Comparative analysis of the genomic DNA isolation methods on some Silene L. Caryophyllaceae

Abstract

In this study, genomic DNA isolation methods on six taxa belonging to two different sections of the aromatic plant genus Silene L. Caryophyllaceae were investigated. The gDNA isolation methods were investigated on two taxa from the section Brachypodeae Boiss. S. leptoclada Boiss. and Silene balansae Boiss. and four taxafrom the section Auriculatae Boiss. S. araratica Schischk.subsp. araratica, S. lucida Chowdh.subsp. lucida, S. oligotricha Hub.-Mor. and S. caucasica Bunge Boiss. . During the study, Phenol-chloroform-isoamyl alcohol isolation procedure and Sigma DNA isolation commercial kit protocol were used. Purity and the amount of obtained gDNAs were determined via gel electrophoresis and spectrophotometry A260/A280 . Based on the results of the taxa studied, Phenolchloroform-isoamyl alcohol isolation procedure was found as the method yielding the highest amount of the DNA as ng in 1 stock

Keywords

• Genomic DNA isolation,Silene,Phenol-chloroform-isoamyl alcohol,commercial kit

Genomik DNA izolasyon metotlarının bazı Silene L. Caryophyllaceae taksonları üzerinde karşılaştırmalı analizi

Abstract

Bu çalışmada aromatik bitkilerden Silene L. Caryophyllaceae cinsinin iki farklı seksiyonuna ait altı taksonu üzerinde genomik DNA izolasyon metotları araştırılmıştır. Brachypodeae Boiss. seksiyonundan 2 takson S. leptoclada Boiss. ve S. balansaeBoiss. ve Auriculatae Boiss. seksiyonundan ise 4 takson üzerinde S. araratica Schischk subsp. araratica, S. lucida Chowdh.subsp. lucida, S. oligotricha Hub.-Mor . ve S. caucasica Bunge Boiss. genomik DNA izolasyon metotları araştırılmıştır. Çalışma süresince, Fenol-kloroform-izoamilalkol izolasyon protokolü ve ticarî DNA izolasyon kiti kullanılmıştır. Elde edilen genomik DNA örneklerinin miktarları ve saflık dereceleri jel elektroforezi ve spektrofotometre A260 / A280 ölçümleriyle belirlenmiştir. Taksonlar üzerinde yapılan çalışmanın sonuçlarına göre, 1 µl stokda ng cinsinden en çok genomik DNA elde edilmesini sağlayan yöntemin Fenol-kloroformizoamilalkol olduğu görülmüştür

Keywords

• Genomik DNA izolasyonu,Silene,fenol-kloroform-izoamilalkol,ticari kit

References

1. Aydın, S.Ö., Köçkar, F. 2008. Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin Satureja (labiatae) türlerinde uygulanması. BAÜ FBE Dergisi. 1:52-60.
2. Baytop, T. 1999. Türkiye’de Bitkilerle Tedavi, Nobel Tıp Kitabevleri, s:209-210.
3. Bozkaya, F. 2012. DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi.Harran Üniv Vet Fak Derg, 1(2):92-96.
4. Desfeux, C., S. Maurice, J.-P. Henry, B. Lejeune, and P.-H. Gouyon. (1996) Evolution of reproductive systems in the genus Silene. Proceedings. Biological Sciences/ The Royal Society 263: 409-414.
5. Hogan, S. 2004. Flora, A Gardener’s Encyclopedia, Volume 2, Gordon Cheers publishing, Sayfa:1340-1341.
6. Kabilan M., Arun, B., Saraswathy,N., Ramalingam, P.2009. Comparative study on efficiency of genomic DNA Extraction methods in edible mushrooms. Advanced Bio Tech, 8:23-24.
7. Korkmaz, M., Özçelik, H. 2012. Habitat properties of annual Gypsophila L. (Caryophyllaceae) taxa of Turkey. Biodicon. 5/1 (2012) 11-22.
8. Kandemir, A., Genç, GE, Genç, İ. 2009. Silene dumanii (Caryophyllaceae), a new species from East Anatolia, Turkey. Ann. Bot. Fennici 46:71-74.

9. Melzheimer V (1988). Silene L. In: Rechinger KH (ed.), Flora Iranica, Vol. 163, pp. 341-508, Austria: Graz.
10. Bittrich V (1993). Caryophyllaceae. In: Kubitzki K, Rohwer J & Bittrich V (eds.), The Families and Genera of Vascular Plants, Vol. 2, Magnoliid, Hamamelid and Caryophyllid Families, p. 233. Springer Verlag, Berlin, Germany.
11. Budak, Ü. & Koç, M.(2010). Silene hamzaoglui ( Caryophyllaceae), a new species from Çekerek ( Yozgat, Turkey). Turk J Bot. 35: 285-289.
12. Kılıç, S. & Özçelik, H. (2008). Taxonomic Revision of Silene L. Sect. Brachypodeae ( Boiss.) Chowdhuri ( Caryophyllaceae). International Journal of Natural and Engineering Sciences 2 (2): 59-63.
13. Havey, M.J. 1991. Phylogenetic relationships among cultivated Allium species from restriction enzyme analysis of chloroplast genome”, Theor. Appl. Genet. 81:752.
14. Yang, X., Quiros, C. 1993. Identification and classification of celery cultivars with RAPD markers. Theor. Appl. Genet.86:205.
15. Aydın, S.Ö., Köçkar, F. 2008. Farklı genomik dna izolasyon yöntemlerinin Satureja (labiatae) türlerinde uygulanması. BAÜ FBE Dergisi. 1:52-60.
16. Şimşek, Ö.,Karaat, F.E., Serçe, S., Kaçar, Y.A. 2008. Bazı Meyve Türlerinde Dna İzolasyon Yöntemlerinin Etkinliğinin Karşılaştırılması. Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 25(1):59-69.
17. Dellaporta, S.L., Wood, J., and Hicks, J.B., A Plant DNA Minipreparation: Version Ii . Plant Molecular Biology Reporter, 1/4, (1983) 19-21.
18. Sambrook, J. ,Russell, D.W., Maniatis, T, Molecular Cloning A Laboratary Manual. 2ndedition Cold Spring Harbor Laboratory Press Cold Spring Harbor, N. Y. (1989).
19. Yıldız, K., Çırpıcı, A.H. 2013. Taxonomic revision of Silene (Caryophyllaceae) sections Siphonomorpha, Lasiostemones, Sclerocalycinae, Chloranthae, Tataricae, and Otites in Turkey. Turkish Journal of Botany 37:191-218.