Evaluation of pathogens isolated from wound samples and antibiotic susceptibility: 2021–2023

Abstract

Objectives: It was aimed to determine the distribution and antibiotic susceptibilities of pathogenic microorga- nisms isolated from wound samples, to contribute to epidemiological data and to guide empirical treatment. Methods: Wound infection agents between January 2021 and December 2023 were analysed retrospectively. Identification of microorganisms at the species level and antimicrobial susceptibilities were determined by con- ventional microbiological methods and automated PhoenixTM100 system. Results: 30 % of the microorganisms isolated from 2630 wound culture samples were gram positive and 70 % gram negative bacteria. The most common agents were Staphylococcus aureus (19.6%), Escherichia coli (16.7%), Acinetobacter baumanni (13.9%) and Pseudomonas aeruginosa (11.3%), respectively. The distribution of patho- gens according to the services in which they were most frequently isolated was as follows: Plastic and Reconst- ructive Surgery (18.1%), Infectious Diseases (12.7%) and Orthopaedics (12.6%). Methicillin resistance of S. aureus was 48.2%, and no resistance to teicoplanin, vancomycin and linezolid was detected. The most resistant antibio- tic to E. coli was ciprofloxacin (67.2%) and the most sensitive antibiotics were imipenem and meropenem (96.6%, 95.6%). High resistance to all antimicrobials was found against A. baumanii. The most resistant antibiotics to P. aeruginosa were levofloxacin and imipenem (48.2%, 40.9%) and the most sensitive antibiotic was amikacin (10.5%). Conclusion: Increasing resistance was observed in antibacterial agents against microorganisms isolated as causa- tive agents. For this reason, we think that identification of the causative microorganisms and determination of antimicrobial resistance profiles at certain time intervals may prevent the increasing resistance and provide gui- dance for empirical or target antibiotic selection.

Keywords

• Antibiotic resistance
• wound infections
• culture

Yara yeri örneklerinden izole edilen etkenler ve antibiyotik du- yarlılıklarının değerlendirilmesi: 2021-2023

Abstract

Amaç: Yara örneklerinden izole edilen patojen mikroorganizmaların dağılımı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenerek ve epidemiyolojik verilere katkı sağlanması ve ampirik tedaviye yol gösterici olunması amaçlandı. Yöntem: Ocak 2021-Aralık 2023 tarihleri arasında yara enfeksiyonu etkenleri retrospektif olarak incelendi. Mik- roorganizmaların tür düzeyinde tanımlanmaları ve antimikrobiyal duyarlılıkları konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ve otomatize PhoenixTM100 sistemi ile tanımlandı. Bulgular: 2630 yara kültürü örneğinden izole edilen mikroorganizmaların 790 (%30) gram pozitif, 1840 (%70) gram negatif bakteriler olarak tespit edildi. En sık etkenler sırasıyla, Staphylococcus aureus (%19.6), Escherichia coli (%16.7), Acinetobacter baumanni (%13.9) ve Pseudomonas aeruginosa (%11.3) olarak görüldü. Patojenlerin en sık izole edildikleri servislere göre dağılımı; Plastik ve Rekonstriktif cerrahi (%18.1), Enfeksiyon Hastalıkları (%12.7) ve Ortopedi (%12.6) olarak izlendi. S. aureus’un metisilin direnci % 48.2, teikoplanin, vankomisin ve linezolid’e direnç saptanmadı. E. coli’ye en dirençli antibiyotik siprofloksasin (%67.2), en duyarlı antibiyotik imipenem, meropenem (%96.6, 95.6) olarak saptandı. A. baumanii’ye karşı tüm antimikrobiyallerde yüksek direnç saptandı. P. aeruginosa’ya en dirençli antibiyotik levofloksasin, imipenem (%48.2, %40.9), en duyarlı antibiyotik amikasin (%10.5) olarak saptandı. Sonuç: Etken olarak izole edilen mikroorganizmalara karşı antibakteriyel ajanlarda artan direnç görülmüştür. Bu sebeple, belirli zaman aralıkları ile etken mikroorganizmaların tanımlanıp antimikrobiyal direnç profillerinin belirlenmesinin giderek artan direncin önüne geçebileceğini ve ampirik ya da hedef antibiyotik seçimi için yol gösterici olacağını düşünmekteyiz.

