Ailesel akdeniz ateşi ön tanılı hastalarda MEFV mutasyonlarının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve yeni nesil dizileme ile karşılaştırmalı analizi-tek merkez deneyimi
Abstract
Amaç: Ailesel Akdeniz Ateşi (AAA), Akdeniz kökenli popülasyonlarda sıklıkla görülen otoinflamatuvar bir hastalıktır. MEFV genindeki mutasyonların, FMF'nin gelişiminin temelini oluşturduğu saptanmıştır. Bu nedenle, bu çalışmada MEFV mutasyonlarının tespitinde yeni nesil dizileme ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemlerinin olası farklılıklarını araştırmayı amaçladık.
Gereç ve yöntem: Bu çalışma 01.08.2018 - 12.03.2020 tarihleri arasında toplanan örnekler üzerinde Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda gerçekleştirilmiştir. MEFV mutasyon analizleri, yeni nesil dizileme ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemleri kullanılarak yapılmıştır. Yeni nesil dizileme analizleri sonucunda saptanan MEFV varyantlarının analizi Sophia DDM 5.2.1® platformu kullanılmıştır.
Bulgular: MEFV mutasyon analizleri 341 FMF ön tanılı hasta üzerinde gerçekleştirilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu sonuçlarına göre, hastaların 227’sindes (227/341) herhangi bir MEFV mutasyonu saptanmamış iken 114 hastada yalnızca bir heterozigot mutasyonun varlığı tespit edilmiştir. Alel sayıları ve frekansları değerlendirildiğinde, en sık saptanan varyantlar sırasıyla M694V (46/341), E148Q (45/341), M680I (12/341), V726A (6/341) ve P369S (5/341) olmuştur. Ayrıca, 41 hastada polimeraz zincir reaksiyon analizinden farklı olarak yeni nesil dizileme ile yeni mutasyonlar saptanmıştır.
Sonuç: Mevcut çalışmanın sonuçları, NGS analizinin nadir MEFV varyantlarının yanı sıra FMF hastalarında sıklıkla gözlenen MEFV varyantlarının etkin bir şekilde tespit edilmesine olanak sağladığını göstermektedir. Özetle, hekimlere, moleküler tanı ve genetik test sonuçlarının hastalığın ilerlemesi ile ilişkisini belirlemek için yeni nesil dizileme gibi kapsamlı moleküler testler yapmanın gerekliliğini önermekteyiz.
Keywords
References
- 1. Ben-Chetrit E., Levy M. Familial Mediterranean fever. Lancet 1998;351:659–664. doi: 10.1016/S0140-6736(97)09408-7.
- 2. Ben-Chetrit E., Touitou I. Familial Mediterranean Fever in the World. Arthritis Care Res 2009;61:1447–1453. doi: 10.1002/art.24458.
- 3. Shoham NG, Centola M, Mansfield E, Hull KM, Wood G, Wise CA, Kastner DL. Pyrin binds the PSTPIP1/CD2BP1 protein, defining familial Mediterranean fever and PAPA syndrome as disorders in the same pathway. Proc Natl Acad Sci USA 2003;100(23):13501-6. doi: 10.1073/pnas.2135380100.
- 4. de Jesus AA, Canna SW, Liu Y, Goldbach-Mansky R. Molecular mechanisms in genetically defined autoinflammatory diseases: disorders of amplified danger signaling. Annu Rev Immunol 2015;33:823-74. doi: 10.1146/annurev-immunol-032414-112227.
- 5. Kasifoglu T, Bilge SY, Sari I, Solmaz D, Senel S, Emmungil H, Kilic L, Oner SY, Yildiz F, Yilmaz S, Bakirli DE, Tufan MA, Yilmaz S, Yazisiz V, Pehlivan Y, Bes C, Cetin GY, Erten S, Gonullu E, Temel T, Sahin F, Akar S, Aksu K, Kalyoncu U, Direskeneli H, Erken E, Kisacik B, Sayarlioglu M, Korkmaz C. Amyloidosis and its related factors in Turkish patients with familial Mediterranean fever: a multicentre study. Rheumatology (Oxford) 2014;53(4):741-5. doi:10.1093/rheumatology/ket400.
- 6. Fietta P. Autoinflammatory diseases: the hereditary periodic fever syndromes. Acta Biomedica Atenei Parmensis. 2004;75(2), 92–99.
- 7. Pras E, Aksentijevich I, Gruberg L, Balow JE Jr, Prosen L, Dean M, Steinberg AD, Pras M, Kastner DL. Mapping of a gene causing familial Mediterranean fever to the short arm of chromosome 16. N Engl J Med 1992;326(23):1509-13. doi: 10.1056/NEJM199206043262301.
- 8. Sarı İ, Birlik M, Kasifoğlu T. Familial Mediterranean fever: An updated review. Eur J Rheumatol 2014;1(1):21-33. doi: 10.5152/eurjrheum.2014.006.
- 9. Giancane G, Ter Haar NM, Wulffraat N, Vastert SJ, Barron K, Hentgen V, Kallinich T, Ozdogan H, Anton J, Brogan P, Cantarini L, Frenkel J, Galeotti C, Gattorno M, Grateau G, Hofer M, Kone-Paut I, Kuemmerle-Deschner J, Lachmann HJ, Simon A, Demirkaya E, Feldman B, Uziel Y, Ozen S. Evidence-based recommendations for genetic diagnosis of familial Mediterranean fever. Ann Rheum Dis 2015;74(4):635-41. doi: 10.1136/annrheumdis-2014-206844.
- 10. Kisacik B, Yildirim B, Tasliyurt T, Ozyurt H, Ozyurt B, Yuce S, Kaya S, Ertenli I, Kiraz S. Increased frequency of familial Mediterranean fever in northern Turkey: a population-based study. Rheumatol Int 2009;29(11):1307-9. doi:10.1007/s00296-009-0849-z.
