Vankomisin Dirençli Enterokok Suşlarının rep-PCR Yöntemi ile Klonal Analizlerinin Değerlendirilmesi

Year 2016, Volume: 73 Issue: 1, 1 - 8, 01.03.2016

Seyit Ahmet Bayık İpek Mumcuoğlu Şenol Kurşun Neriman Aksu

Abstract

Amaç: Vankomisin dirençli enterokoklar VRE , hızlı yayılımları, artan mortaliteri oranları, sınırlı tedavi seçenekleri ve vankomisin direncini daha virulan patojenlere transfer etme olasılıkları nedeniyle önemli nozokomiyal patojenler haline gelmişlerdir. VRE enfeksiyonlarını engellemek için hastanelerde aktif sürveyans yapılmalıdır. Moleküler tiplendirme, sürveyans boyunca bulaş yollarının gösterilmesi için en uygun yöntemdir. Ancak, uygulaması kolay ve tekrarlanabilirliği yüksek tiplendirme metodlarının eksikliği yaşanmaktadır. Hastane salgınlarının belirlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınmasında, kullanım kolaylığı ve hızlı sonuç vermesi ile rep-PCR, hızlı bir tarama metodu sunmaktadır. Bu çalışmada, hastanemizde izole edilen VRE suşlarının rep-PCR tekrarlanan palindromlara dayalı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Dördü klinik örneklerden, 18’i hasta rektal sürüntü örneklerinden, 26’sı çevre kültürlerinden elde edilen toplam 48 VRE suşu alınmıştır. İzolatların tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 otomatize sistemi bioMérieux, Fransa ile değerlendirilmiştir. Klonal analizleri rep-PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Çalışılan 48 VRE suşunun tümü Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. strains were determined and no clonic similarity were observed in the six isolates. Conclusion: The surveillance of VRE in risky clinics has been performed to prevent hospital infection since the first isolation of VRE in our hospital in 2004. However, it is important to show sources of contamination and route of transmission in a short time for more effective infection control. In this study, the clonal spreading of VRE strains with rep-PCR method was demonstrated. As a result the rep-PCR method was considered as a rapid, easyly applied and evaluated method that can be used in epidemiological studies and can help infection control measures.faecium, rep-PCR, surveillancerep-PCR yöntemiyle belirlenen dört klon A, B, C, D grupları olarak isimlendirilmiş ve sırasıyla bu gruplarda 35, 3, 2, 2 suş olduğu tespit edilmiş ve altı izolatın ise hiçbir klonla benzeşmediği görülmüştür. Sonuç: Hastanemizde ilk VRE suşunun izole edildiği 2004 yılından beri hastane enfeksiyonlarını engellemek için riskli kliniklerde sürveyans yapılmaktadır. Ancak daha etkin enfeksiyon kontrolü için bulaş kaynaklarının ve geçiş yollarının kısa sürede gösterilmesi önemlidir. Bu çalışmada, repPCR yöntemi ile VRE suşlarının klonal yayılımı gösterilmiştir. Sonuç olarak rep-PCR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilecek ve enfeksiyon kontrol önlemlerine yardımcı olabilecek, hızlı, uygulaması ve değerlendirmesi kolay bir yöntem olduğu düşünülmüştür

Keywords

Vankomisin direnci, Enterococcus faecium, rep-PCR, sürveyans

Clonal Analysis of Vancomycin-Resistant Enterocci Strains by rep-PCR Method

Abstract

Objective: Vancomycin resistant enterococci VRE has become an important nosocomial pathogens because of its rapid spread, accelerating mortality rates, limited options for therapy, and the possible transfer of vancomycin resistance to more-virulent pathogens. Active surveillance should be done to prevent VRE infections in hospitals. Molecular typing is most convenient method to show route of transmission during a surveillance. However, easyto-perform, and reproducible typing methods are lacking. In detecting the hospital outbreaks and in taking the control measures, the rep-PCR presents a rapid screening method with its ease of use and rapid turnaround time. In this study, it was aimed to assess the clonal analysis of VRE strains isolated in our hospital with rep-PCR method repetetive sequence based polymerase chain reaction .Method: A total of 48 VRE strains obtained from four clinical specimens, 18 rectal swab samples and 26 environmental cultures. Identification and antibiotic susceptibility tests of isolates was evaluated by automated Vitek-2 system bioMérieux, France . Clonal analysis was performed by using rep-PCR DiversiLab, France method. Results: All the studied 48 strains were identified as E. faecium. The four clones which were determined by rep-PCR analysis, were named as A, B, C, D and in these groups sequentially the presence of 35, 3, 2, 2strains were determined and no clonic similarity were observed in the six isolates. Conclusion: The surveillance of VRE in risky clinics has been performed to prevent hospital infection since the first isolation of VRE in our hospital in 2004. However, it is important to show sources of contamination and route of transmission in a short time for more effective infection control. In this study, the clonal spreading of VRE strains with rep-PCR method was demonstrated. As a result the rep-PCR method was considered as a rapid, easyly applied and evaluated method that can be used in epidemiological studies and can help infection control measures.

