The digitization of herbaria and other scientific collections has been championed by many researchers, especially taxonomists, who are acutely aware of their importance for the future. Both technological developments and the progression of globalization have accelerated digitization efforts worldwide in recent years. The digitization of the Istanbul University Faculty of Science Herbarium (ISTF) is one example of such a project, which has spanned many years, through various challenges, constantly changing conditions, and technological advancements. This article aims to briefly document the history of efforts made to this end, from the very first spark of an idea to the eventual procurement of institutional support and the start of digitization in October 2022. As of February 2023, data entries for 25,584 specimens (53% of the collection), 3,442 (8% of the collection) of which include high-quality photos, can be accessed through the ISTF virtual herbarium website. We also aim to outline the methods used at ISTF, which we hope will serve as a reference for virtual herbaria yet to be established. We discuss the place of undergraduate and graduate students in digitization alongside best practices to manage these volunteer students so that they may effectively contribute to herbarium work for the long-term benefit of themselves and the collections.
Scientific Research Projects Unit (BAP) of Istanbul University
Project Number
FBG-2022-38955
Thanks
The authors would like to extend special thanks to Dr. Burçin Çıngay for sharing his invaluable experience in herbarium digitization at Nezahat Gökyiğit Botanical Garden and Cengiz Kaan Sakkaf and the Argenit employees for their technical support. We would also like to thank the students, both current and past, who have volunteered their time at ISTF and the visiting researchers whose dedicated time and efforts updating the identifications and taxonomy of these collections will benefit researchers both here and abroad for generations to come.
References
Budak, İ., Güzel, N., & Serim, A. T. (2021). Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü Herbaryumu ve Veritabanı. Turkish Journal of Weed Science, 24(2), 57-63. google scholar
Çiftçi, A. (2012). Türkiye'deki Sinirotu (Plantago L.) Taksonlarının Çiçek Durumu Ve Tohumları Üzerinde
Mikromorfolojik Çalışmalar (Yüksek Lisans Tezi). Accessed through YÖK National Thesis Center. google
scholar
Davis, C. C., Kennedy, J. A., & Grassa, C. J. (2021). Back to the future: A refined single-user photo station for
massively scaling herbarium digitization. Taxon, 70(3), 635-643. google scholar
Demiriz, H. (1969). Türkiye'deki herbaryumların durumuna toplu bakış. Türk Biologi Dergisi, 19-45. google
scholar
Demirkuş, N., Yenilmez, A., Pınar, S. M., & İşler, S. (2021). Vanf Herbaryumunda Bulunan Bitki Örneklerinin Dijital
Ortama Aktarılması Öncesinde Yapılan İşlemler. Ejons International Journal, 5(20), 824-828. google scholar
Forman, L. & Bridson, D., 1998, The Herbarium Handbook, Lubrecht & Cramer Ltd., England, 1900347431
google scholar
Güner, A., Kandemir, A., Menemen, Y., Yıldırım, H., Aslan, S., Ekşı, G., Güner, I., Çimen, A. Ö., & Şen Gökmen, F.
