Evaluation of infectious factors detected by Multiplex-PCR in hospitalized children due to acute lower respiratory tract infection

Abstract

Keywords

• Respiratory infection
• Multiplex-PCR
• hospitalized child

Akut alt solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle hastaneye yatan çocuklarda Multiplex-PCR ile saptanan enfeksiyöz etkenlerin değerlendirilmesi

Öz

Giriş ve Amaç: Alt solunum yolu enfeksiyonları, çocuklarda morbidite ve mortaliteden önemli ölçüde sorumludur. Etken patojen klinik seyirde önemlidir ancak, çoğu zaman etken bilinmeden ampirik tedavi gerekmektedir. Etken gösterilmesi her zaman mümkün olmamakla birlikte, Multiplex-PCR solunum epitelinde yerleşmiş mikroorganizmanın tespitinde kullanılan yeni tetkiklerdendir. Bu çalışmanın amacı; akut alt solunum yolu enfeksiyonu tanısında kullanılan Multiplex-PCR ile saptanan etkenler ve bu etkenlerin klinik, radyolojik ve laboratuar bulguları üzerine olan etkisinin açıklanmasıdır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamızdaki olgulara; İzmir Dr. Behçet Uz Çocuk Hastalıkları ve Cerrahisi Eğitim Araştırma Hastanesi, dahiliye kliniklerinde Nisan 2015 – Nisan 2017 tarihleri arasındaki hasta dosya ve hastane bilgisayar kayıtlarının incelenmesi sonucu ulaşılmıştır. Bu çalışmada klinik ve laboratuar belirteçlerin etken patojenin türü (virüs ya da bakteri) üzerine olan ilişkisi ile mevsim ve aylara göre etken patojenin dağılımı incelenmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen toplam hasta sayısı 152 idi. Hastaların 83’ü (%54,6) erkek, 69’u (%45,4) kız olup; yaş ortalaması 4,91±3,76 olarak saptandı. Multiplex-PCR’ın en sık pozitif saptandığı yaş aralığı 3 ay-5 yaştır. Mevsimlere göre yapılan değerlendirmede, sonbahar ve kış mevsimlerinde M-PCR (+) saptanma oranı %70 iken, ilkbahar yaz aylarında bu oranın %54 olduğu saptandı (p: 0.01) . Multiplex-PCR pozitif olgularda en fazla saptanan etken % 62,13 ile viral etkenler olup, en fazla saptanan virüs % 32 ile Rhinovirüs olmuştur. Bakteriler ise %37,9 oranında saptanırken en fazla saptanan bakteri %22,3 ile S.pneumoniae olmuştur. Multiplex-PCR’da; H. Parechovirus ve H. İnfluenzae’nın hiç saptanmaması dikkat çekiciydi. Sonuç: Çalışmamızda alt solunum yolu enfeksiyonlarında etken göstermede Multiplex-PCR’ın yüksek oranda (%67) pozitif olduğu gösterildi. Bu tetkik, viral etkenlerin rol oynadığı alt solunum yolu enfeksiyonlarında; gereksiz antibiyotik kullanımını ve hastanın izlemi sırasında istenen laboratuvar tetkiklerini azaltılmasında önemli rol oynayabilir.

Anahtar Kelimeler

• Solunum yolu enfeksiyonu
• Multiplex-Pcr
• hastanede yatan çocuk

References

1. 1. Verani JR, McCracken J, Arvelo W, Estevez A, Lopez MR, Reyes L, et al. Surveillance for hospitalized acute respiratory infection in Guatemala. PLoSOne 2013;8:e83600.
2. 2. Krause JC, Panning M, Hengel H, Henneke P. The role of multiplex PCR in respiratory tract infections in children. Dtsch Arztebl Int 2014:111:639–45.
3. 3. Lam WY, Yeung AC, Tang JW, Ip M, Chan EW, Hui M, Chan PK. Rapid multiplex nested PCR for detection of respiratory viruses. J Clin Microbiol 2007;45:3631–40.
4. 4. Lode HM. Managing community-acquired pneumonia: a European perspective. Respir Med 2007;101:1864–73.
5. 5. Strålin K. Usefulness of aetiological tests for guiding antibiotic therapy in community-acquired pneumonia. Int J Antimicrob Agents 2008;31:3–11.
6. 6. Bharaj P, Sullender WM, Kabra SK, Mani K, Cherian J, Tyagi V, et al. Respiratory viral infections detected by multiplex PCR among pediatric patients with lower respiratory tract infections seen at an urban hospital in Delhi from 2005 to 2007. Virol J 2009;6:89.
7. 7. http://www.anatoliageneworks.com/en/kitler.asp?id=208&baslik=Bosphore Respiratory Pathogens Panel Kit v4&bas=Bosphore Respiratory Pathogens Panel Kit v4
8. 8. S Esposito, C Daleno, G Prunotto, A Scala, C Tagliabue, I Borzani, et al. Impact of viral infections in children with community-acquired pneumonia: results of a study of 17 respiratory viruses. Influenza Other Respir Viruses 2013;7: 18-26.

