Study of HLA antigen distributions in samples sended in a tissue typing laboratory

Abstract

Purpose: In this study, it was aimed to determine the frequency of HLA class I and class II alleles and to evaluate the results of HLA genotyping in people who applied to the Health Research and Application Center Tissue Typing Laboratory.
Material and method: In our study, the data of 1903 patients were examined and the HLA class I and II allele frequencies were calculated. HLA A, B and DRB1 alleles were studied in 1903 individuals, HLA C and DQB1 alleles were studied in 493 individuals. 57.4% of the subjects were male and 42.3% were female. Genomic DNA isolation from whole blood samples was performed using an automated system (EZ1 Advanced, QIAGEN, Hilden, Germany). For the determination of HLA alleles, PCR-SSO (squence specific oligonucleotide) method and Luminex 200 system (Luminex, Austin, USA) were used. PCR-SSO (squence specific oligonucleotide) method was used to identify HLA alleles.
Results: The most common HLA-A alleles were HLA-A*02 (22.3%), HLA-A*24 (17.1%), and HLA-A*03 (10.5%). The most common HLA-B alleles were HLA-B*35 (16.3%), B*51 (15.2%), and B*44 (8.3%). HLA-C alleles; HLA-C*04 (19.1%), HLA-C*07 (16.0%), and HLA-C*12 (15.0%). HLA-DRB1 alleles; HLA-DRB1*11 (19.9%), HLA-DRB1*04 (17.7%), and HLA-DRB1*15 (10.5%). HLA-DQB1 alleles; HLA-DQB1*03 (40.9%), HLA-DQB1*05 (25.7%), and HLA-DQB1*06 (18.3%).
Conclusion: Our findings are mostly consistent with some differences when compared with HLA antigens identified in other studies conducted in our country. This study will contribute to the HLA allele frequency data and the determination of HLA diversity in our region.

Keywords

• Transplantation
• HLA
• class I
• class II

Doku tiplendirme laboratuvarına gönderilmiş olan örneklerde HLA antijenlerinin dağılımının araştırılması

Öz

Amaç: Bu çalışmada, Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Doku Tipleme Laboratuvarına başvuran kişilerde HLA sınıf I ve sınıf II allel sıklığının belirlenmesi ve HLA genotipleme sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem: Çalışmamızda toplam 1903 kişinin verileri incelenmiş ve HLA sınıf I ve II allel sıklığı hesaplanmıştır. HLA A, B ve DRB1 allelleri tüm örneklerde, HLA C ve DQB1 alleleri 493 kişide çalışılmıştır. Değerlendirmeye alınmış olan kişilerin %57,4’ü erkek, %42,3’ü kadındır. Tam kan örneklerinden genomik DNA izolasyonu otomatize sistem (EZ1 Advanced, QIAGEN, Hilden, Almanya) kullanılarak yapılmıştır. HLA allellerinin belirlenmesi PCR-SSO (squence spesific oligonucleotid) yöntemi ile Luminex 200 sistemi (Luminex, Austin, ABD) kullanılarak yapılmıştır.
Bulgular: En sık tespit ettiğimiz HLA A allelleri HLA-A*02 (%22.3), HLA-A*24 (%17.1) ve HLA-A*03 (%10.5) şeklinde sıralanmıştır. En sık görülen HLA-B allelleri; HLA-B*35 (%16.3), HLA-B*51 (%15.2) ve HLA-B*44 (%8.3) olarak tespit edilmiştir. HLA-C allelleri; HLA-C*04 (%19.1), HLA-C*07 (%16.0) ve HLA-C*12 (%15.0) olarak tespit edilmiştir. HLA-DRB1 allelleri; HL- DRB1*11 (%19.9), HLA DRB1*04 (%17.7) ve HLA- DRB1*15 (%10.5), HLA-DQB1 allelleri; HLA-DQB1*03 (%40.9), HLA-DQB1*05 (%25.7) ve HLA-DQB1*06 (%18.3) olarak saptanmıştır.
Sonuç: Bulgularımız ülkemizde yapılan diğer çalışmalarla tanımlanan HLA antijenleri ile karşılaştırıldığında bazı farklılıklarla beraber büyük ölçüde uyumludur. Bu çalışma bölgemizdeki HLA allel frekans verilerine ve HLA çeşitliliğinin belirlenmesine katkı sağlayacaktır.

