Yıl 2019, Cilt 8 , Sayı 3, Sayfalar 826 - 834 2019-09-30

Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi

Kerem ÖZDEMİR [1] , Dilara Hande ÜNAL [2]


Bu çalışmada, Sakarya ili sınırlarında bulunan Sapanca Gölü havzası toprak ve sedimentlerinden Streptomyces cinsi bakterileri izole edilerek karakterizasyon ve teşhisi yapılmıştır. Toplam 6 farklı lokaliteden alınan 12 toprak numunesinin fiziko-kimyasal analizleri yapılmış ve pH’larının 6,12 ile 7,58 değerleri arasında olduğu saptanmıştır. Saflaştırılan 60 Streptomyces izolatı havasal, misel ve difüziye pigment rengi esas alınarak 4 ana gruba ayrılmıştır. Streptomyces izolatlarına, antibiyotik duyarlılığı, degredasyon aktivitesi, büyüme, azot ve karbon kaynağı kullanımı testleri uygulanmıştır. Tüm izolatların fenotipik ve biyokimyasal karakterleri belirlenerek IDENTAX bilgisayar programına bu veriler aktarılmış, cins içerisindeki pozisyonları belirlenerek teşhisleri yapılmıştır. Teşhis edilenler türler arasında Streptomyces cyaneus, Streptomyces filipinensis, Streptomyces exfoliatus, Streptomyces chromogenus, Streptomyces chromofuscus, Streptomyces griseoruber, Streptomyces antibioticus, Streptomyces lydicus, Streptomyces lavendulae ve Streptomyces purpureus türleri bulunmaktadır. Teşhisleri tamamlanan Streptomyces izolatlarının test sonuçları MVSP 3.2 bilgisayar programı ile birbirleri arasındaki benzerlik dendogramları oluşturulmuştur. Renk kümelerini temsilen seçilen 4 suşun DNA izolasyon ve dizi analizleri yapılmış ve 27F ile 1492R evrensel primerleri kullanılarak 16S rDNA geni kısmi olarak PCR ile çoğaltılmıştır. Bu dört bakterinin GenBank veri tabanındaki türlerle olan akrabalık dereceleri ve genetik pozisyonları dendogramlar şeklinde ortaya konmuştur.

Streptomyces, 16S rDNA
  • 1. Seipke, R., Kaltenpoth, M., Hutchings, M., 2012. Streptomyces as symbionts: an emerging and widespread theme. FEMS Microbiology Reviews, 36(4): 862-876.
  • 2. Bérdy, J., 2005. Bioactive microbial metabolites. Journal of Antibiotics, 58: 1–26.
  • 3. Hopwood, D., 2004. New Drugs by Manipulating Streptomyces genes. Microbiology Today, 34: 64–65.
  • 4. Goodfellow, M., Erika, Q., Katarzyna, W., Pawel, M., Abdalla, O., Ahmed, F., Mohamed, H., Jolanta, Z., 2007. Streptomyces sudanensis sp. nov., a new 76 pathogen isolated from patients with actinomycetoma. Antonie Van Leeuwenhoek., 22: 18157699.
  • 5. Chater, KF., Losick, R., 2001. Mycelial life style of Streptomyces coelicolor A3(2) and its relatives. In Bacteria as Multicellular Organisms (Edited by J.A. Shapiro, M. Dworkin). Oxford Univ. Press, Newyork. 149–82.
  • 6. Kutzner, K., J., 1981. The family Streptomycetaceae. In: Starr MP, Stolp H, Tr_per HG, Balows A, Schlegel HG (eds) The prokaryotes, A Handbook on Habitats, Isolation, and Identification of Bacteria, vol. 2, Springer-Verlag, New York. 2028-2090.
  • 7. Williams, S.T., Goodfellow, M., Alderson, G., 1989. Genus Streptomyces Waksman and Henrici. In Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, vol. 4 (edited by Williams, Sharpe, Holt). Williams & Wilkins, Baltimore, pp. 2452–2492.
  • 8. Newman, D.J., Cragg, G.M., Snader, K.M. 2003. Natural Products as sources of new drugs over the period 1981–2002. Journal of Natural Products, 66: 1022–1037.
  • 9. Shirling, E.B., Gottlieb, D., 1966. Methods for characterization of Streptomyces species. International Journal of Systematic Bacteriology, 16: 313-340.
  • 10. Szabo, I. M., Marton, M., Buti, I., Fernandez, C. A., 1975. Diagnostic key for the identification of species of Streptomyces and Streptoverticillium included in the International Streptomyces project. Acta Bot Acad Sci Hung 21:387–418.
  • 11. Holt, J. G., Krieg, N. R., Sneath, P. H. A. , Staley, J. T., Williams, S. T., 1994. Bergey’s manual of determinative bacteriology. 9th ed. Baltimore: The Williams & Wilkins Co.
  • 12. Nitsch, B., Kutzner H. J., 1969. Egg-yolk as a diagnostic medium for Streptomycetes. Experientia 25:113–6.
  • 13. Ausubel, F. M., Brent, R., Kingston, R. E., Moore, D. D., Seidman, J. G., Smith, J. A., & Struhl, K. (1994): Current protocols inmolecular biology. John Wiley and Sons, New York. 2.0.1–2.14.8.
  • 14. Lane D. J., 1991. 16S/23S rRNA sequencing. In Nucleic Acid Techniques in Bacterial Systematics, pp. 115––175.
  • 15. Awla, F. M., Ozdemir, K., Ertas, M., 2017. Irak-Erbil'den Alınan Bazı Toprak Numunelerinden Streptomyces Bakterilerinin İzolasyonu, Ekstraselüler Hidrolitik Enzim Kabiliyetlerinin Belirlenmesi ve 16S rDNA Analizi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi/ Journal of the Institute of Natural & Applied Sciences 22 (2): 132-138.
  • 16. Williams, S. T., Goodfellow, M., Aldersons, G., Wellington, E. M. H., Sneath, P. H. A., Sackin, M. J., 1983a. Numerical Classification of Streptomyces and Related Genera. Journal of General Microbiology, 129: 1743-1813.
  • 17. Williams, S. T., Goodfellow, M., Wellington, E. M. H., Vickers, J. C., Aldersons, G., Sneath, P. H. A., Sackin, M. J. Mortimer, A. M., 1983b. A probability matrix for identification of some Streptomycetes. Journal of Genera Microbiology, 129: 1815- 1830.
  • 18. Özdemir, K., 2008. Lens orientalis (Boiss.) Hand & Mazz ve Cicer anatolicum Alef. Rizosferinden Streptomyces türlerinin izolasyonu, teşhisi ve karakterizasyonu. Doktora tezi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Van.
  • 19. Ausubel, F., M., Brent, R., Kingston, R., E., Moore, D., D., Seidman, J., Smith, G., J., A., Struhl, K., 1994. In: Current Protocols in Molecular Biology, Wiley, New York, 2.1.1–2.1.3.
  • 20. Kim, B., Sahin, N., Minnikin, D., E., Zakrzewska-Czerwinska, J., Mordarski, M., Goodfellow, M., 1999. Classification of thermophilic Streptomyces, including the description of Streptomyces thermoalkalitolerans sp. nov. International Journal of systematic Bacteriology, 49: 7-17.
  • 21. Rintala, H., Nevalainen, A., Ro¨nka, E., Suutar, M., 2001. PCR primers targeting the 16S rRNA gene for the specific detection of streptomycetes. Molecular and Cellular Probes (15): 337–347.
  • 22. Lanoot B, Vancanneyt, M., Bart, H., Vandemeulebroecke, K., 2005. Grouping of Streptomycetes using 16S-ITS RFLP fingerprinting. Research in Microbiology (156) 755–762.
  • 23. Sembiring, L., Goodfellow, M., 2008. Ecological approach to unravel Streptomycete diversity as an unsurpassed sources of natural bioactive products. Microbiology Indonesia. Volume 2, Number 2. 49-56.
  • 24. Atalan, E., Manfio, G., P., Ward, A., C., Kroppenstedt, R., M., Goodfellow, M., 2000. Biosystematic studied on novel Streptomycetes from soil. Antonie van Leeuwenhoek, 77: 337-353.
  • 25. Langham, C., D., Williams, S.,T., Sneath, P., H., A., Mortimer, A., M., 1989. New probability matrices for identification of Streptomyces. Journal of General Microbiology, 135: 121– 133.
Birincil Dil tr
Konular Fen
Bölüm Araştırma Makalesi
Yazarlar

