). ISTO Sanal Herbaryumu'nun Oluşturulması. 21. Ulusal Biyoloji Kongresi. google scholar