Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi

İsmail Aksu; Yusuf Bektaş

doi:10.35229/jaes.627821

EN

Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi

Abstract

Mercan balıkları en değerli balık türleri arasında olup tropik ve sıcak kıyısal sularda geniş dağılım gösteren 33 genusa ait yaklaşık 141 türden oluşmaktadır. Sparidae içindeki genus ve alt familya ilişkilerini izah edebilmek için Türkiye kıyı suları için tanımlanan 22 mercan türünün dört mitokondri DNA bölgesi (16S rDNA, COI, Cyt b genleri ve kontrol bölgesi)’nin 3562 bç’lik bölgesi analiz edilmiştir. Dört farklı metot (NJ, MP, ML ve BI) kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaçlar parafiletik alt familyalara sahip Sparidae familyasının monofilisini göstermiştir. Genetik verilere dayalı olarak Türkiye kıyısal sularındaki sparid türleri, daha önceki taksonomik hipotezlerin aksine iki ana haplogruba ayrılmıştır. Elde edilen filogenetik ağaçlar Sparidae familyası içindeki alt familyaların varlığını desteklememektedir. Bu nedenle morfometrik tekniklerle belirlenen alt familya düzeyinde yapılanmayı destekleyecek ve bu gruplar içinde tutarlı olacak birleştirici karakterler araştırılmalıdır. Sparidae familyası içindeki genuslar arasındaki filogeni yeniden oluşturulmalıdır.

Keywords

Sparidae,mtDNA,filogeni,Türkiye kıyısal suları

References

Akazaki, M. (1962). Studies on the perciform fishes anatomy, phylogeny, ecology, and taxonomy. Osaka Japan, 8 Kosugi Co. Ltd., 368 s.
Armani, A., Guardone, L., Castigliego, L., D'Amico, P., Messina, A., Malandra, R., Gianfaldoni, D. & Guidi, A. (2015). DNA and Mini-DNA barcoding for the identification of Porgies species (family Sparidae) of commercial interest on the international market. Food Control, 50, 589-596.
Bauchot, M.L. & Hureau, J.C. (1986). Sparidae. 883-907 s. P.J.P. Whitehead, M.L. Bauchot, J.C. Hureau, J. Nielsen and E. Tortonese (ed), Fishes of the North-eastern Atlantic and the Mediterranean, UNESCO, ISBN: 9230022152, 1473 s.
Cawthorn, D.M., Steinman, H.A. & Witthuhn, R.C. (2012). Evaluation of the 16S and 12S rRNA genes as universal markers for the identification of commercial fish species in South Africa. Gene, 491, 40-48. DOI: 10.1016/j.gene.2011.09.009.
Chiba, S.N., Iwatsuki, Y., Yoshino, T. & Hanzawa, N. (2009). Comprehensive phylogeny of the family Sparidae (Perciformes: Teleostei) inferred from mitochondrial gene analyses. Genes and Genetic Systems, 84 (2), 153-170. DOI: 10.1266/ggs.84.153.
Day, J.J. (2002). Phylogenetic relationships of the Sparidae (Teleostei: Percoidei) and implications for convergent trophic evolution. Biological Journal of the Linnean Society, 76, 269–301.
De La Herran, R., Ruiz Rejon, C., Ruiz Rejon, M. & Garrido-Ramos, M. (2001). The Molecular Phylogeny of the Sparidae (Pisces, Perciformes) based on two satellite dna families. Heredity, 87 (6), 691–697. DOI: 10.1046/j.1365-2540.2001.00967.x.
Duftner, N., Sefc, K.M., Koblmuller, S., Salzburger, W. & Taborsky, M. (2007). Parallel evolotion of facial stripe patterns in the Neolamprologus brichardilpulcher species complex endemic to Lake Tanganyika. Molecular Phylogenetics and Evolution, 45, 706-715.
Fiedler, K. (1991). Familie Sparidae. In: Starck D (ed) Lehrbuch der Speziellen Zoologie. Teil 2: Fische. Gustav Fischer Verlag, Jena, 354–355.
Golani, D., Öztürk, B., Başusta, N. ve Darom, D. (2006). Sparidae. 160-167 s. D. Golani (ed), Fishes of the Eastern Mediterranean, Graphis matbaa., ISBN: 9789758825127, 260 s.