Keywords

• Antibiyotik direnci
• yara yeri enfeksiyonları
• kültür

References

1. 1. Gündem NS, Çikman A. Yara kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlı- lıkları. ANKEM Derg. 2012;26(4):165-70. doi:1 0.5222/ankem.2012.165
2. 2. Zafar A, Anwar N, Ejaz H. Bacteriology of infected wounds - a study conducted at Children Hospi- tal Lahore. Biomedica. 2007; 23:8(A):1-4.
3. 3. Avcıoğlu F, Behçet M, Karabörk Ş, Kurtoğlu MG. Yara Örneklerinden İzole Edilen Mikroorganizma- ların Antimikrobiyal Direnç Oranları - Üç Yıllık Değerlendirme. DÜ Sağlık Bil Enst Derg. 2019;9(3):110-4. doi: https://dx.doi.org/10.33631/duzcesbed.538681
4. 4. Köse E, Çalışkan E, Memiş N, Dönmez B, Duran P. Yara yeri örneklerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik direnç oranları. AN- KEM Derg. 2021;35(1):14-21doi: 10.5222/ankem.2021.014
5. 5. Karakeçili F, Kalkan A. Yara yönetiminde enfek- siyona yaklaşım. Türkiye Klinikleri J Endocrin Special Topics. 2015;8(3): 44-9.
6. 6. Sümer Z, Bakıcı Z, Türkay C, Gökçe G, Gökgöz Ş. Yatırılarak izlenen hastaların yara yeri ve idrar örneklerinde izole edilen mikroorganizmaların de- ğerlendirilmesi. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2001;31(1-2): 48-52.
7. 7. KLİMUD. Deri, deri ekleri, yumuşak doku örnek- leri rehberi. KLİMUD Kaynak No: 18. Ankara: KLİMUD; 2015.
8. 8. The European Committee on Antimicrobial Sus- ceptibility Testing - EUCAST. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 12.0, valid from 2022- 01-01 https://www.eucast.org. (Erişim tarihi: 21.12.2022).

