trnL İntron ve trnL-F Bölgeleri ile Van İlinde Bulunan Orkide (Orchidaceae) Türlerinin Filogenetik İlişkisinin Belirlenmesi
Abstract
Van ilinde doğal olarak yayılış gösteren Orkide (Orchis) cinsine ait dokuz türün filogenetik ilişkisi kloroplast DNA’sında bulunan trnL intron ve trnL-F IGS bölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Aynı cinse ait diğer türlerle olan evrimsel ilişkileri de göstermek için farklı türlerin DNA sekansları NCBI veri tabanından alınarak analize dahil edilmiştir. Her bir tür için ikili okuma yapılarak en doğru DNA sekansı alınmış ve bunlar hizalanarak Maximum Likelihood (ML) methodu ile filogenetik ağaçlar çizdirilmiştir. trnL-F bölgesinde varyasyon çok daha az olmasına rağmen elde edilen ağaç topolojileri oldukça benzerdir. Heriki ağaçta da altcinsler (Orchis, Anacamptis ve Neotinea) farklı kladlarda yer almış ve alt seksiyon seviyesinde tür ayrımı yapılabilmiştir. Çalışma sonunda Anacamptis ve Neotinea altcinslerinde bulunan türlerin taksonomik pozisyonunun değiştirilerek cins seviyesine çıkarılması gerektiği sonucuna varılmıştır.
References
- Aceto, S., Caputo, P., Cozzolino, S., Gaudio, L., and Moretti, A., 1999. Phylogeny and evolution of Orchis and allied genera based on ITS DNA variation: morphological gaps and molecular continuity. Molecular Phylogenetics and Evolution 13: 67-76.
- Aceto, S., Caputo, P., Gaudio, L., Nazzaro, R., and Cozzolino, S., 2000. Molecular approach to the identification and characterization of natural hybrids between Orchis pauciflora and Orchis quadripunctata (Orchidaceae). Botanica Helvetica 110: 31-39.
- Altundag, E., and Sevgi, E., 2010. Vegetative anatomy of Orchis italica Poiret. (Orchidaceae) in Turkey. XIII OPTIMA Meeting Proceedings, 22-26.
- Atwood, JT., 1986. The size of the Orchidaceae and the systematic distribution of epiphytic orchids. Selbyana 9: 171-186.
- Aybeke, M., Sezik, E., and Olgun, G., 2009. Vegetative anatomy of some Ophrys, Orchis and Dactylorhiza (Orchidaceae) taxa in Thrace region of Turkey. Flora 205: 73-89.
- Bateman, RM., Pridgeon, A.M., and Chase, M.W., 1997. Phylogenetics of subtribe Orchidine (Orchidoideae, Orchidaceae) based on nuclear ITS sequences. 1. Infrageneric relationships and reclassification to achieve monophyly of Orchis sensu stricto. Lindleyana 12: 113-141.
- Bateman, R.M., Hollingsworth, P.M., Preston, J., Luo, Y.B., Pridgeon, A.M., and Chase, M.W., 2003. Molecular phylogenetics and evolution of Orchidinae and selected Habenariinae (Orchidaceae). Botanical Journal of the Linnean Society 142: 1-40.
- Cozzolino, S., Aceto, S., Caputo, P., Nazzaro, R., and Gaudio, L., 1998. Phylogenetic relationships in Orchis and some related genera: an approach using chloroplast DNA. Nordic Journal of Botany 18: 79-87.
- Cozzolino, S., Aceto, S., Caputo, P., Widmer, A., and Dafni, A., 2001. Speciation processes in eastern Mediterranean Orchis s.l. species: molecular evidence and the role of pollination biology. Israel Journal of Plant Sciences 49: 91-103.
- Doyle, J.J., and Doyle, J.L., 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin 19: 11-15.