Hall, T.A. (1999). Bioedit: a user-friendly biological sequence alignment editör and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium, 41, 95-98.
Hanel, R. & Sturmbauer, C. (2000). Multiple Recurrent Evolution of Trophic Types in Northeastern Atlantic and Mediterranean Seabreams (Sparidae, Percoidei). Journal of Molecular Evolution, 50, 276-283. DOI: 10.1007/s002399910032.
Huelsenbeck, J.P. & Ronquist, F., (2001). MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics Applications Note, 19(12), 1572–1574. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg180
Iwatsuki, Y., Newman, S.J. & Russell, B.C. (2015). Dentex carpenteri, a new species of deepwater seabream from Western Australia (Pisces: Sparidae). Zootaxa, 3957(1), 109-119 Doi: 10.11646/zootaxa.3957.1.9
Kalendar, R., Lee, D. & Schulman, A.H., (2009). FastPCR Software for PCR Primer and Probe Design and Repeat Search. Genes, Genomes and Genomics, 3(1), 1-14.
Librado, P. & Rozas, J., (2009). DnaSP v5. A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics, 25, 1451-1452. https://doi.org/10.1093/bioinforma tics/btp187.
Nelson, J.S., (2006). Perciformes. 339-440 s. J.S. Nelson (ed), Fishes of the World, John Wiley and Sons Inc., ISBN: 978-0-471-25031-9, 539 s.
Orrell, T.M. & Carpenter, K.E., (2004). A phylogeny of the fish family Sparidae (porgies) inferred from mitochondrial sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 32, 425-434. DOI: 10.1016/j.ympev.2004.01.012.
Orrell, T.M., Carpenter, K.E., Musick, J.A. & Graves, J.E., (2002). A phylogenetic and biogeographic analysis of the Sparidae (Perciformes: Percoidei) based on cytochrome b sequences. Copeia, 3, 618-631. DOI: 10.1643/00458511(2002)-002[0618.
Ostellari, L., Bargelloni, L., Penzo, E., Patarnello, P. & Patarnello, T., (1996). Optimization of single-strand conformation polymorphism and sequence analysis of the mitochondrial control region in Pagellus bogaraveo (Sparidae, Teleostei): rationalized tools in Wsh population biology. Animal Genetics, 27, 423–427.
Posada, D., (2008)., jModelTest: Phylogenetic Model Averaging. Molecular Biology and Evolution, 25(7), 1253-1256.
Smith, J.L.B. & Smith, M.M., (1986). Family No. 183: Sparidae. 580-594 s. M.M. Smith and P.C. Heemstra (Ed), Smith’s Sea Fishes, Springer, 1050 s.
Smith, J.L.B., (1938). The South African fishes of the families Sparidae and Denticidae. Transactions of the Royal Society of South Africa, 26, 225–305.
Summerer, M., Hanel, R. & Sturmbauer, C., (2001). Mitochondrial phylogeny and biogeographic affinities of sea bream of the genus Diplodus (Sparidae). Journal of Fish Biology, 59, 1639-1652. DOI: 10.1080/17451000.2010.499438.
Swofford, D.L., (2003). PAUP. Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M. & Kumar, S., (2007). MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24, 1596–1599. DOI: 10.1093/molbev/msm092.
Viret, A., Tsaparis D., Tsigenopoulos, C.S., Berrebi, P., Sabatini, A., Arculeo, M., Fassatoui, C., Magoulas, A., Marengo, M., Morales-Nin, B., Caill-Milly, N. & Durieux, E.D.H., (2018). Absence of spatial genetic structure in common Dentex (Dentex dentex Linnaeus, 1758) in the Mediterranean Sea as evidenced by nuclear and mitochondrial molecular markers. PLoS ONE, 13 (9), 1-21. https://doi.org/10.1371/journal. pone.0203866
Westneat, M.W., Alfaro, M.E., Wainwright, P.C., Bellwood, D.R., Grubich, J.R., Fessler, J.R., Clements, K.D. & Smith, L.L., (2005). Local phylogenetic divergence and global evolutionary convergence of skull function in reef fishes of the family Labridae. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 272, 993-1000.
Bektaş, Y., Aksu, İ. & Kalaycı, G. (2016). Türkiye'deki İsparoz (Diplodus annularis Linnaeus, 1758) Populasyonlarının mtDNA Cyt b Genine Dayalı Genetik Analizi. Journal of Anatolian Environmental & Animal Sciences, 1(2), 37-43.

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

Research Article

Authors

İsmail Aksu ^*
0000-0002-2104-9888
Türkiye

Yusuf Bektaş
0000-0002-8367-9746
Türkiye

Publication Date

December 30, 2019

Submission Date

October 1, 2019

Acceptance Date

December 9, 2019

Published in Issue

Year 2019 Volume: 4 Number: 3

DOI

https://doi.org/10.35229/jaes.627821

IZ

https://izlik.org/JA38WK22UJ

APA

Aksu, İ., & Bektaş, Y. (2019). Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences, 4(3), 491-499. https://doi.org/10.35229/jaes.627821

AMA

1.Aksu İ, Bektaş Y. Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi. JAES. 2019;4(3):491-499. doi:10.35229/jaes.627821

Chicago

Aksu, İsmail, and Yusuf Bektaş. 2019. “Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi”. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences 4 (3): 491-99. https://doi.org/10.35229/jaes.627821.

EndNote

Aksu İ, Bektaş Y (December 1, 2019) Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences 4 3 491–499.

IEEE

[1]İ. Aksu and Y. Bektaş, “Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi”, JAES, vol. 4, no. 3, pp. 491–499, Dec. 2019, doi: 10.35229/jaes.627821.

ISNAD

Aksu, İsmail - Bektaş, Yusuf. “Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi”. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences 4/3 (December 1, 2019): 491-499. https://doi.org/10.35229/jaes.627821.

JAMA

1.Aksu İ, Bektaş Y. Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi. JAES. 2019;4:491–499.

MLA

Aksu, İsmail, and Yusuf Bektaş. “Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi”. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences, vol. 4, no. 3, Dec. 2019, pp. 491-9, doi:10.35229/jaes.627821.

Vancouver

1.İsmail Aksu, Yusuf Bektaş. Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi. JAES. 2019 Dec. 1;4(3):491-9. doi:10.35229/jaes.627821

EBSCOHost Scilit CABI

JAES/AAS-Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences/Anatolian Academic Sciences&Anadolu Çevre ve Hayvancılık Dergisi/Anadolu Akademik Bilimler-AÇEH/AAS

Türkiye Kıyısal Sularındaki Sparidae Familyasının Mitokondri DNA Dizilerine Dayalı Çoklu Lokus Filogenisi

Abstract

Keywords

Abstract

References

Details

Primary Language

Subjects

Journal Section

Authors

Publication Date

Submission Date

Acceptance Date

Published in Issue

DOI

IZ

Cite