Expression profi les of PIK3CA, RUNX3, COX-2 and DMBT1 genes in brain tumor prognosis: a preliminary study

Abstract

The two main subgroups of the important genes functioning in the development of cancer including brain tumors are tumor suppressor genes and oncogenes. The aim of this pilot study was to determine the expression profi les of tumor suppressor genes; RUNX3 (Runt-related transcription factor 3), DMBT1 (deleted in malignant brain tumors 1), and oncogenes PIK3CA (phosphoinositide-3-kinase, catalytic, alpha polypeptide) and COX–2(Cyclooxygenase-2) in brain tumors. Explant cell cultures were performed using brain tumor tissues from the 14 cases. Total RNA was isolated from the cultured cells. Relative ratio of expression profi les of the tumor suppressor genes and oncogenes were determined by using real-time online RT-PCR. U-87MG cell line was used as positive control. The mean relative ratios of DMBT1, RUNX3, COX-2 and PIK3CA genes were found; 72.2, 59.3, 0.119 and 48.5; respectively. COX-2 over-expression correlated with a signifi cantly reduced survival (Log- Rank, p= 0.049). Suppression of DMBT1 and RUNX3 is associated with decreased survive, however no signifi cant difference was determined between expressions of PIK3CA, DMBT1 and RUNX3 genes and overallsurvival. High COX-2 expression is found to be associated with clinically more aggressive brain tumors. Our preliminary data suggests that COX-2 gene may be used as a therapeutic target.

Keywords

• Brain tumor
• gene expression
• U-87MG

Beyin tümörü prognozunda PIK3CA, RUNX3, COX-2 ve DMBT1 genlerinin ekspresyon profilleri: ön çalışma

Abstract

Beyin tümörleri de dahil olmak üzere kanser gelişiminde önemli rol oynayan genlerin iki ana alt grubu onkogenler ve tümör baskılayıcı genlerdir. Bu ön çalışmanın amacı, tümör baskılayıcı genlerden RUNX3 (Runt-relatedtranscription factor 3), DMBT1 (Deleted in Malignant Brain Tumors 1) ve onkogenlerden PIK3CA (Fosfoinosid- 3-kinaz, katalitik, alfa polipeptid), COX–2 (Siklooksigenaz-2) genlerinin beyin tümörlerinde ifade düzeyinisaptamaktır. On dört olgunun beyin tümörü dokularından hücre kültürü ortamında çoğalması sağlandı. Kültüre edilmiş hücrelerden total RNA’lar izole edildi. Gerçek zamanlı RT-PCR metodu kullanılarak onkogen ve tümör baskılayıcı genlerin ekspresyon profi llerinin bağıl oranları saptandı. U87MG hücre hattı pozitif kontrol olarak kullanıldı. DMBT1, RUNX3, COX-2 ve PIK3CA genlerinin bağıl oranları ortalaması sırasıyla 72.2, 59.3, 0.119ve 48.5 bulundu. COX-2 aşırı ekspresyonu, anlamlı olarak azalmış sağkalım ile korelasyon gösterdi (Log-Rank,p= 0.049). DMBT1 ve RUNX3 genlerinin baskılanması azalmış sağkalımla ilişkili olduğu saptandı ancak PIK3CA, DMBT1 ve RUNX3 ekspresyonları arasında ve sağkalım üzerinde anlamlı bir farklılık saptanmadı. Yüksek COX-2 ekspresyonu klinik olarak fazla agresif beyin tümörleri ile ilişkili olduğu gösterildi. Elde ettiğimiz ön deney sonuçlarımız, COX-2 geninin terapötik hedef olarak kullanılabilir olabileceğini önermektedir.

Keywords

• Beyin tümörü
• gen ekspresyonu
• U-87MG