YABANCI OTLARIN MOLEKÜLER TEŞHİSİNDE RİBOZOMAL RNA (rRNA) İNTERNAL TRANSCRIBED SPACER (ITS) GEN BÖLGELERİNİN KULLANIMI

Year 2017, Volume: 7 Issue: 1, 11 - 21, 30.06.2017

Seçil Eker Onur Kolören

Abstract

Bu
derlemede yabancı otların sistematiğinde Ribozomal RNA (rRNA) Internal Transcribed Spacer (ITS) gen bölgelerinin kullanımı
hakkında bilgi değerlendirilmektedir. Son yıllarda gerçekleştirilen
moleküler çalışmalar yabancı otların teşhisinde önemli düzeyde destek
sağlamaktadır. Kullanılan moleküler yöntemler yardımıyla morfolojik olarak çok
benzerlik gösteren tür ve tür içi varyasyonların tespit edilmesi mümkün
olmaktadır. Bitkilerin moleküler sistematiğinde, tür ve tür içi popülasyonların
filogenetik analizlerinde en fazla tercih edilen moleküler markörlerden birisi
rRNA-ITS gen bölgeleridir. Genomik DNA üzerinde rRNA’lar ardışık sıralı
tekrarlar şeklinde olup tür içi seviyelerinde ileri derecede korunmuş gen
bölgelerini oluşturmaktadır. Bu rRna gen bölgelerine komşu olarak bulunan, özellikle
18S ve 5.8S arasındaki ITS1 ile 5.8S ve 28S arasındaki ITS2 gen dizileri rRNA
gen bölgelerine oranla daha fazla nükleotid baz değişimi göstermektedir. ITS
bölgelerinin yüksek oranda varyasyon göstermeleri taksonlar arasındaki
filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde, cinsler arasında ve tür seviyesinde
taksonomik sorunların çözülmesinde tercih edilmesine nedendir. Ayrıca, bu
moleküler markörler genoma bağlı olduklarından güvenlidirler, tekrarlanabilir
ve laboratuvarlar arasında standardize edilebilirler, genomda birden fazla
bölgeyi belirleme imkanına sahiptirler ve çevre koşullarından etkilenmezler. 

Keywords

Yabancı ot, Moleküler markörler, ITS, ribozomal RNA

References

• Ali M A, Van D L & Kim S Y (2010). Molecular systematic study of Cardamine glechomifolia Levl. (Brassicaceae) using internal transcribedspacer sequence of nuclear ribosomal DNA (ITS)and chloroplast trnL and trnL-F sequences. Saudi Journal of Biological Sciences 17: 275-290.