METİSİLİNE DİRENÇLİ STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUŞLARININ ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARI VE PULSED FIELD JEL ELEKTROFOREZ YÖNTEMİ İLE TİPLENDİRİLMELERİ

Year 2018, Volume: 42 Issue: 2, 1 - 14, 31.05.2018

Sıtkı Doğa Elçi

Abstract

Amaç: Bu çalışma, Ekim 2003-Mart 2004 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Erişkin ve Onkoloji Hastaneleri’nde yatan hastalardan izole edilen Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşlarının, fenotipik bir yöntem olan antibiyotik duyarlılık testi ve genotipik bir yöntem olan Pulsed Field Jel Elektroforezi (PFGE) ile tiplendirilmeleri amacıyla gerçekleştirildi.

Gereç ve Yöntem: Çalışmada kullanılan izolatların antibiyotik duyarlılıkları MIK yöntemi ile saptandı. Söz konusu bakteriler, genomları SmaI restriksiyon endonükleaz ile kesildikten sonra PFGE ile karakterize edildi.

Sonuç ve Tartışma: İki tanesi (Ant1 ve Ant2) yaygın olmak üzere toplam 9 antibiyotip belirlendi. PFGE kullanılarak yapılan çalışma sonucunda bir baskın tip (Tip A) belirlendi. Bu baskın tipin dışında daha az örnekle temsil edilen üç tip (Tip B, C, D) tespit edildi. Tip A’nın 8, tip B’nin 2 ve tip C’nin 5 tane alt tipi belirlenmiştir. Çalışma tarihleri arasında MRSA’ya bağlı bir epidemi oluşmadığı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, tiplendirme çalışmalarında PFGE tekniğinin, antibiyotik seyirlerinin karşılaştırılmasıyla yapılan fenotipik tiplendirme yönteminden daha hassas olduğunu göstermektedir.

Keywords

antibiyotik duyarlılığı, genotiplendirme, hastane enfeksiyonları, metisiline dirençli Staphylococcus aureus, pulsed field jel elektroforezi

TYPING OF METHICILLIN RESISTANT STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAINS BY ANTIBIOTIC SUSCEPTIBILITIES AND PULSED FIELD GEL ELECTROPHORESIS METHOD

Abstract

Objective: This study was carried out for typing of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains, isolated from patients hospitalized at Hacettepe University Adult and Oncology Hospitals between October 2003-March 2004, by using the phenotypic method of antibiotic susceptibility testing and the genotypic method of Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE).

Matherial and Method: Antibiotic susceptibilities of isolates used in the study were determined by MIC method. The bacteria were characterized by PFGE after their genomes were fragmented by using SmaI restriction endonuclease.

Result and Discussion: Nine antibiotypes were identified, two of which were common (Ant1 and Ant2). A dominant type (Type A) was identified as the result of the PFGE analysis. Three other types (Type B, C, D) were presented with fewer examples than this predominant type. Type A has 8, type B has 2, and type C has 5 subtypes. It has been determined that no MRSA epidemic has occurred in the particular study period. The results obtained indicate that the PFGE technique in typing studies is more sensitive than the phenotypic typing method of comparing antibiotic susceptibility patterns.

Keywords

antibiotic susceptibility, genotyping, hospital acquired infections, methicillin resistant Staphylococcus aureus, pulsed field gel electrophoresis