(Ed.). (2104-) Resimli Türkiye Florası, İstanbul: ANG Vakfı Yayınları google scholar
Heberling, J. M., Prather, L. A., & Tonsor, S. J. (2019). The changing uses of herbarium data in an era of global
change: An overview using automated content analysis. BioScience, 69(10), 812-822. google scholar
Öztürk, B., & Ege, M. (2014). Türkiye'nin ilk sanal herbaryumu IZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç
hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharmaceutical Journal, 18(2), 79-84. google
scholar
Seregin, A. P. (2016). Making the Russian flora visible: fast digitisation of the Moscow University Herbarium
(MW) in 2015. Taxon, 65(1), 205-207. google scholar
Şimşek, İ., Erol, O., Şişman, B., & Erol, Ç. (2008). Towards A Virtual Herbarium: ISTF (İstanbul University, Science
Faculty Herbarium). In: Gülseçen, Sevinç & Ayvaz Reis, Zerrin (Eds.) Proceedings of the 2nd International
Conference on Innovations in Learning for the Future 2008: e-Learning. İstanbul 2008. google scholar
Tamisiea, J. (2022, December 20). 2022 in Review: The National Herbarium Goes Digital. Smithsonian
Magazine Smithsonian Voices, Smithsonian Institution Museum of Natural History. Retrieved from:
https://www. google scholar
smithsonianmag.com/blogs/national-museum-of-natural-history/2022/12/20/2022-in-review-the-
national-herbarium-goes-digital/ google scholar
Thiers, B. (2017). Index Herbariorum: A global directory of public herbaria and associated staff. New York
Botanical Garden's Virtual Herbarium. http://sweetgum.nybg.org/ih Yılmaz, R., Nesibe, K. Ö. S. E., Akkemik, Ü.,
Yılmaz, O. Y., Karlıoğlu, N., Yılmaz, H., Güner, H. T., Ertuğrul, G., & Dalfes, H. N. (2012). ISTO Sanal
Herbaryumu'nun Oluşturulması. 21. Ulusal Biyoloji Kongresi. google scholar
Eski Koleksiyonlara Yeni Yollar Açmak: ISTF Herbaryumunun Dijitalleşmesinin İlk Çıktıları
Herbaryumlar ve diğer bilimsel koleksiyonların dijitalleşmesinin önemi, başta taksonomistler olmak üzere çok sayıda bilim insanının uzun zamandır farkında olduğu bir konudur. Son yıllarda hem teknolojik gelişmeler hem de küreselleşme, dijitalizasyona dünya çapında hız kazandırmıştır. İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Herbaryumunun (ISTF) dijitalleşme süreci, çeşitli zorluklardan, değişen koşullardan ve teknolojik ilerlemelerden geçen, uzun yıllara yayılmış bir çabanın ürünüdür. Makalede bu çabanın ilk hayal edilen fikirden, nihayet kurumsal destek sağlanmasına ve dijitalleşme sürecinin başlangıncına kadar kısa bir tarihini anlatmak amaçlanmıştır. Ekim 2022’den Şubat 2023’e kadar toplam 25,584 örneğin (koleksiyonun %53’ü) veri girişi yapılmış ve bu örneklerden 3,442’si (koleksiyonun %8’i) fotoğraflanmış olarak ISTF sanal herbaryum web sitesinden erişilebilir. Ayrıca, ISTF herbaryumunun sayısallaşması konusunda hangi yolun izlendiğini anlatmak ve daha sonra kurulacak diğer sanal herbaryumlar için bir referans olmak amaçlanmıştır. Lisans ve lisansüstü öğrencilerin sayısallaşmadaki yeri tartışılırken, öğrenciler ve herbaryum için faydalı olacak şekilde, hangi şartlarda çalışmada yer almalarının ve nasıl yönetilmelerinin sağlıklı olduğuna da değinilmiştir.
Budak, İ., Güzel, N., & Serim, A. T. (2021). Zirai Mücadele Merkez Araştırma Enstitüsü Herbaryumu ve Veritabanı. Turkish Journal of Weed Science, 24(2), 57-63. google scholar
Çiftçi, A. (2012). Türkiye'deki Sinirotu (Plantago L.) Taksonlarının Çiçek Durumu Ve Tohumları Üzerinde
Mikromorfolojik Çalışmalar (Yüksek Lisans Tezi). Accessed through YÖK National Thesis Center. google
scholar
Davis, C. C., Kennedy, J. A., & Grassa, C. J. (2021). Back to the future: A refined single-user photo station for
massively scaling herbarium digitization. Taxon, 70(3), 635-643. google scholar
Demiriz, H. (1969). Türkiye'deki herbaryumların durumuna toplu bakış. Türk Biologi Dergisi, 19-45. google
scholar
Demirkuş, N., Yenilmez, A., Pınar, S. M., & İşler, S. (2021). Vanf Herbaryumunda Bulunan Bitki Örneklerinin Dijital
Ortama Aktarılması Öncesinde Yapılan İşlemler. Ejons International Journal, 5(20), 824-828. google scholar
Forman, L. & Bridson, D., 1998, The Herbarium Handbook, Lubrecht & Cramer Ltd., England, 1900347431
google scholar
Güner, A., Kandemir, A., Menemen, Y., Yıldırım, H., Aslan, S., Ekşı, G., Güner, I., Çimen, A. Ö., & Şen Gökmen, F.
