Yıl 2019, Cilt 14 , Sayı 1, Sayfalar 165 - 178 2019-05-31

Calculations of Charge Transfer with DNA bases and Local and Global Chemical Activity by Computational Chemistry Method of (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromotricyclo[6.2.1.02,7]undeca-2,4,6-triene
(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini

Zeynep DEMİRCİOĞLU [1] , Cem Cüneyt ERSANLI [2]


All the theoretical calculations of molecular structure were calculated by Gaussian 09 program with B3LYP density functional model with 6-311G(d,p) basis set. The aim of this paper is survey the local and global chemical activity parameters to identify the electrophilic and nucleophilic nature of title compound. Electrophilic and nucleophilic nature is determined by hardness and softness parameters, MEP, net charges (MPA and NPA), Fukui functions. In the molecular systems of quantum chemistry, NBO analyis is used to examine the stabilization energy of E(2), conjugate interactions and charge transfer. ECT (electrophilicity-based charge transfer) method examines the electrophilic and nucleophilic nature of the molecule and DNA bases, taking into account their interactions with ΔN, (charge transfer), parameter. Also, the nonlinear optical properties (NLO) were determined by dipol moment, polarizability and first order hyperpolarizibility parameters.

Moleküler yapıya ait tüm kuramsal hesaplamalar Gaussian 09 program kullanılarak B3LYP yoğunluk fonksiyoneli ve 6-311G(d,p) baz seti ile hesaplanmıştır. Bu çalışmanın amacı lokal ve global kimyasal aktivite parametrelerini inceleyerek yapının elektrofilik ve nükleofilik doğasını anlamaktır. Elektrofilik ve nükleofilik doğa, sertlik ve yumuşaklık parametreleri, MEP, net yükler (MPA ve NPA) ve Fukui fonksiyonları ile belirlenmektedir. Kuantum kimyasına ait moleküler sistemlerde NBO analizi, stabilizasyon enerjisi E(2), konjüge etkileşimler veya yük transferini incelemek için etkin bir yöntemdir. ECT (elektrofilik-bazlı yük transferi) yönteminde DNA bazları ve çalışılan molecule ait yük geçişleri ΔN yük transfer parametresi hesaplanarak belirlenmektedir. Bunların yanısıra, yapıya ait lineer olmayan optik, (Non Linear Optical, NLO), özellikler dipol moment, kutuplanabilirlik ve hiperkutuplanabilirlik parametreleri ile belirlenmiştir.

  • C.C. Ersanlı, U. Çoruh, T. Hökelek, E.M. Va´zquez-Lo´pez and A. Daştan, “(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromotricyclo[6.2.1.02,7]undeca-2,4,6-triene,” Acta Cryst., E61, o263-o265, 2005.
  • M.J. Frisch, G.W. Trucks, H.B. Schlegel, G.E. Scuseria, M.A. Robb, J.R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G.A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H.P. Hratchian, A.F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J.L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J.A. MontgomeryJr., J.E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J.J. Heyd, E. Brothers, K.N. Kudin, V.N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J.C. Burant, S.S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J.M. Millam, M. Klene, J.E. Knox, J.B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R.E. Stratmann, O. Yazyev, A.J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J.W. Ochterski, R.L. Martin, K. Morokuma, V.G. Zakrzewski, G.A. Voth, P. Salvador, J.J. Dannenberg, S. Dapprich, A.D. Daniels, O. Farkas, J.B. Foresman, J.V. Ortiz, J. Cioslowski, ve D.J. Fox, Gaussian 09, Revision E.01, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009.
  • D.J.G.S.K. Wolff, J.J. McKinnon, M.J. Turner, D. Jayatilaka, and M.A. Spackman, CrystalExplorer, 2012, Version3.1.
  • T. Samanta, L. Dey, J. Dinda, S.K. Chattopadhyay, and S.K. Seth, “Structural characterization and Hirshfeld surface analysis of a CoIIcomplex with imidazo [1,2-a] pyridine,” J. Mol. Struct., 1068, 58-70, 2014.
  • N.G. Haress, A. El-Emam, O.A. Al-Deab, C.Y. Panicker, A. Al-Saadi, C. Van Alsenols, and J. Ahmad War, “Vibrational spectroscopic and molecular dockings tudy of 2-benzylsulfanyl-4-[(4-methylphenyl)-sulfanyl]-6-pentylpyrimidine-5-carbonitrile, a potential chemo the rapeutic agent,” Spectrochim. Acta A, 137, 569-580, 2015.
  • R.S. Mulliken, “Electronic population analysis on LCAO-MO molecular wave functions. I.,” J. Chem. Phys., 23(10), 1833-1840, 1955.
  • W. Yang and R.G. Parr, “Hardness, softness, and the fukui function in the electronic theory of metals and catalysis,” Proc. Natl. Acad. Sci., 82, 6723-6726, 1985.
  • P.C. Mishra, et al., Molecular Electrostatic Potentials: Concepts and Applications, Theoretical and Computational Chemistry Book Series, vol. 3, Elsevier, Amsterdam, 1996.
  • A. Volkov, C. Gatti, Y. Abramov, and P. Coppens, “On the origin of topological differences between experimental and theoretical crystal charge densities,” Acta Cryst., A56, 252-258, 2000.
  • R.S.J. Mulliken, “Electronic Population Analysis on LCAO–MO MolecularWaveFunctions,” Chem. Phys., 23, 1833-1840, 1955.
  • C.C. Ersanlı, G. Kaya Kantar, and S. Şaşmaz, “Crystallographic, spectroscopic (FTIR and NMR) and quantum computational calculation studies on bis(2-methoxy-4-((E)-prop-1-enyl)phenyl)oxalate,” J. Mol. Struct., 1143, 318-327, 2017.
  • K. Bahgat and S. Fraihat, “Normal coordinateanalysis, molecularstructure, vibrational, electronicspectraand NMR investigation of 4-amino-3-phenyl-1H-1,2,4-triazole-5(4H)-thione by ab initio HF and DFT method,” Spectrochim. Acta A, 135, 1145-1155, 2015.
  • M. Çınarlı, Ç. Yüksektepe Ataol, M. Taş and H. Bati, “Synthesis, crystal structure, Hirshfeld surface and DFT studies of([Cu(3-ptp)2(p-TS)2]) from decomposition of tosyl hydrazone,” J. Mol. Struct., 1169, 59-67, 2018.
  • J.P. Foster and F. Weinhold, “Natural hybrid orbitals”, J. Am. Chem. Soc., 102, 7211-7218, 1980.
  • A.E. Reed and F. Weinhold, “Natural bond orbital analysis of near‐Hartree-Fock water dimer,” J. Chem. Phys., 78, 4066-4073, 1983.
  • A.E. Reed and F. Weinhold, “Natural localized molecular orbitals,” J. Chem. Phys,. 83, 1736-1740, 1985.
  • C. Basshard, K. Suttur, P. Pretre, M. Flörsheimer, P. Kaatz, and P. Günter, Organic nonlinear optical materials, 5th ed. John Wiley&Sons, 256, Switzerland, 1995.
  • H.S. Nalwa and S. Miyata, Nonlinear Optics of Organic Molecules And Polymers. CRC Press, p. 896, New York, 1997.
  • H. Alyar, Z. Kantarci, M. Bahat, and E. Kasap, “Investigation of torsional barriers and nonlinear optical (NLO) properties of phenyltriazines,” J. Mol. Struct., 834, 516-520, 2007.
Birincil Dil tr
Konular Fizik, Uygulamalı
Bölüm Makaleler
Yazarlar