Anahtar Kelimeler

• Transplantasyon
• HLA
• sınıf I
• sınıf II

References

1. 1. Yılmaz M. Histocompatibility Antigens. Archives Medical Review Journal 2014;23(1):8-13. https://doi.org/10.17827/aktd.79536
2. 2. Abbas KA, Andrew HL, Pillai S. Cellular and Molecular Immunology. Philadelphia: Saunders Elsevier: 2007.
3. 3. Wieczorek M, Abualrous ET, Sticht J, Álvaro-Benito M, Stolzenberg S, Noé F, Freund C. Major Histocompatibility Complex (MHC) Class I and MHC Class II Proteins: Conformational Plasticity in Antigen Presentation. Front Immunol. 2017 Mar 17;8:292. doi: 10.3389/fimmu.2017.00292
4. 4. Shiina T, Hosomichi K, Inoko H, Kulski JK. The HLA genomic loci map: expression, interaction, diversity and disease. J Hum Genet 2009; 54:15–39.
5. 5. Montgomery RA, Tatapudi VS, Leffell MS, Zachary AA. HLA in transplantation. Nat Rev Nephrol. 2018 Sep;14(9):558-570. https://doi.org/10.1038/s41581-018-0039-x
6. 6. Available at: http://hla.alleles.org/nomenclature/index.html [Date last updated: March 2021] Erişim tarihi 15 nisan 2021 7. Özbolat G, Dündar E, Yenilmez AT. İnsan Lökosit Antijenleri, Yapı ve İşlevleri. Archives Medical Review Journal 2014;23(3):387-397.
7. 8. Goldberg AC, Rizzo LV(2015). MHC structure and function – antigen presentation. Part 1. Einstein (Sao Paulo). 2015;13(1):153-6. doi: 10.1590/S1679-45082015RB3122
8. 9. HLA and Associated Important Diseases. Edited by: Yongzhi Xi. ISBN 978-953-51-1230-3, Published 2014-03-19.

9. 10. Yalçın B. Major doku uygunluk kompleksi (MHC) molekülleri: genel özellikleri ve hastalıklarla ilişkisi.Turkderm 2013; 47(1): 12-17.
10. 11. Jason A. Tye-Din, Heather J. Galipeau, Daniel Agardh. Celiac Disease: A Review of Current Concepts in Pathogenesis, Prevention, and Novel Therapies. Front Pediatr 2018;6:350. doi: 10.3389/fped.2018.00350
11. 12. Bodis G, Toth V, Schwarting A. Role of Human Leukocyte Antigens (HLA) in Autoimmune Diseases. 2018;Mar 7. doi: 10.1007/s40744-018-0100-z.
12. 13. Pala FS, Tabakçıoğlu K, Algüneş Ç, Kurt Ömürlü İ. Trakya'da Yaşayan Popülasyonun HLA-A, B ve DR Sıklığı Yönünden Değerlendirilmesi ve Balkan Popülasyonları ile Akrabalığının Gösterilmesi. Trakya Ün. Tıp Fak Derg 2008;25(3):189-195.
13. 14. Etiz P. Bölgemizdeki HLA (Human Lökosit Antijenleri) Dağılımı. Yüksek Lisans Tezi. Çukurova Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, 2009.
14. 15. Kayhan B, Kurtoglu EL, Taskapan H, ve ark. HLA-A, -B, -DRB1 allele and haplotype frequencies and comparison with blood group antigens in dialysis patients in the East Anatolia region of Turkey.Transplant Proc 2013; 45: 2123-2128.
15. 16. Patıroğlu T, Işık N, Öter H. Kayseri Yöresinde Doku Antijenleri (HLA). Türk Nefroloji Diyaliz ve Tramsplantasyon Dergisi/Official Journal of the Turkish Nephrology Assosiation 1993;3:137-138.
16. 17. Balkan E, Yaşar E, Doğan H. The Diagnosis of Human Leukocyte Antigen Class I and Class Ii Allel In Eastern Anatolia Region. Van Tıp Derg 2019;26(2):162-166, 2019. https://doi.org/10.5505/vtd.2019.42042
17. 18. Yeğin O. Kronik böbrek yetmezliği olan hastalarda ve kontrollarda HLA antijenleri. Akdeniz Üniversitesi Tıp Fak. Dergisi 1988;2:131-137.
18. 19. Ersoy Ş. Türk popülasyonunda doku grupları (HLA). Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Dergisi 1980;23:79-83.
19. 20. Akman B. Tepecik Eğitim Ve Araştırma Hastanesi Doku Tipleme Laboratuvarı’na Başvuran Bireylerin İnsan Lökosit Antijen (HLA) Allellerinin Ve Haplotiplerinin Frekansları. Yüksek Lisans Tezi, İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Ve Genetik Anabilim Dalı, İzmir, 2016.