In
this study, molecular docking studies were applied to three azo dyes,
2-[(3,5-diamino-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (A),
2-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (B) and
2-[(5-amino-3-methyl-1H-pyrazol-4-yl)diazenyl]-5-nitrobenzoic acid (C), which
synthesized in our previous studies, to investigate their potential
antibacterial properties. Modelling was performed on SwissDock web server using
EADock DSS algorithm. Docking simulations of ligands (A, B and C) were
performed into the E. coli beta-ketoacyl-acyl
carrier protein synthase III (KAS III) active site to determine the probable
binding conformations and inhibitory effects. Docking results were also
compared with triclosan used as a commercial antibacterial agent and it was
found that compound B had the best antibacterial property.
Molecular docking, Azo compound, Antibacterial properties, Protein
Bu çalışmada, önceki çalışmalarımızda sentezlediğimiz üç azo boyarmaddenin, 2 - [(3,5-diamino-1H-pirazol-4-il)diazenil]-5-nitrobenzoik asit (A), 2-[(3,5)-dimetil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (B) ve 2-[(5-amino-3-metil-1H-pirazol-4-il) diazenil]-5-nitrobenzoik asit (C), potansiyel antibakteriyel özelliklerini araştırmak için moleküler doking çalışmaları yapıldı. Modelleme, SwissDock web sunucusunda EADock DSS algoritması kullanılarak gerçekleştirildi. Olası bağlanma konformasyonları ve inhibe edici etkileri belirlemek için E. coli beta-ketoaçil-açil taşıyıcı protein sentaz III (KAS III) aktif bölgesine ligandların (A, B ve C) bağlanma simülasyonları yapıldı. Doking sonuçları ayrıca ticari bir antibakteriyel madde olarak kullanılan triklosan ile karşılaştırıldı ve B bileşiğinin en iyi antibakteriyel özelliğe sahip olduğu bulundu.
Moleküler kenetlenme, Azo bileşik, Antibakteriyel özellikler, Protein
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Mühendislik, Kimya |
Bölüm | Makaleler |
Yazarlar |
|
Yayımlanma Tarihi | 31 Mayıs 2019 |
Yayınlandığı Sayı | Yıl 2019, Cilt 14, Sayı 1 |
Bibtex | @araştırma makalesi { sdufeffd544174, journal = {Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi}, eissn = {1306-7575}, address = {}, publisher = {Süleyman Demirel Üniversitesi}, year = {2019}, volume = {14}, number = {1}, pages = {150 - 154}, doi = {10.29233/sdufeffd.544174}, title = {Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method}, key = {cite}, author = {Karabacak Atay, Çiğdem and Tilki, Tahir and Dede, Bülent} } |
APA | Karabacak Atay, Ç. , Tilki, T. & Dede, B. (2019). Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method . Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi , 14 (1) , 150-154 . DOI: 10.29233/sdufeffd.544174 |
MLA | Karabacak Atay, Ç. , Tilki, T. , Dede, B. "Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method" . Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 150-154 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/sdufeffd/issue/45380/544174> |
Chicago | Karabacak Atay, Ç. , Tilki, T. , Dede, B. "Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 150-154 |
RIS | TY - JOUR T1 - Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method AU - Çiğdem Karabacak Atay , Tahir Tilki , Bülent Dede Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.29233/sdufeffd.544174 DO - 10.29233/sdufeffd.544174 T2 - Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 150 EP - 154 VL - 14 IS - 1 SN - -1306-7575 M3 - doi: 10.29233/sdufeffd.544174 UR - https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174 Y2 - 2019 ER - |
EndNote | %0 Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method %A Çiğdem Karabacak Atay , Tahir Tilki , Bülent Dede %T Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method %D 2019 %J Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi %P -1306-7575 %V 14 %N 1 %R doi: 10.29233/sdufeffd.544174 %U 10.29233/sdufeffd.544174 |
ISNAD | Karabacak Atay, Çiğdem , Tilki, Tahir , Dede, Bülent . "Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 / 1 (Mayıs 2019): 150-154 . https://doi.org/10.29233/sdufeffd.544174 |
AMA | Karabacak Atay Ç. , Tilki T. , Dede B. Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi. 2019; 14(1): 150-154. |
Vancouver | Karabacak Atay Ç. , Tilki T. , Dede B. Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi. 2019; 14(1): 150-154. |
IEEE | Ç. Karabacak Atay , T. Tilki ve B. Dede , "Investigation of Potential Antibacterial Properties of Some Azo Compounds by Molecular Docking Method", Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi, c. 14, sayı. 1, ss. 150-154, May. 2019, doi:10.29233/sdufeffd.544174 |