Abstract
vAmaç: Bu çalışma, ülseratif kolit (ÜK) ile ilişkili DEG'leri ve yolları araştırmak için entegre biyoinformatik kullanır.
Gereç ve Yöntem: DEG'ler, GSE13367 ve GSE134025 veri kümelerini kullanarak ÜK hastalarının kolonik mukozal örneklerinden ve kontrollerden belirlendi. DEG seçimi için GEO2R ve Venn diyagramları kullanıldı, ardından fonksiyonel anotasyon ve yol analizi yapıldı. Protein-protein etkileşimleri (PPI'ler) STRING veritabanı kullanılarak belirlendi ve Metascape, Gen Ontolojisi (GO) ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) zenginleştirme analizi için kullanıldı.
Sonuç ve Tartışma: Analiz, 197 DEG ortaya koydu, bunların 76'sı yukarı regüle edilmiş ve 121'i aşağı regüle edilmiş genlerdi. Yukarı regüle edilmiş genler, humoral immün yanıt, peptidoglikan bağlanma ve NADPH oksidaz kompleksi gibi süreçlerde zenginleşmişti. Aşağı regüle edilmiş genler, inorganik anyon taşıma, alıcı-gated iyon kanal aktivitesi ve integral plazma membran bileşenleri ile ilişkilendirildi. PPI ağındaki yukarı regüle edilmiş DEG'ler, 75 düğüm ve 190 kenarla yoğun bir ağ oluşturdu, önemli etkileşimleri gösterirken, aşağı regüle edilmiş DEG'ler, 114 düğüm ve 63 kenarla daha az yoğun bir ağ oluşturdu. 197 DEG arasında beş merkezi gen (CXCR4, CXCL13, CXCL1, MMP3) tanımlandı. Bu bulgular, ÜK'nin nedenleri hakkında yeni içgörüler sunmakta ve daha etkili tedavi yaklaşımları için umut vaat etmektedir.