Yüksek performanslı hesaplama sistemlerinin kullanımının artmasıyla, bu sistemlerde çalıştırılan programların performans optimizasyonu öncelikli hale gelmiştir. Bu duruma istinaden, bu çalışmamızda, yaygın olarak kullanılan moleküler dinamik paketi GROMACS’in, TÜBİTAK ULAKBİM tarafından kullanıma sunulan TRUBA hesaplama kümelerindeki en iyi performans kriterlerini bulmayı hedefledik. Performans tarama çalışmamız sırasında, farklı hesaplama kümelerinde, farklı CPU/GPU çekirdek oranı ve GROMACS versiyonlarını denedik. Bu süreç sonunda en iyi performanslı hesaplama kümesi akya-cuda, en iyi CPU/GPU çekirdek sayı oranı 40/1 ve en hızlı GROMACS versiyonu GROMACS 2020 olarak tespit edilmiştir. Benzer bir çalışma yürütecek araştırmacıların yararlanması adına, performans optimizasyon dosyalarımız ve ayrıntılı sonuçlarımız https://github.com/CSB-KaracaLab/gmx_performance_on_HPC adresinde incelemeye açılmıştır.
TÜBİTAK
119Z828
Bu araştırma TÜBİTAK tarafından 1002 destek programı kapsamında 119Z828 numaralı proje ile desteklenmektedir. Yaptığı çalışmaların sonucu ile bu projenin ortaya çıkmasına yardımcı olan Deniz Doğan’a, desteklerinden dolayı TÜBİTAK’a teşekkür ederiz. Ayrıca bu çalışmadaki hesaplamaların TRUBA kaynaklarında yapılmasına olanak sağlayan TÜBİTAK ULAKBİM’e teşekkür ederiz.
119Z828
Primary Language | Turkish |
---|---|
Subjects | Engineering |
Journal Section | Research Articles |
Authors | |
Project Number | 119Z828 |
Publication Date | December 30, 2021 |
Published in Issue | Year 2021 Volume: 33 Issue: 4 |