9. 9. Cirit OS, Müderris T, Mızraklı A, Vurupalmaz Y, Barış A. Yara kültürlerinden izole edilen aerop bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2014;44(4):149-57. doi:10.5222/TMCD.2014.149
10. 10. Davarcı İ, Koçoğlu ME, Barlas N, Samastı M. Yara Kültürlerinden İzole Edilen Bakterilerin Antimikrobiyal Duyarlılıkları: Üç Yıllık Değerlendir- me. ANKEM Derg. 2018;32(2):53-61. doi: 10.5222/ankem.2018.053
11. 11. Yerlikaya H, Kirişci Ö, Çilburunoğlu M, ve ark. Yara kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlı- lıkları. Sakarya Tıp Dergisi. 2021;11(1):170-6. doi:10.31832/smj.824924
12. 12. Bozok T, Öztürk A. Niğde ilinde üçüncü basamak bir hastaneden izole edilen bakterilerin tür dağılı- mı ve antibiyotik duyarlılıkları: üç yıllık değerlen- dirme. Mersin Univ Saglık Bilim Derg. 2023;16(1):22-39. doi: 10.26559/mersinsbd.1174351
13. 13. Akkaya O. Pandemi Dönemindeki Yara Enfeksiyon Etkenlerinin ve Antibiyotik Duyarlılıklarının Pandemi Öncesi ile Karşılaştırılması. Sakarya Med J. 2023 ;13(2):321-328 doi: 10.31832/smj.1266829
14. 14. Turhanoğlu NM, Koyuncu E, Bayındır Bilman F. Yara Kültürlerinden İzole Edilen Mikroorganizmalar Ve Antibiyotik Dirençleri 2010-2015. Turk Hij Den Biyol Derg. 2018 ;75(2):183-194. doi:10.5505/TurkHijyen.2018.56338.
15. 15. Bessa LJ, Fazii P, Di Giulio M, Cellini L. Bacterial isolates from infected wounds and their anti- biotic susceptibility pattern: some remarks about wound infection. Int Wound J. 2015 Feb;12(1):47- 52. doi: 10.1111/iwj.12049.
16. 16. Kumburu HH, Sonda T, Mmbaga BT, et al Patterns of infections, aetiological agents and antimicrobial resistance at a tertiary care hospital in northern Tanzania. Trop Med Int Health. 2017 Apr;22(4):454-464. doi: 10.1111/tmi.12836.
17. 17. Queiroz-Telles F, Fahal AH, Falci DR, et al. Neglected endemic mycoses. Lancet Infect Dis. 2017;17:e367–77. doi.org/10.1016/S1473-3099(17)30306-7
18. 18. Serra R, Grande R, Butrico L, et al. Chronic wound infections: the role of Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus. Expert Rev Anti Infect Ther. 2015 May;13(5):605-13. doi: 10.1586/14787210.2015.1023291.
19. 19. Almuhayawi MS, Alruhaili MH, Gattan HS, et al. Staphylococcus aureus Induced Wound Infections Which Antimicrobial Resistance, Methicillin- and Vancomycin-Resistant: Assessment of Emergence and Cross Sectional Study. Infect Drug Resist. 2023 Aug 16;16:5335-5346. doi: 10.2147/IDR.S418681.
20. 20. Erdiren N, Kula Atik T, Ünlü G, Ünlü M. Yara kültürlerinden izole edilen aerop bakteriler ve antimikrobiyal direnç verilerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi: Dört yıllık deneyim. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2023;53(3):188-197. doi:10.54453/TMCD.2023.99705
21. 21. Ağalar C, Göçmen JS, Kılıç D, Kaygusuz S, Karabıçak Ç. Üçüncü basamak bir referans hastanesinde izole edilen metisilin dirençli stafilokok suşlarında duyarlılık. J Clin Exp Invest. 2012;3(1):71- 4. doi: 10.5799/ahinjs.01.2012.01.0114
22. 22. Altan G, Mumcuoğlu İ, Hazırolan G, Dülger D, Aksu N. Yara Örneklerinden İzole Edilen Mikro- organizmalar ve Antimikrobiyallere Duyarlılıkları. Turk Hij Den Biyol Derg. 2017;74(4):279-86. doi id: 10.5505/TurkHijyen.2017.81598
23. 23. Adane Bitew, Mesele Admassie, Tigist Getachew. Spectrum and Drug Susceptibility Profile of Bacteria Recovered from Patients with wound Infec- tion Referred to Arsho Advanced Medical Laboratory. Clinical Medicine Research. Vol. 7, No. 1, 2018, pp. 8-17. doi: 10.11648/j.cmr.20180701.12
24. 24. Tanrıverdi Y, Torun E, Bilgin K, Birinci A. Yara Yeri Örneklerinden İzole Edilen Etkenler ve Antibiyotik Direnç Profilleri. DÜ Sağlık Bil Enst Derg. 2021;11(2):123-8. doi: https://dx.doi.org/10.33631/duzcesbed.562187
25. 25. Phan S, Feng CH, Huang R, et al Relative Abundance and Detection of Pseudomonas aeruginosa from Chronic Wound Infections Globally. Microorganisms. 2023 May 5;11(5):1210. doi: 10.3390/microorganisms11051210.
26. 26. Aşık G, Özoğuz P, Tünay H, ve ark. Yara kültürlerinden izole edilen etkenler ve antibiyotik direnç profilleri. Cer San D (J Surg Arts), 2014;7(1):18-22. http://dx.doi.org/10.14717/jsurgarts.2014.136
27. 27. Kiremitçi A, Durmaz G, Akgün Y, ve ark. Anestezi yoğun bakım ünitesin- de çeşitli klinik örneklerden üretilen mikro- organizmalar ve antibiyotik direnç profilleri: 2003 yılı verileri. İnfeksiyon Derg. 2006; 20(1): 37-40.