Research Article
Fırat ve Dicle Nehri’nde Yaşayan Barbus grypus (Heckel, 1843) Populasyonlarında Genetik Çeşitliliğin mtDNA COI Gen Dizileri Kullanılarak Belirlenmesi
Abstract
Barbus grypus (Heckel, 1843) Fırat ve Dicle nehir sistemlerinde yaşayan ve
ekonomik önemi olan endemik balık türlerden biridir. Bu çalışmada, B. grypus populasyonlarında
mitokondriyal DNA sitokrom c oksidaz altünite I (mtDNA COI) gen bölgesinin dizi
analizlerine dayalı genetik çeşitlilik belirlenmiştir. İki populasyondan toplam 36 örnek alınıp iki değişken bölge ve üç
haplotip tespit edilmiştir. Ortalama haplotip (h) ve nükleotit çeşitliliği (π)
sırasıyla 0,246 ve 0,00045 olarak hesaplanmıştır. Nötralite testleri sonucunda tüm değerler
istatistiksel olarak önemsiz bulunmuştur (p>0.10). Yapılan bu çalışmadaki sonuçlar
B. grypus türü için ilk kez elde
edilmiş verilerdir. mtDNA COI gen bölgesi için belirlenen haplotipler literatür
açısından yeni sonuçlar olup, bu türün genetik çeşitliliği açısından önemli bir
veri seti oluşturmuştur.
References
- Ward, R. D.,Genetics in fisheries management,191–201,2000,420
- Tajima, F,The amount of DNA polymorphism maintained in a finite population when the neutral mutation rate varies among sites,1457-1465,1996,143
- Rozas, J., Sanchez-DelBarrio, J. C., Messeguer , X. ve Rozas, R,DnaSP DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods,2496–2497,2003,19
- Ortega-Villaizan Romo, M., Suzuki, S., Nakajima, M. ve Taniguchi, N,Genetic evolution of inter individual relatedness for broodstock management of the rare species barfin flounder Verasper moseri using microsatellite DNA markers,33–39,2006,72
- Olgunoğlu, M. P. ve Olgunoğlu, İ. A,Seasonal variation of trace elements in muscle tissues of two commercially valuable freshwater fish species (Silurus triostegus and Barbus grypus Heckel, 1843) from Atatürk Dam Lake (Turkey),6628-6632,2011,10
- Olgunoğlu, İ. A., Olgunoglu, M. P. ve Artar, E,Seasonal changes in biochemical composition and meat yield of Shabut (Barbus grypus, Heckel 1843).,181-187,2010,10
- Oymak, S. A., Doğan, N. ve Uysal, E,Age, growth and reproduction of the Shabut Barbus grypus (Cyprinidae) in Atatürk Dam Lake (Euphrates River), Turkey,145-152,2008,32
- Nei, M.,Molecular evolutionary genetics,Columbia University Press,New York,1987
- Nei, M. ve Li, W. H,Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases,5269–5273,1979,76
- Keskin, E. ve Atar, H. H,Türkiye'nin Akdeniz Kıyısındaki Mavi Yengeç (Callinectes sapidus) Populasyonları Arasındaki Genetik Farklılığın COI Gen Dizleri Kullanılarak Değerlendirilmesi,125-131,2012,6
- Gökçınar, N. C,Şabot (Bıyıklı Balık) (Tor grypus H. 1843) Balığı Yavru Yemlerine Balık Unu Yerine Farklı Oranlarda Azolla (Azolla Sp.) İlavesinin büyüme Parametrelerine Etkisi,Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü,2010
- Fu, Y. X,Statistical tests of neutrality against population growth, hitchiking and background selection,915-925,1997,47
- Düşükcan, M., Çalta, M. ve Eroğlu, M,Keban Baraj Gölü’nde yaşayan B. grypus Heckel, 1843’de otolit Biyometrisi-Balık Boyu İlişkisi (Elazığ, Türkiye).,21-29,2015,15
- Doğu, Z., Aral, F. ve Şahinöz, E.,Atatürk Baraj Gölü’ndeki (Şanlıurfa) Şabut Balığının Bazı Spermatolojik ve Hematolojik Özelliklerinin Belirlenmesi,265- 277,2014,8
- Darabi, A. R., Kashan, N., Fayazi, J., Aminafshar, M. ve Chamani, M,Investigation of Phylogenetic Relationship Among two Barbus species (Cyprinidae) Populations with Mitochondrial DNA Using Pcr-Sequencing,302-311,2015,4
- Darabi, A. R., Kashan, N., Fayazi, J., Aminafshar, M. ve Chamani, M,Phylogenetic relationships of sub- populations of Barbus sharpeyi fish in southwest of Iran using mitochondrial DNA with PCR-sequencing method,41-46,2014,5
- Croos, D. M. ve Palsson, S.,Mitochondrial DNA variation and population genetic structure of white shrimp Fenneropenaeus indicus along the coastal belt of Sri Lanka,315–32,2010,23
- Avise, J. C,Phylogeography,Harvard University Press,London,2000
- Avise, J. C., Arnold, J., Ball, R. M., Bermingham, E., Lamb, T., Neigel, J. E., Reeb, C. A. ve Saunders, N,Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA bridge between population genetics and systematics,489–522,1987,18
Determination of Genetic Diversity in Barbus grypus Heckel, 1843 Populations by mtDNA COI Gene Sequences
Abstract
Barbus grypus (Heckel,
1843) living in the Euphrates and Tigris river system, is one of the endemic
fish species and has economic importance. In this study, genetic diversity of B. grypus populations was detected based
on mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (mtDNA COI) gene sequences.