References

• Haznedaroğlu, T. (2013). MRSA Korunma Ve Kontrol. http://docplayer.biz.tr/7038727-Metisilin-direncli-s-aureus-mrsa-korunma-ve-kontrol.html
• Dilek, N. (2005). Enfeksiyon kapan hastanelere neşter. Aksiyon Haftalık Haber Dergisi. 10 (570): 1-5. Retrived November 13, 2005, from http//www.aksiyon.com.tr/detay.php?id=22379
• Durmaz, R. (2001). Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, Nobel Tıp Kitabevleri Ltd. Sti., İstanbul, p.142.
• Ranjbar, R., Karami, A., Farshad, S., Giammanco, G.M., Mammina, C. (2014). Typing methods used in the molecular epidemiology of microbial pathogens: a how-to guide. The New Microbiologica, 37(1), 1–15.
• Montesinos, I., Salido, E., Delgado, T., Cuervo, M., Sierra, A. (2002). Epidemiologic genotyping of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by pulsed-field gel electrophoresis at a university hospital and comparison with antibiotyping and protein a and coagulase gen polymorphisms. Journal of Clinical Microbiology, 40, 2119-2125.
• Blanc, D.S., Petignat, C., Moreillon, P., Wenger, A., Billie, J., Francioli, P. (1996). Quantitative antibiogram as a typing method for the prospective epidemiological surveillance and control of MRSA: comparison with molecular typing. Infection Control and Hospital Epidemiology, 17, 654-659.
• Durmaz, R. (2001). Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, Nobel Tıp Kitabevleri Ltd. Sti., İstanbul, p.143.
• Şardan, Y.Ç. (2003). Hastanelerde salgın incelemesi. Hastane İnfeksiyonları Dergisi,7, 100-106.
• Bilgehan, H. (1990). Klinik Mikrobiyoloji. Özel Bakteriyoloji ve Bakteri Enfeksiyonları, Barış Yayınları, İzmir, p.184-204.
• Collins, C.H., Lyne, P.M. Grange, J.M. (2001). Collin’s and Lyne’s Microbiological Methods, Oxford University Press Inc., Newyork, p.110-111.
• National Committee for Clinical Laboratory Standards. (2003). Approved Standard M7-A6. Methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically, 6th ed. NCCLS, Wayne, Pa.
• Lencastre, H., Couto, I., Santos, I., Melo-Cristino, J., Torres-Pereira, A., Tomasz, A. (1994). Methicillin-resistant Staphylococcus aureus disease in a Portuguese Hospital. Characterization of clonal types by a combination of DNA typing methods. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 13, 64–73.
• Durmaz, R. (2001). Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, Nobel Tıp Kitabevleri Ltd. Sti., İstanbul, p.161.
• Birren, B., Lai, E. (1993). Pused Field Gel Electrophoresis, Academic Press Inc, California, p.90.
• Wang, J.T., Chen, Y.C., Yang, T.L., Chang, S.C. (2002). Molecular epidemiology and antimicrobial susceptibility of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Taiwan. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 42, 199-203.
• Garner, J.S., Jarvis, W.R., Emori, T.G., Horan, T.C., Hughes, J.M. (1988). CDC Definitions for nosocomial infections, American Journal of Infection Control, 16(3), 128-140.
• Aygün, G. (2009). Ülkemizde Hastane İnfeksiyonlarının Değerlendirilmesi: Güncel Durum, 14. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi, 25-29 Mart, Antalya, Türkiye, 2009.
• Filetoth, Z. (2003). Hospital-acquired Infection Causes and Control, Whurr Publishers Ltd., London, p.92
• Durmaz, R. (2001). Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, Nobel Tıp Kitabevleri Ltd. Sti., İstanbul, p.164.
• Atmaca, Ö., Köşker, P.Z., Karahan, C., Çakir, B., Ünal, S. (2014). Erişkin ve Onkoloji Hastanelerinde Yatan Hastalarda Saptanan Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus Bakteriyemilerinde Risk Faktörleri (2004-2011), Antibiyotik Kullanımı ve İzolatların Antimikrobiyal Duyarlılıkları : Yuvalandırılmış Olgu-Kontrol Çalışması. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(4), 523–537.
• Zarakolu, P., Metan, G., Karahan, Z.C., Tekeli, A., Ünal, S. (2016). Bacterial factors influencing the mortality for methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) bacteremia. Infectious Diseases, 48(8), 649–650.
• Faria, N.A., Oliveira, D. C., Westh, H., Monnet, D. L., Larsen, A. R., Skov, R., De Lencastre, H. (2005). Epidemiology of emerging methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in Denmark: a nationwide study in a country with low prevalence of MRSA infection. Journal of Clinical Microbiology, 43, 1836–1842.
• Ho, P.L., Cheung, C., Mak, G.C., Tse, C.W., Ng, T.K., Cheung, C.H., Que, T.L., Lam, R., Lai, R.W., Yung, R.W., Yuen, K.Y. (2007). Molecular epidemiology and household transmission of community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Hong Kong. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 57, 145–151.
• Kuehnert, M.J., Kruszon-Moran, D., Hill, H.A., McQuillan, G., McAllister, S.K., Fosheim, G., McDougal, L.K., Chaitram, J., Jensen, B., Fridkin, S.K., Killgore, G., Tenover, F.C. (2006). Prevalence of Staphylococcus aureus nasal colonization in the United States, 2001–2002. The Journal of Infectious Diseases, 193, 172–179.
• Tiemersma, E.W., Bronzwaer, S.L., Lyytikainen, O., Degener, J.E., Schrijnemakers, P., Bruinsma, N., Monen, J., Witte, W., Grundman, H. (2004). Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Europe, 1999–2002. Emerging Infectious Diseases, 10, 1627–1634.
• Çetinkaya, Y., Ünal, S. (1996). Metisilin dirençli S. aureus infeksiyonları epidemiyoloji ve kontrol. Flora, 1, 1-16.
• Goering, R.V. (2010). Pulsed field gel electrophoresis: a review of application and interpretation in the molecular epidemiology of infectious disease. Infection Genetics and Evolution, 10, 866-875.
• Faria, N.A., Carrico, J.A., Oliveira, D.C., Ramirez, M., De Lencastre, H. (2008). Analysis of typing methods for epidemiological surveillance of both methicillin-resistant and methicillin-susceptible Staphylococcus aureus strains. Journal of Clinical Microbiology, 46(1), 136–144.
• Durmaz, R. (2001). Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji, Nobel Tıp Kitabevleri Ltd. Sti., İstanbul, p.144-145.
• Hunter, P.R., ve Gaston, M.A. (1988). Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. Journal of Clinical Microbiology, 26, 2465–2466.
• Simpson, E.H. (1949). Measurement of species diversity. Nature, 163, 688.
• Grundmann, H., Hori, S., Tanner, G. (2001). Determining confidence intervals when measuring genetic diversity and the discriminatory abilities of typing methods for microorganisms. Journal of Clinical Microbiology, 39, 4190–4192.