Bazı retinoidal bileşiklerin RXRα proteinine Doking çalışmaları

Year 2009, , 155 - 166, 01.09.2009

A.Selen Gurkan-alp Erdem Buyukbıngol

https://doi.org/10.1501/Eczfak_0000000524

Cited By: 1

Abstract

Retinoid türevleri ve RXR-alfa (RXRα) reseptör proteini arasındaki etkileşimleri incelemek için AutoDock Tools - 1.5.4 kullanılarak, önceki çalışmada sentezi gerçekleştirilen retinoid analoglarının doking çalışmaları yapılmıştır. RXRα reseptör proteini, Protein Veri Bankasından *.pdb formatında (3FUG) alınmıştır. Bileşiklerin farklı konformasyonlardaki etkileşiminin bağlanma enerjileri elde edilmiş ve her bir bileşiği temsilen en iyi uyumu veren konformasyon seçilmiştir. Bileşik 17, RXRα proteinine en güçlü bağlanan bileşik (∆G = -10.90 kcal/mol) olarak ortaya çıkmaktadır

Keywords

AutoDock Tools, Doking, Retinoid, RXR-α

DOCKING STUDIES OF SOME RETINOIDAL COMPOUNDS TO RXRα PROTEIN

Abstract

Docking studies of the previously synthesized retinoid analogues were performed using the AutoDock Tools - 1.5.4 in order to study the interactions between the retinoid compounds and RXR-alpha (RXRα) receptor protein. The RXRα receptor protein was taken from the Protein Databank in *.pdb format (3FUG). The binding energies of the interaction in different conformations were obtained and the best conformation fit was chosen for the representation of the each compound. Compound 17 appears as the most strongly linked molecule (∆G = -10.90 kcal/mol) to the RXRα receptor protein

Keywords

AutoDock Tools, Docking, Retinoid, RXR-α.