Yazar: Kerem ÖZDEMİR (Sorumlu Yazar)
Kurum: BANDIRMA ONYEDİ EYLÜL ÜNİVERSİTESİ
Ülke: Turkey


Yazar: Dilara Hande ÜNAL
Kurum: YÜZÜNCÜ YIL ÜNİVERSİTESİ, FEN FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 30 Eylül 2019

Bibtex @araştırma makalesi { bitlisfen539750, journal = {Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi}, issn = {2147-3129}, eissn = {2147-3188}, address = {}, publisher = {Bitlis Eren Üniversitesi}, year = {2019}, volume = {8}, pages = {826 - 834}, doi = {10.17798/bitlisfen.539750}, title = {Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi}, key = {cite}, author = {ÖZDEMİR, Kerem and ÜNAL, Dilara Hande} }
APA ÖZDEMİR, K , ÜNAL, D . (2019). Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi. Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi , 8 (3) , 826-834 . DOI: 10.17798/bitlisfen.539750
MLA ÖZDEMİR, K , ÜNAL, D . "Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi". Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi 8 (2019 ): 826-834 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/bitlisfen/issue/49103/539750>
Chicago ÖZDEMİR, K , ÜNAL, D . "Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi". Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi 8 (2019 ): 826-834
RIS TY - JOUR T1 - Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi AU - Kerem ÖZDEMİR , Dilara Hande ÜNAL Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.17798/bitlisfen.539750 DO - 10.17798/bitlisfen.539750 T2 - Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 826 EP - 834 VL - 8 IS - 3 SN - 2147-3129-2147-3188 M3 - doi: 10.17798/bitlisfen.539750 UR - https://doi.org/10.17798/bitlisfen.539750 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi %A Kerem ÖZDEMİR , Dilara Hande ÜNAL %T Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi %D 2019 %J Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi %P 2147-3129-2147-3188 %V 8 %N 3 %R doi: 10.17798/bitlisfen.539750 %U 10.17798/bitlisfen.539750
ISNAD ÖZDEMİR, Kerem , ÜNAL, Dilara Hande . "Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi". Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi 8 / 3 (Eylül 2019): 826-834 . https://doi.org/10.17798/bitlisfen.539750
AMA ÖZDEMİR K , ÜNAL D . Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi. Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi. 2019; 8(3): 826-834.
Vancouver ÖZDEMİR K , ÜNAL D . Sapanca Gölü (Sakarya) Havzası Toprak ve Sedimentlerinden Streptomyces Cinsi Bakterilerin İzolasyonu, Karakterizasyonu ve Teşhisi. Bitlis Eren Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi. 2019; 8(3): 834-826.