Keywords

Vancomycin resistance, Enterococcus faecium, rep-PCR, surveillance

References

• 1. Fisher K, Phillips C. The ecology, epidemiology and virulence of Enterococcus. Microbiology, 2009; 155 (pt6): 1749-57.
• 2. Murray BE. The life and times enterococcus. Clin Microbiol Rev, 1990; 3: 45-65.
• 3. Leclercq R, Derlot E, Duval J, Courvalin P. Plasmid mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. N Engl J Med, 1988; 319: 157-61.
• 4. Arias CA, Murray BE. The rise of the Enterococcus: beyond vancomycin resistance. Nat Rev Microbiol, 2012; 10(4): 266-78.
• 5. Vural T, Şekercioğlu AO, Öğünç D, Gültekin M, Çolak D, Yeşilipek A ve ark. Vankomisine dirençli Enterococcus faecium suşu. ANKEM Derg, 1999; 13(1): 1-4.
• 6. Teixeira LM, Carvalho MGS, Facklam RR. Enterococcus. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA, eds. Manual of Clinical Microbiology. 9th ed. Washington, DC: ASM Press, 2007: 430-42.
• 7. Werner G, Coque TM, Hammerum AM, Hope R, Hryniewicz W, Johnson A, et al. Emergence and spread of vancomycin resistance among enterococci in Europe. Euro Surveill, 2008; 13(47): pii:19046.
• 8. Durmaz R. Hastane enfeksiyonu salgınında moleküler biyolojik yöntemler. Hast Enfek Derg, 2005; 9: 196-212.
• 9. Ross TL, Merz WG, Farkosh M, Carroll KC. Comparison of an automated repetetive sequencebased PCR microbial typing system to pulsed-field gel electrophoresis for analysis of outbreaks of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol, 2005; 43: 5642-7.
• 10. Chuang YC, Wang JT, Chen ML, Chen YC. Comparison of an automated repetitive-sequencebased PCR microbial typing system with pulsedfield gel electrophoresis for molecular typing of vancomycin-resistant Enterococcus faecium. J Clin Microbiol, 2010; 48(8): 2897-901.
• 11. Güven T. Vankomisin dirençli enterokok kolonizasyonu ve enfeksiyonunda risk faktörlerinin incelenmesi. Uzmanlık Tezi, Ankara, 2006.
• 12. Alaca Coşkun F, Mumcuoğlu İ, Aksu N, Karahan ZC, Us E, Tekeli FA ve ark. Bir devlet hastanesinde vankomisine dirençli enterokok suşlarının fenotipik ve genotipik olarak değerlendirilmesi: İlk vanB-pozitif Enterococcus faecium izolatları. Mikrobiyol Bul, 2012; 46(2): 276-82.
• 13. Singh A, Goering RV, Simjee S, Foley SL, Zervos MJ. Application of molecular techniques to the study of hospital infection. Clin Microbiol Rev, 2006; 19: 512-30.
• 14. Pounder JI, Shutt CK, Schaecher BJ, Gail LW. Clinical evaluation of repetetive sequence-based polymerase chain reaction using the Diversilab system for strain typing of vancomycin-resistant enterococci. Diagn Microbiol Infect Dis, 2006; 54:
• 183-7. 15. Malthum K, Singh KV, Weinstock GM, Murray BE. Repetetive sequence-based PCR versusu pulsefield gel electrophoresis for typing Enterococcus faecalis at the subspecies level. J Clin Microbiol, 1998; 40: 868-76.
• 16. Shutt CK, Pounder JI, Page SR, Schaecher BJ, Woods GL. Clinical evaluation of the Diversilab microbial typing system using rep-PCR for strain characterization of Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol, 2005;43: 1187-92.
• 17. Tenover FC, Gay EA, Frye S, Eels SJ, Healy M, McGowan J. Comparison of typing results obtained of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates with the Diversilab system and pulsedfield gel electrophoresis. J Clin Microbiol, 2009; 47: 2452-7.
• 18. Güler İ, Kılıç H, Atalay MA, Perçin D, Erçal BD. Klinik örneklerden izole edilen hastane kaynaklı metisiline dirençli Staphylococcus aureus suşlarının rep-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyol Bul, 2011; 45(4): 581-91.
• 19. Boyce JM, Mermel LA, Zerves MJ, Rice LB, PotterBynoe G, Giorgio C, et al. Controlling vancomycin resisrance enterococci. Infect Control Hosp Epidemiol, 1995; 16: 634-7.
• 20. Clark NC, Cooksey RC, Hill BC, Swenson JM, Tenover FC. Characterization of glycopeptide-resistant enterococci from US hospitals. Antimicrob Agents Chemoter, 1993; 37: 2311-7.
• 21. Anonymous. Hospital Infection Control Practices Advisory Committee. Recommendations for preventing the spread of vancomycin resistance. Recommendations of the Hospital Infection Control Practices Advisory Committee. MMWR Recomm Rep. 1995; 44(RR-12): 1-13.