9. 9. Bierbaum S, Königsfeld N, Besazza N, Blessing K, Rücker G, Kontny U, et al. Performance of a novel microarray multiplex PCR for the detection of 23 respiratorypathogens (SYMP-ARI study. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012;31:2851-61.
10. 10. Weigl JA , Puppe W, Gröndahl B, Schmitt HJ. Epidemiological investigation of nine respiratory pathogens in hospitalized children in Germany using multiplex reversetranscriptase polymerase chain reaction. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2000;19336-43..
11. 11. Dong W, Chen Q, Hu Y, He D, Liu J, Yan H, et al. Epidemiological and clinical characteristics of respiratory viral infections in children in Shanghai, China. Arch Virol 2016;161:1907–13.
12. 12. Kurskaya O, Ryabichenko T, Leonova N, Shi W, Bi H, Sharshov K, et al. Viral etiology of acute respiratory infections in hospitalized children in Novosibirsk City, Russia (2013 - 2017). 2018;13:e0200117
13. 13. Bonzel L, Tenenbaum T, Schroten H, Schildgen O, SchweitzerKrantz S, Adams O. Frequent detection of viral coinfection in children hospitalized with acute respiratory tract infection usinga real-time polymerase chain reaction. Pediatr Infect DisJ 2008;27:589-94.
14. 14. van der Zalm MM, van Ewijk BE, Wilbrink B, Uiterwaal CS, Wolfs TF, van der Ent CK. Respiratory pathogens in children with and without respiratory symptoms. J Pediatr 2009; 154: 396-400, 400.e1.
15. 15. Huijskens EG, Biesmans RC, Buiting AG, Obihara CC, Rossen JW. Diagnostic value of respiratory virus detection in symptomatic children using real-time PCR. Virol J 2012; 9: 276.
16. 16. Kwofie TB, Anane YA, Nkrumah B, Annan A, Nguah SB, Owusu M. Respiratory viruses in children hospitalized for acute lower respiratory tract infection in Ghana. Virol J 2012; 9:78.
17. 17. Bicer S, Giray T, Çöl D, Erdağ GÇ, Vitrinel A, Gürol Y, et al. Virological and clinical characterizations of respiratory infections in hospitalized children. Ital J Pediatr 2013; 39: 22.
18. 18. Huang G, Yu D, Mao N, Zhu Z, Zhang H, Jiang Z, et al. Viral etiology of acute respiratory infection in Gansu Province, China, 2011. PLoS One 2013; 8: e64254.
19. 19. Goka EA, Vallely PJ, Mutton KJ, Klapper PE. Single and multiple respiratory virus infections and severity of respiratory disease: A systematic review. Paediatr Respir Rev 2014;15:363-70.
20. 20. Aydemir Y, Aydemir O, Pekcan S, Özdemir M. Value of multiplex PCR to determine the bacterial and viral aetiology of pneumonia in school-age children. Paediatrics and International Child Health 2015; 37:29-34.
21. 21. Akçalı S, Yılmaz N, Güler Ö, Şanlidağ T, Anıl M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı. Türk Pediatri Arşivi 2013; 48: 215-20.
22. 22. Sancaklı Ö, Yenigün A, Kırdar S. Alt solunum yolu enfeksiyonunda nazofaringeal örneklerde polimeraz zincir reaksiyonu sonuçları. Çocuk Enfeksiyon Derg 2012; 6: 84-9.
23. 23. Torun SH, Somer A, Kanturvardar M, Badur S, Salman N, Yekeler E. Respiratory Viruses; Today’s Troubled Agents, Candidates for Marker of Diagnosis and Prognosis. Indian J 2013;3:1-6.
24. 24. Qui J, Söderlund-Venermo M, Young NS. Human Parvoviruses. Clin Microbiol Rev 2017;30:43–113.
25. 25. Calvo C, Pozo F, García-García ML, Sanchez M, Lopez-Valero M, Pérez-Breña P, et al. Detection of new respiratory viruses in hospitalized infants with bronchiolitis: a three-year prospective study. Acta Paediatr 2010;99:883–7.
26. 26. Jacques J, Moret H, Renois F, Leveque N, Motte J, Andreoletti L. Human bocavirus quantitative DNA detection in French children hospitalized for acute bronchiolitis. J Clin Virol 2008;43:142-7.
27. 27. Hasman H, Pachucki CT, Unal A, Nguyen D, Devlin T, Peeples ME, et al. Aetiology of influenza-like illness in adults includes parainfluenzavirus type 4. J Med Microbiol 2009;58:408–13.
28. 28. Falchi A, Turbelin C, Andreoletti L, Arena C, Blanchon T, Bonmarin I, et al. Nationwide surveillance of 18 respiratory viruses in patients with influenzalike illnesses. A pilot feasibility study in the French Sentinel network. J Med Virol 2011;83:1451–7.
29. 29. Ju X, Fang Q, Zhang J, Xu A, Liang L, Ke C. Viral etiology of influenza-like illnesses in Huizhou, China, from 2011 to 2013. Arch Virol 2014; 159:2003–10.
30. 30. Iroh Tam PY. Approach to common bacterial infections: Community-acquired pneumonia. Pediatr Clin North Am 2013;60:437-53.