(Ed.). (2104-) Resimli Türkiye Florası, İstanbul: ANG Vakfı Yayınları google scholar
Heberling, J. M., Prather, L. A., & Tonsor, S. J. (2019). The changing uses of herbarium data in an era of global
change: An overview using automated content analysis. BioScience, 69(10), 812-822. google scholar
Öztürk, B., & Ege, M. (2014). Türkiye'nin ilk sanal herbaryumu IZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç
hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharmaceutical Journal, 18(2), 79-84. google
scholar
Seregin, A. P. (2016). Making the Russian flora visible: fast digitisation of the Moscow University Herbarium
(MW) in 2015. Taxon, 65(1), 205-207. google scholar
Şimşek, İ., Erol, O., Şişman, B., & Erol, Ç. (2008). Towards A Virtual Herbarium: ISTF (İstanbul University, Science
Faculty Herbarium). In: Gülseçen, Sevinç & Ayvaz Reis, Zerrin (Eds.) Proceedings of the 2nd International
Conference on Innovations in Learning for the Future 2008: e-Learning. İstanbul 2008. google scholar
Tamisiea, J. (2022, December 20). 2022 in Review: The National Herbarium Goes Digital. Smithsonian
Magazine Smithsonian Voices, Smithsonian Institution Museum of Natural History. Retrieved from:
https://www. google scholar
smithsonianmag.com/blogs/national-museum-of-natural-history/2022/12/20/2022-in-review-the-
national-herbarium-goes-digital/ google scholar
Thiers, B. (2017). Index Herbariorum: A global directory of public herbaria and associated staff. New York
Botanical Garden's Virtual Herbarium. http://sweetgum.nybg.org/ih Yılmaz, R., Nesibe, K. Ö. S. E., Akkemik, Ü.,
Yılmaz, O. Y., Karlıoğlu, N., Yılmaz, H., Güner, H. T., Ertuğrul, G., & Dalfes, H. N. (2012). ISTO Sanal
Herbaryumu'nun Oluşturulması. 21. Ulusal Biyoloji Kongresi. google scholar
Çiftçi, A., Mollman, R., Kaleli, B. S., Çapar, A., et al. (2023). Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project. Herbarium Turcicum(3), 26-33. https://doi.org/10.26650/HT.2023.1246170
AMA
Çiftçi A, Mollman R, Kaleli BS, Çapar A, Erol O. Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project. Herbarium Turcicum. June 2023;(3):26-33. doi:10.26650/HT.2023.1246170
Chicago
Çiftçi, Almila, Rachel Mollman, Bilge Saadet Kaleli, Abdulkerim Çapar, and Osman Erol. “Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project”. Herbarium Turcicum, no. 3 (June 2023): 26-33. https://doi.org/10.26650/HT.2023.1246170.
EndNote
Çiftçi A, Mollman R, Kaleli BS, Çapar A, Erol O (June 1, 2023) Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project. Herbarium Turcicum 3 26–33.
IEEE
A. Çiftçi, R. Mollman, B. S. Kaleli, A. Çapar, and O. Erol, “Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project”, Herbarium Turcicum, no. 3, pp. 26–33, June 2023, doi: 10.26650/HT.2023.1246170.
ISNAD
Çiftçi, Almila et al. “Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project”. Herbarium Turcicum 3 (June 2023), 26-33. https://doi.org/10.26650/HT.2023.1246170.
JAMA
Çiftçi A, Mollman R, Kaleli BS, Çapar A, Erol O. Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project. Herbarium Turcicum. 2023;:26–33.
MLA
Çiftçi, Almila et al. “Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project”. Herbarium Turcicum, no. 3, 2023, pp. 26-33, doi:10.26650/HT.2023.1246170.
Vancouver
Çiftçi A, Mollman R, Kaleli BS, Çapar A, Erol O. Teaching Old Collections New Tricks: Initial Findings of the ISTF Herbarium Digitization Project. Herbarium Turcicum. 2023(3):26-33.