Trizol RNA Ekstraksiyon Metodu: İnek Plasentomu İçin Oldukça Etkili Metod Değerlendirmesi

Year 2010, Volume: 29 Issue: 1, 1 - 6, 01.06.2010

Gözde R.özalp Gözde Şimşek Sevim Akçağlar Sima Shenavai

Abstract

Keywords

-

Trizol RNA Ekstraksiyon Metodu: İnek Plasentomu İçin Oldukça Etkili Metod Değerlendirmesi

Abstract

Trizol gibi asit guanidium fenol kimyasalları, birçok numuneden yüksek-kalite total RNA izolasyonu için olanak sağlar. İnek plasentomundan (total, maternal ve fetal) ekonomik ve tekrar edilebilir bir metotla, yüksekkalite RNA izolasyonu yapabilmek için, total RNA 1 ml guanidin tiyosiyanat içeren asit solüsyonu, sodyum asetat, fenol ve kloroform ile santrifüj edilmiştir. Total RNA isopropanol ile çöktürülmüş ve hiçbir saflaştırma kiti kullanılmamıştır. İzolasyonlar iki farklı protokole göre yapılmıştır. İsopropanol fazına kadar çalışma (a) oda ısısında (20-22°C) ve (b) buz üzerinde (0-4°C) yapılmıştır. RNA kalitesi spektrofotometrik olarak, optik dansite (OD) ölçümü ile yapılmıştır (OD260 nm/OD280 nm > 1.7). RNA bütünlüğü agaroz jel elektroforezi ile kontrol edilmiştir. Elektroforezis sonuçlarına göre (a) protokolüne göre 28s, 18s ve 5s rRNA bantlar gözlenirken, (b) protokolüne göre çoğu zaman degrade RNA bantları gözlenmiştir. Total RNA konsantrasyonu (b) protokolüne göre belirgin ölçüde yüksek bulunurken, (a) protokolüne göre saflığı ve bütünlüğü çok iyi kaliteli RNA elde edilmiştir. Elde edilen total RNA’dan cDNA dönüşümü yapılarak PCR yapılmıştır. RT-PCR ürünleri (a) protokolüne göre izole edilen RNA’dan başarıyla elde edilmiştir. (a) protokolü, inek plasentomunun total, maternal ve fetal dokularından, hiçbir saflaştırma kiti kullanmadan, yüksek-kalite RNA izolasyonu için ekonomik ve tekrar edilebilir bir metod olduğunu göstermektedir

Keywords

Plasentom, inek, Trizol, RNA

References

• Chirgwin, J.M., Praybyla, A.E., MacDonald, R.J., Rutter, W.J. 1979. Isolation of biologically active ribonucleic acid from sources enriched in ribonuclease. Biochemistry. 18: 5293–5294.
• Chomczynski, P. 1993. A reagent for the single- step simultaneous isolation of RNA, DNA and proteins from cell and tissue samples. BioTechniques. 15: 532-537.
• Chomczynski, P., Sacchi, N. 1987. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. Anal Biochem. 162: 156-159.
• Chomczynski, P., Sacchi, N. 2006. The single- step method of RNA isolation by acid guanidinium extraction: twenty-something years on. Nature Protocols. 1(2): 581-585.
• Hummon, B.A., Lim, R.S., Difilippantonio, M.J., Ried, T. 2007. Isolation and solubilization of proteins after TRIZOL® extraction of RNA and DNA from patient material following prolonged storage. BioTechniques. 42: 467-472.
• Ince, A.G., Karaca, M. 2009: TheMAGi RNA extractionmethod: a highly efŞcient and simple procedure for fresh and dry plant tissues. J Sci Food Agric. 89: 168–176.
• Jahn, C.E., Charkowski, A.O., Willis, D.K. 2008. Evaluation of isolation methods and RNA integrity for bacterial RNA quantitation. Journal of Microbiological Methods, 75: 318-324.
• Krosting. J., Latham, G. 2005. RNase activity in mouse tissue: classification, hierarchy, and methods for control. Ambion TechNotes, 12, Austin, TX: Ambion,
• Li, D., Ren, W., Wang, X., Wang, F., Gao, Y., Ning, Q., Han, Y., Song, T., Lu, S. 2009. A modified method using TRIzol reagent and liquid nitrogen produces high-quality RNA from rat pancreas. Appl Biochem Biotechnol, 158: 253- 261.
• Maugh, K. 2006. Modification of the Standard Trizol-Based Technique Improves the Integrity of RNA Isolated from RNase-Rich Placental Tissue. Clinical Chemistry, 52: 159-160
• Wan, C.H., Wilkins, T.A. 1994. A modified hot borate method significantly enhances the yield of high-quality RNA from cotton (Gossypium hirsutum L.). Anal Biochem, 223: 7-12.
• Wu, Y., Llewellynn, D.J., Dennis, E.S. 2002. A Quick and Easy Method for Isolating Good- Quality RNA From Cotton (Gossypium hirsutum L.)Tissues. Plant Molecular Biology Reporter 20: 213–218.