Orcid: 0000-0001-9538-9140
Yazar: Zeynep DEMİRCİOĞLU (Sorumlu Yazar)
Kurum: FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0002-8113-5091
Yazar: Cem Cüneyt ERSANLI
Kurum: FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 31 Mayıs 2019

Bibtex @araştırma makalesi { sdufeffd542294, journal = {Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi}, issn = {}, eissn = {1306-7575}, address = {}, publisher = {Süleyman Demirel Üniversitesi}, year = {2019}, volume = {14}, pages = {165 - 178}, doi = {10.29233/sdufeffd.542294}, title = {(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini}, key = {cite}, author = {DEMİRCİOĞLU, Zeynep and ERSANLI, Cem Cüneyt} }
APA DEMİRCİOĞLU, Z , ERSANLI, C . (2019). (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi , 14 (1) , 165-178 . DOI: 10.29233/sdufeffd.542294
MLA DEMİRCİOĞLU, Z , ERSANLI, C . "(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 165-178 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/sdufeffd/issue/45380/542294>
Chicago DEMİRCİOĞLU, Z , ERSANLI, C . "(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 165-178
RIS TY - JOUR T1 - (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini AU - Zeynep DEMİRCİOĞLU , Cem Cüneyt ERSANLI Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.29233/sdufeffd.542294 DO - 10.29233/sdufeffd.542294 T2 - Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 165 EP - 178 VL - 14 IS - 1 SN - -1306-7575 M3 - doi: 10.29233/sdufeffd.542294 UR - https://doi.org/10.29233/sdufeffd.542294 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini %A Zeynep DEMİRCİOĞLU , Cem Cüneyt ERSANLI %T (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini %D 2019 %J Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi %P -1306-7575 %V 14 %N 1 %R doi: 10.29233/sdufeffd.542294 %U 10.29233/sdufeffd.542294
ISNAD DEMİRCİOĞLU, Zeynep , ERSANLI, Cem Cüneyt . "(±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 / 1 (Mayıs 2019): 165-178 . https://doi.org/10.29233/sdufeffd.542294
AMA DEMİRCİOĞLU Z , ERSANLI C . (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini. SDÜFEFFD. 2019; 14(1): 165-178.
Vancouver DEMİRCİOĞLU Z , ERSANLI C . (±)-(1SR,8RS,10RS)-9,9,10-Tribromtrisiklo[6.2.1.02,7]undeka-2,4,6-trien Molekülünün Hesaplamalı Kimya Yöntemiyle Lokal ve Global Kimyasal Aktivite ve DNA Bazları ile Yük Transferinin Tayini. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi. 2019; 14(1): 178-165.