Three haplotypes and two polymorphic sites were detected in totally 36
individuals sampled from two populations. The average haplotype diversity (h) and nucleotide diversity (π)
were calculated 0,246 and 0,00045 respectively. The result of
Neutrality tests as statistically was insignificant (p>0.10). The results
obtained by this study performed firstly for Barbus grypus species. Determined haplotypes for mtDNA COI gene
region are new results for literature, in terms of genetic diversity of this
species is an important data set.
References
- Ward, R. D.,Genetics in fisheries management,191–201,2000,420
- Tajima, F,The amount of DNA polymorphism maintained in a finite population when the neutral mutation rate varies among sites,1457-1465,1996,143
- Rozas, J., Sanchez-DelBarrio, J. C., Messeguer , X. ve Rozas, R,DnaSP DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods,2496–2497,2003,19
- Ortega-Villaizan Romo, M., Suzuki, S., Nakajima, M. ve Taniguchi, N,Genetic evolution of inter individual relatedness for broodstock management of the rare species barfin flounder Verasper moseri using microsatellite DNA markers,33–39,2006,72
- Olgunoğlu, M. P. ve Olgunoğlu, İ. A,Seasonal variation of trace elements in muscle tissues of two commercially valuable freshwater fish species (Silurus triostegus and Barbus grypus Heckel, 1843) from Atatürk Dam Lake (Turkey),6628-6632,2011,10
- Olgunoğlu, İ. A., Olgunoglu, M. P. ve Artar, E,Seasonal changes in biochemical composition and meat yield of Shabut (Barbus grypus, Heckel 1843).,181-187,2010,10
- Oymak, S. A., Doğan, N. ve Uysal, E,Age, growth and reproduction of the Shabut Barbus grypus (Cyprinidae) in Atatürk Dam Lake (Euphrates River), Turkey,145-152,2008,32
- Nei, M.,Molecular evolutionary genetics,Columbia University Press,New York,1987
- Nei, M. ve Li, W. H,Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases,5269–5273,1979,76
- Keskin, E. ve Atar, H. H,Türkiye'nin Akdeniz Kıyısındaki Mavi Yengeç (Callinectes sapidus) Populasyonları Arasındaki Genetik Farklılığın COI Gen Dizleri Kullanılarak Değerlendirilmesi,125-131,2012,6
- Gökçınar, N. C,Şabot (Bıyıklı Balık) (Tor grypus H. 1843) Balığı Yavru Yemlerine Balık Unu Yerine Farklı Oranlarda Azolla (Azolla Sp.) İlavesinin büyüme Parametrelerine Etkisi,Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü,2010
- Fu, Y. X,Statistical tests of neutrality against population growth, hitchiking and background selection,915-925,1997,47
- Düşükcan, M., Çalta, M. ve Eroğlu, M,Keban Baraj Gölü’nde yaşayan B. grypus Heckel, 1843’de otolit Biyometrisi-Balık Boyu İlişkisi (Elazığ, Türkiye).,21-29,2015,15
- Doğu, Z., Aral, F. ve Şahinöz, E.,Atatürk Baraj Gölü’ndeki (Şanlıurfa) Şabut Balığının Bazı Spermatolojik ve Hematolojik Özelliklerinin Belirlenmesi,265- 277,2014,8
- Darabi, A. R., Kashan, N., Fayazi, J., Aminafshar, M. ve Chamani, M,Investigation of Phylogenetic Relationship Among two Barbus species (Cyprinidae) Populations with Mitochondrial DNA Using Pcr-Sequencing,302-311,2015,4
- Darabi, A. R., Kashan, N., Fayazi, J., Aminafshar, M. ve Chamani, M,Phylogenetic relationships of sub- populations of Barbus sharpeyi fish in southwest of Iran using mitochondrial DNA with PCR-sequencing method,41-46,2014,5
- Croos, D. M. ve Palsson, S.,Mitochondrial DNA variation and population genetic structure of white shrimp Fenneropenaeus indicus along the coastal belt of Sri Lanka,315–32,2010,23
- Avise, J. C,Phylogeography,Harvard University Press,London,2000
- Avise, J. C., Arnold, J., Ball, R. M., Bermingham, E., Lamb, T., Neigel, J. E., Reeb, C. A. ve Saunders, N,Intraspecific phylogeography: the mitochondrial DNA bridge between population genetics and systematics,489–522,1987,18
There are 19 citations in total.
Details
| Journal Section | Research Articles |
|---|---|
| Authors | |
| Publication Date | January 2, 2017 |
| Published in Issue | Year 2017 Volume: 17 Issue: 1 |